1．南宋后期白鹿洞书院的发展
朱熹离去以后，白鹿洞书院的教学活动由于得到宋孝宗的特准，以及地方官员、绅士、学者们的多方支持，得以继续维持。除继任知军钱闻诗、朱端章外，朱熹同道好友张拭的门徒曹集，在继任南康知军后，继承了朱熹的事业，得到杨万里的赏识，并向朝廷举荐。江西提刑曾聘星子学者周耙为白鹿洞书院山长（洞主）。“集朱子语录，以绍后学”，“其讲学至老不倦”（毛德琦《白鹿洞书院志》）。星子学者郭元仁，绍熙二年（1191）解试。他“学行兼优，教人有法”，人称柳州先生。郭曾主白鹿洞书院讲席。杜升之于嘉泰间主白鹿洞书院讲席。
总之，这时由于朝廷“伪学”之禁的影响未完全消除。尤其到宁宗庆元年间所谓“庆元党禁”的影响，白鹿洞书院的发展规模受到一定的限制。
“嘉定更化”后，白鹿洞书院有了新的发展，真正成为规模宏壮，影响巨大的大书院。
嘉定初，朱熹的高足弟子李蟠被聘为白鹿洞书院堂长，从建昌千里前往福建，向朱熹请教，后登绍熙元年（1190）进士。《宋史·李潘传》记载：“郡守请为白鹿洞书院堂长，学者之盛，他郡无比。”又有黄义勇者，字去私，江西临川人。曾从朱熹学于武夷精舍，亦曾
为白鹿洞书院堂长。与李蟠友善。
嘉定五年（1212），据《宋元学案》记载：朱熹门人刘熄作为国子司业奏告皇帝说：“宋兴，六经微旨，孔孟遗言，自朱某发明于千载之后，以事父则孝，以事君则忠，世之所谓道学也。请刊行所注《学》、《庸》、《语》、《孟》以备劝讲，及《白鹿洞规》示太学。”
嘉定十年（1217），朱熹的儿子朱在以大理寺正知南康军，他继承父志，继续修建白鹿洞书院，使朱熹初步建成的白鹿洞书院得以完成宏大的规模。据黄斡《南康军新修白鹿书院记》载：“嘉定十年，文公朱先生之子在，以大理正来践世职，思所以扬休命，成先志，鸿工度材，缺者增之，为前贤之祠，寓宾之馆，阁东之斋，趋洞之路。狭者广之，为礼殿、为直舍、为门、为墉。已具而弊者新之，虽厄福之属不苟也。其规模宏壮，皆它郡学所不及，于康庐绝特之观甚称，于诸生讲肄之所甚宜。宣圣朝崇尚之风，成前人教育之美，皆可无憾矣！”复“招致尝从学先生而通其说者，使长其事讲授焉！”“斡顷从先生游，及观书院之始，后三十有八年，复睹书院之成。既悲往哲之不复见，又喜贤侯之善继其志。”
嘉定十一年，朱熹弟子知军陈毖，又有增建，并率师生讲学洞中。其后黄斡人山与李播、陈毖等相与盘桓山间，“俯仰其师旧迹”，黄翰讲（乾坤二卦》于白鹿洞书院，“山南山北士子群集”。陈毖、胡泳等又将黄翰所留资金重建枕流桥。黄翰又建议胡泳接受聘请担任白鹿洞书院堂长，率领数十学子，讲学书院。
江西上饶人陈文蔚，亦曾讲学白鹿洞书院。据张伯行《陈克斋集序》记载：“先生杜门养老，屡聘不起，间以诗文自娱。晚年为部使者聘人白鹿洞书院，发明师训，辞和而旨切，学者闻之，辄有所兴起。”《陈克斋集》还收录有《白鹿洞讲义》二则。一则为更畅义利之
辨，另一则为言仁。
嘉定十四年（1221），知军黄桂又重建礼圣殿，增建三门，又以没人田置西源庄学田。次年秋，胡泳又合洞中士友“七十有八人”会讲，举酒枕流亭，作《枕流桥题志》。
由于朱熹在兴复白鹿洞书院时曾请吕祖谦作记和请陆九渊讲学，因此，白鹿洞书院与南宋另外两派理学联系密切。尊奉陆学的袁甫，浙东陈傅良的弟子吕冲之，在他们任职江东、南康时都对白鹿洞书院的建设做出了贡献。
