根据中国科学院与广东省人民政府签署的《中国科学院、广东省人民政府关于中国散裂中子源项目暨广东东莞散裂中子源国家实验室合作备忘录》“在高能所广东分部设立前，先申请成立地方事业法人“东莞中子科学中心”，作为过渡时期的法人机构”的规定，并为加快推动中国散裂中子源项目暨广东东莞散裂中子源国家实验室的建设，东莞中子科学中心于2007年4月26日正式挂牌成立。
东莞中子科学中心（Dongguan Neutron Science Center），位于广东省东莞市松山湖科技产业园区，其主要任务和职责是：推动中国散裂中子源项目暨广东东莞散裂中子源国家实验室的建设、完成中国散裂中子源项目的预制研究工作、完成东莞散裂中子源国家实验室基地建设以及相应的人才储备。