绍定六年（1233），江东提刑兼提举袁甫重修和增建白鹿洞书院，并自撰《重修白鹿书院记》和《白鹿书院君子堂记》。他先后聘朱熹弟子张洽与偏向陆学又主张和会朱陆两家学说的汤巾，主持书院讲席。《宋史·张洽传》载：“袁甫提点江东刑狱，甫以白鹿书院废弛，招洽为山长。洽曰：‘嘻，是先师之迹也，其可辞？’至则选好举之士日与讲说；而汰其不率教者。凡养士之田乾没于豪右者复之。学兴，即谢病去。”
丫淳佑元年(1241),理宗赵峋在视察太学时亲自书写《白鹿洞书院揭示》赐给大学生。此后，这个揭示被摹写，抄录在各地的学校和书院之中，使之成为共同遵行的御颁的“指导方针”。
南宋末年，绍定间知军左膺午曾在白鹿洞书院讲学，并有诗集行世。淳佑间知军陈洽亦在此讲学，并有增建。淳佑十年（1250)，祁门方岳知南康军又整顿白鹿洞书院规制，祠祀各“名贤”聘任堂长，印造“先正”书传。他所留下的诗文，保留在《秋崖集》和白鹿洞书院志书之中。淳佑间知军陆德舆亦有所建置，景定元年（1260），知南康军陈淳祖又与洞正陶一桂等集诸生数百人会讲白鹿洞书院，在枕流桥《桥南题志》中记有其事。另外都昌刘云龙，景定二年进士，以吉州判致仕，授徒讲学于蒲溪义塾，亦被聘任为白鹿洞正同治《都昌县志》）。咸淳间又有上虞刘汉传知南康军，创白鹿洞贡士庄田。
2.白鹿洞书院的设官
南宋理宗后期曾给一部分书院的山长授以官职，或者选派一部分官吏充当或兼任书院山长。对此，白鹿洞书院并不例外，可惜因史籍散失，只能在地方志中找到记载：星子进士郭炳文曾出仕“国子典簿，白鹿山长”（同治《星子县志》）。这种出仕的山长，不再是聘任的儒生，而是朝廷的“命官”了。朱熹兴复白鹿洞书院时曾向朝廷提出在书院设置洞主官员的建议，终于在理宗时代实行了。
此后，朱熹为兴复白鹿洞书院，采取了一系列措施。
1.修建书院房屋
北宋白鹿洞书院堂毁于皇佑末之“兵火”，此时仅剩瓦砾棒荆、茂草荒丘。尽管南康军、星子县正遭早灾，财政经济相当困难，还是建起屋宇二十余间（朱熹《乞赐白鹿洞书院救额》）。朱熹还与他的僚属、学生以及继任知军钱闻诗商定了进一步兴建书院礼圣殿等屋宇的计划。淳熙八年八月朱熹改任提举浙东常平茶盐公事，继任知军钱闻诗“建礼圣殿并两庞，塑孔子十哲像”（毛德琦《白鹿洞书院志》）。直到朱端章为郡守时才版绘完成。
2.筹措院田
朱熹认为，维持书院的“久远之计”是要重视学田的建设。他制定购置田亩的计划，筹集一部分购置田地的资金，但因不久离郡，买田一事尚未进行。
3．聚书
朱熹曾发文江南东、西路各地衙门征求图书。他在《洞学榜》中宣称：“承本路诸司及四方贤士大夫发到书籍，收藏应付学者看读。”然而实际上当时的藏书并不多，书名有据者仅为刘氏所赠《汉书》一部。另从《朱子大全》中还可以看到，他曾得了好几种书帖：
从曹建处得到程颐《与方道辅帖》的模本；从萝林向氏那得到邵雍“《诫子孙语》及《天道》、《物理》二诗”的手书；从祁真卿那得到《尹撑帖》；从蔡廷彦、吴唐卿那得到包拯青年时代的诗。朱熹亲自书写或照旧摹拓，书跋并刻之于石碑。
4:聘师招生
朱熹兴复白鹿洞书院后，曾请江西新建丁铁担任掌教，安徽合肥吴某为职事，均未成功。朱熹只得自任洞主，自为导师，亲临执教。与他同时讲学白鹿洞书院的，尚有好友刘清之，学生林泽之、黄斡、王阮等人。
朱熹曾发榜招生人学，学徒“一二十人”。现有姓名可考者为曹彦约、曹彦纯、胡泳、周模、余宋杰、余琦、刘责、李辉、周仲亨、周仿、吕熠、吕炎、吕炳、吕煮、吕焕、彭方、熊兆、冯椅、周颐、陈杯、杨三益、蔡念成、吴唐卿、叶永卿、李深之、周得之等。
5．定规制、主课程
朱熹兴复白鹿洞书院后，在总结前人办学所订规制以及禅林清规的经验教训的基础上，列“圣贤所以教人为学之大端”，“条例”而“揭之媚间”，“以示学者”，制定了《白鹿洞书院揭示》。这份揭示也称《白鹿洞书院教条》、《白鹿洞书院学规》、《白鹿洞书院教规》。
关于设立课程，朱熹在开学时就讲了《中庸首章》。在白鹿洞还有《讲堂策问》、《大学或问》等讲义传世。他把《大学》、《中庸》自《礼记》中辑出，与《论语》、《孟子》汇成《四书》，作为白鹿洞书院开设的主要课程。并说：“学问须以《大学》为先，次《论语》，次《孟
子》，次《中庸》”（《朱子语类》），在朱熹看来，“《大学》是为学纲目。先通《大学》立定纲领，其他往皆杂注在里许”。
6.确立教学形式
朱熹集我国古代书院、学校教学经验之大成，在白鹿洞书院采取了多种多样的教学形式，以后又由于门人子弟的努力而不断发展，形成一种相当完备的书院教学组织形式。
朱熹在白鹿洞书院中的教学制度，实行以主讲之学者（山长或洞主）掌教、主持书院的教学活动，副讲协助主讲工作，在德行、道艺各方面对生徒全面指导。主要教学形式如下：
①升堂讲说
这一形式在白鹿洞书院的前身南唐庐山国学时就已经采用。现在白鹿洞几种志书中尚保存了朱熹在白鹿洞书院升堂讲说的讲义。如《中庸首章》、《大学或问》、《白鹿洞书堂策问》等。朱熹还请陆九渊在白鹿洞书院升堂讲学。陆就“君子小人喻义利章”发论，当时听者有的感动的掉下了眼泪。朱熹离去后，黄斡应陈亦、李蟠、胡泳等人之请，又在白鹿洞讲《乾坤二卦》，山南山北士子云集（《宋史·黄斡传》），朱熹弟子陈文蔚也有在白鹿洞升堂讲说的讲义传世。
②认真读书，自行理会
朱熹在白鹿洞书院的教学活动主要是采取学生刻苦钻研、自行领会的方式，阅读经、史、子、集各类书籍包括程朱理学的大师们的注释。朱熹还重视对生徒进行读书方法的指导，其门人后学将其言论概括为“朱子读书法”。他们引用朱熹的原话说：“朱子曰：‘为学之道，莫先于穷理，穷理之要，必在于读书，读书之法，莫贵于循序而致精，而致精之本，则又在于居敬而持志。此不易之理也。”，然后又将朱熹读书法定作：“循序渐进”、“熟读精思”、“虚心涵泳”、“切己体察”、“着紧用力”、“居敬持志”等六项（程端礼《集庆路江东书院讲义》）。
③互相切磋，质疑问难
朱熹提倡洁难。他说：“往复洁难，其辨愈详，其义愈精。”书院生徒之间的互相切磋，师生经常质疑问难，是书院师生群居的一种“日课”。白鹿洞书院又以讲会为重要方式。遗憾的是朱熹主洞时的讲会究竟怎样，目前已难于考证，但有讲会这一点是有根据的，有诗为证，诗名为《白鹿讲会次卜丈韵》：
宫琦芜没几经年，只有寒烟锁涧泉。
结崖幸容追旧观，题名未许续遗编。
青云白石种同趣，寨月光风更别传。
珍重个中无限乐，诸郎莫苦羡腾赛。
朱熹离去后，南康郡庐阜仍不乏关于讲会的记载。郑廷鸽、田溶、毛德琦等三部白鹿洞志书和（同治南康府志》中尚有嘉定十一年（1218）李潘、胡泳、缪惟一、姚鹿卿、潘炳、张绍燕、罗思、张据等与知军陈毖会讲洞学的记载。景定元年（1260）知军陈淳祖与洞正陶一桂等集诸生数百人会讲白鹿洞书院，并有题志。由此可见，讲会和会讲在此延续过很长的时间，并以白鹿洞书院为中心基地，以朱门后学为主要成员而广泛展开。
除讲会外还有文会、诗会。嘉定十年（1217），朱熹之子朱在特建会文堂，陈毖改名文会堂。
④展礼
展礼是儒家教育、教学的重要形式。也是书院教育、教学活动中不可缺少的方面。白鹿洞书院在它长期的发展过程中建立了许多祠庙，除礼圣殿外还有宗儒祠、先贤祠、忠节祠、紫阳祠等。此外，师生之间、生徒之间、迎客送宾、升堂讲说、课试，均有礼仪，均需展礼。
朱熹兴复白鹿洞书院，是中国教育史上的重要事件，对后来书院的发展、学校的建设有着重大影响。
宋初，白鹿洞书院隶属江南东路江州德化县管辖。这时，江州地方人士在南唐庐山国学旧址上建起了一所学馆，人们称之为书堂或书院。这是白鹿洞历史上一个新的开端。
(1）北宋时期的白鹿洞书堂
白鹿洞于宋初虽已建书院，但当时书院仅有生徒数十人，近百人不等。太平兴国二年（977），江州知州周述将白鹿洞书院办学的情况向朝廷作了报告。宋太宗赵光义批准了他的请求，下令将国子监刻印的《九经》（系五代中冯道等人主持刻印的《九经》，包含《诗》、《书》、《易》、《礼记》、《仪礼》、《周礼》、《左传》、《公羊传》、《毅梁传》等书）赐给书院，“释送至洞”，以便生徒阅读。白鹿洞书院由于得到最高统治者的青睐，从此也扬名四方。太平兴国三年(978)，原江州德化县星子镇升为江州星子县，太平兴国五年(980），北宋朝廷任命白鹿洞书院主持人（洞主）明起为蔡州褒信县主簿。明起离任后，太平兴国七年（982），星子县又划归新建置的南康军（隶江南东路）管辖。
咸平四年（1001），宋真宗赵恒下令给全国各地学校、书院发送国子监印本经书和修缮孔子庙堂。咸平五年，白鹿洞又得到修整，塑了孔子及其弟子像。可惜的是，这次白鹿洞书院修复的情况，如师生的组成、教学活动等，史书上未能找到有关的记载。书院可能因为没有得到管理和维修的缘故，不久又遭到了破坏。
大中祥符初（1008），江西新淦人直史馆孙冕请求朝廷将白鹿洞作为他归隐养老的地方。这个请求得到宋真宗的批准。只是，他还未到达白鹿洞就去世了。他的后人便将他的遗体埋葬在白鹿洞附近的山坡上。
宋仁宗皇佑五年（1053），孙冕的儿子比部郎中孙深在白鹿洞建房十间，以便弟子居住和读书。同时接待前来求学的各地士子，供给膳食。孙深将这里定为“白鹿洞之书堂”。当时的星子主簿郭祥正为此写了一篇《白鹿洞书记》，这是白鹿洞书院的第一篇记文。皇佑末年（1054）春，由于兵火，书院被毁。郭祥正《白鹿洞书堂记》石碑被迁移到星子城内天庆观存放。后来天庆观也遭火灾，这块石碑从此下落不明。皇佑以后，白鹿洞成为一片废墟，荒草、瓦砾相杂，经历了漫长的岁月。熙宁间，陈舜俞与刘涣共游庐山。熙宁五年（1072)，陈作《庐山记》，“白鹿洞亦李渤读书处”，“今鞠为茂草”。
元代，白鹿洞书院隶属江西行中书省南康路（治今星子），白鹿洞书院此时仍有所发展。明初解绪说：“白鹿洞书院在元尤盛，’（解绪《庐阳书屋记》载《解文毅公集》）。
元代的白鹿洞书院亦称朱晦翁书院，因元末白鹿洞书院曾遭到破坏，目前所见到的比较完整的资料很少，仅在马廷莺《碧梧玩芳集》中可见一篇文章《庐山白鹿洞书院兴复记》，这篇文章在郑廷鸽、田馆、李应升、廖文英、毛德琦等五部书院志中均未收录。另一件是虞集写的《白鹿洞新田记》。
在马廷莺的《庐山白鹿洞书院兴复记》中，记述了南宋朝廷批准朱熹兴复白鹿洞书院的过程，并提到在此38年后，南康守臣重修书院，黄勉斋作记；又16年后江东提刑重修而袁甫作记的历史之后，他记叙了袁甫重修书院54年后，“斋藏不戒于火，百年儒官一夕烟灭，斯文之厄极矣！”并进一步记述了这次毁坏后，元至元二十四年（ 1287)白鹿洞书院在南康地方当局与书院主持人的努力下修复的过程。
虞集的《白鹿洞新田记》记载了大德间（1297-1307）南康路总管燕山崔翼之、教授金华王肖翁、书院山长番阳柴实翁节缩经营，增置学田四百余亩的情况。虞集在《朱子＜白鹿洞赋＞跋》中讲到他自己“尝泛彭兹，登匡庐，升斯堂，三复于斯文矣”，并准备它日将《白鹿洞赋》请“善工模之，而勒诸石，以补洞中之朗，庶后之览者有所观感，’（田箱《白鹿洞书院志》）。
此外元代白鹿洞书院师生组成、教学活动等情况，散见于其他文集、史志之中。江西吉水高若凤在泰定间（1324-1327）曾任建昌州（治今永修县）州判，他在《送人读书白鹿洞》一诗中写道：
碧瓦参差俨杏坛，白云深锁洞门闲。
不宗朱氏原非学，看到匡庐始是山。
十里松风潮汹汹，一澳泉雨佩珊珊。
会须结屋书堂近，五老峰前任往还。
他后来任南康路判官，又曾与书院师生诗歌相互唱和，并对洞生的诗词古文评定等级（解绪《庐阳书屋记》）。
元代白鹿洞书院职事的若干姓名在一些书院志或地方志中可以见到。江西星子人叶宗仁，号梅所，曾隐居教授，至正间抚州路总管冯骥荐之，“授白鹿书院山长，远近亲之”。江西丰城人熊升，曾为星子知县，县志记载其“学优政平，以兴教善俗为务，每公暇，辄人白鹿书院与诸生讲论，教迪良多”。星子人郭朝用，至顺间登…进士第，曾为“白鹿洞训导”。丰城熊自得·余干吴德昭、星子人黄一糙等先后为书院山长。
元代南方最有名的理学家、教育家吴澄是虞集的老师，其理学渊源虽出于朱熹，但他不拘于门户之见，后来居上。他曾几经江州、都阳湖。延佑六年（1319)十月至七年（1320）七月寓留江州镰溪书院，南北学子百余人随从就学。在此期间曾祭扫周敦颐墓，游庐山，登白鹿书院“朝圣”。
至正十一年（1351），由于兵火，书院被毁，文物荡尽。巧年后，元至正二十六年（1366），元末明初著名文学家王伟，任南康同知，写了《游鹿洞记》。这时书院遗址已成虎狼出没之区。他说：“书院毁已十五年，树生瓦砾间，大且数围”，有石桥“灌缨”、“枕流”。“书院所存仅此二桥。昔日规制不可见，惟闻山鸟相呼，山鸣谷应，余音悠扬，恍类弦歌声。”
(1)张居正废毁白鹿洞书院
张居正是明代较有作为的政治家、改革家。万历初张居正执掌朝政，进行改革，但是遭到反对派利用书院讲台的非议。因此，张居正对书院讲学极为反感，立意整伤。万历三年（1575），张居正曾上《请伤学政以振兴人才疏》，声称：“圣贤以经术垂训，国家以经术作人，若能体认经书，便是讲明学问，何必又别标门户。”今后“不许别创书院，群聚党徒，及号召游食无行之徒，空谈废业。”万历七年（1579），张居正以常州知府施观民借办书院搜刮民财，决定废毁全国书院，“卖田以充边需”。白鹿洞大部分院田充边需，书院停办。由此，白鹿洞书院在逃脱了明代几次废毁书院的厄运后，这次真正受到了影响。后由于巡抚江西都御史邵锐等人的努力，才保存了书院屋宇和以备祀祭的部分田亩。
废书院后不久，张居正死。万历十一年（1583），给事中邹元标请求恢复全国书院，得到皇帝批准。九江巡道王桥随即请复白鹿洞书院，在巡抚曹大荃的支持下，不到一年时间，白鹿洞书院得到恢复。万历十三年（1585），又赎回了原有田亩。左布政使陈文烛在《白鹿洞书院学田记》、知府潘志伊在《兴复白鹿洞书院记》和史桂芳在《惺堂先生语录》中分别叙述了这件事。
(2)万历十三年后白鹿洞书院重兴
万历十六年（1588），分守饶南九道右参政张治具亲临白鹿洞书院讲学，有讲义传世，并载人田落《白鹿洞书院志》与毛德琦《白鹿洞书院志》。
万历十七年（1589)以后，江西提学金事朱廷益又与知府田玲等人连续几年修葺书院增置田亩、清理财务、调整建制、聚徒讲学。朱、田还聘请南昌名士、布衣章演主持书院，章在书院有（为学次第》示学者。
历二十年（1592），田珍又重修《白鹿洞书院志》。该志由星子训导，主洞周伟主编，洞生戴献策、熊滨、袁炜、黄希孔参与其事，田箱自为序。这是明代内容最丰富的一部白鹿洞书院志书。
万历三十一年（1603），江西提学副使钱植奉王守仁神主于宗儒祠并祀。按宗儒祠原祀周敦颐、朱熹、陆九渊3人，此时改为4人。原以黄榦、蔡沈、李燔、林用中、吕炎、吕焘、胡泳、黄灏、彭方、周耙、彭鑫、张洽、冯椅、陈毖配，此时又增加陈潞，共15人。
之后，万历间，赵参鲁、邹元标、李材、沈九畴、葛寅亮、舒曰敬、方大镇等人，都先后来白鹿洞书院讲学。有的被聘为讲席，有的被立为山长。他们在白鹿洞书院定规制、讲课、作记，并留下诗篇，对书院的建设颇有建树。
明代末年，白鹿洞书院进一步官学化。官学化的突出表现为聘请府司理推官主持洞务。天启以后有李应升、钱启忠、王彝章、廖文英等主洞。
天启二年（1622），南康知府袁愚贞请南康府推官李应升主洞事。李应升到白鹿洞书院后，首先重修《白鹿洞书院志》，与当时分守九江兵备左参议陆梦龙、知府夏炜分别作序。其次，李应升主洞事，申请洞学科举。规定每遇岁、科考试时，经省批准给予书院肄业童生若干入学名额。从此书院的教学活动与科举考试制度又进一步结合起来。再次，李应升在书院立讲会。根据《同治南康府志》载：李应升“在南康律己清严，公庭如水，兴复白鹿洞书院，立馆舍招集人士，旬有小会，月有大会，会期亲诣洞宿，与诸生质疑问难，推明紫阳之教，一时从游学者千里应之。其成名于世者指不胜屈。”由此可知当时的白鹿洞既是聚徒式的书院，也是讲会式的书院。
李应升不久升任监察御史，诸生请熊德扬撰去思碑以颂扬纪念李应升。
天启五年（1625），魏忠贤废毁天下书院I--l鹿洞朽院的情况如何，未有记载，但可知李应升已死于狱中
崇祯初，南康府推官钱启忠曾疏清恢复全国被魏忠贤废毁的书院，朔望集书院生徒讲论，研讨儒学，由此开辟了山府推官兼理白鹿洞书院先路。
崇祯十年（1637），江西提学参议侯蛔曾檄南康府推‘言廖文英兼领书院事务。十四年（1641），侯又与巡抚、巡按会请李明睿主持书院讲席，共主讲书院三年。
崇祯十七年（1644），提学副使吴炳尚赴自鹿洞视察，明代白鹿洞书院的历史到此结束。
明武宗正德朝开始了明代白鹿洞书院发展的高潮。
1 、蔡清、李梦阳在白鹿洞的建树
蔡清，字介夫，号虚斋，福建晋江人，成化十三年（1477）解元，成化二十年(1484)进士。正德元年(1506)，他以江西按察使司提学副使“典礼”洞学。他教人“必极蕴奥”，议论精确，在洞中开示学生，各尽其德。舒芬、夏良胜、邹守益等，皆出其门。后因与宁王朱哀壕不协，去职。罗钦顺称其“一生做穷理功夫，且能力行所学。”因对白鹿洞书院的贡献，祀于书院先贤祠（报功祠）。
李梦阳，字献吉，号空同子，陕西庆阳人。正德六年至九年（1511-1514）在江西修复、创建了不少书院，恢复了相当一部分社学，他甚至拆毁了一些淫祠、寺庙，把它改为学校和书院，对明代中期江西的文教建设卓有建树。以江西提学副使数度来白鹿洞，李梦阳曾在白鹿洞书院讲学，清理田亩租赋、建亭、凿井。李重修《白鹿洞新志》，自为序。
李梦阳作为明代著名的文学家、书法家，曾在白鹿洞留下了相当数量的文章、诗篇、墨迹。当时星子知县崔孜在溪口桥建石碑坊，李亲书“白鹿洞书院”五个大字刻石。这石刻至今保留下来，架在书院大门门媚上。他为宗儒祠、独对亭、钓台亭、六合亭作记、撰铭。其手书《宗儒祠记》全文石碑现在还保留在书院碑廊中。他的诗篇《钓台亭成》、《白鹿洞遍览名迹》、（始至白鹿洞》、《余邹二子游白鹿洞歌》、《再至白鹿洞》、《回流山亭》、《白鹿洞》、《风雩石》、《枕流桥》、《钓台》、《回流山》、《井》......都还保存在白鹿洞志书和他的集子里。因李梦阳对白鹿洞书院的贡献，被祠于先贤祠中。
正德十年（1515），江西提学金事田汝籽在白鹿洞书院刻《史记集解》130卷，共镂版2000片。刻（五礼图》，镂版5片。此外，据郑廷鸽《白鹿洞志·镂版》记载，其时还有邵宝刻《易经》版，《书经》版；王崇庆刻《遵道录》版；王棒刻《礼教仪节》版，《二业合一训》版；高责亨刻《伊洛渊源》版。共藏版3351片。
书院刻书为士林盛事，它以自己的特殊条件，将教学、学术研究、藏书、刊印书籍结合起来，为古代出版事业做出了贡献。
2、王守仁与白鹿洞书院
正德十三年（1518），王守仁以金都御史巡抚南赣（州）、汀（州）、漳（州），他编撰《大学古本》、《中庸古本》，包括《大学古本序》、《修道说》与朱熹学派商榷，并不远千里派人将手书“致之洞中”刻于石碑上，至今保存于书院碑廊中。
正德十四年（1519)’，王守仁在击败并擒获朱9*0，曾派兵进驻南康。次年正月，在开先寺李绿读书台旁岩壁刻石记功，后又来到白鹿洞书院。《阳明年谱》说他：“徘徊久之，多所题识。”十六年(1521)五月，王守仁又集门人讲学于白鹿洞书院，留有诗歌，临行又遗金主洞蔡宗充置田亩。
弘治十七年（1504），广东增城人湛若水初访白鹿洞。湛若水，字元明，号甘泉，从学于白沙先生陈献章。登弘治 十八年（1505）进士，曾与王守仁同讲学，后为国子祭酒。“作（，心性图说》以教士。”“生平所至必建书院以祀献章。”嘉靖十年（1531）八月，南康知府王棒刻湛若水著《心性图说》、《四勿总篇说》石碑于书院，成为书院师生讲习的重要教材。
嘉靖十五年（1536）八月，湛若水率徒重访白鹿洞，并留下了《丙申再访白鹿洞五首》诗。嘉靖十七年（1538），湛又应江西参政王慎中的请求，特为白鹿洞书院作《心性总篇二图说》刻石，留于白鹿洞书院以资纪念。
3、嘉靖间白鹿洞书院的发展盛况
正德、嘉靖、隆庆、万历这一百多年的时间，是明代政治经济局面由盛而衰的一百多年。这期间书院的活动，却因官学的腐败、理学的发展而兴盛起来。白鹿洞书院在此期间时有修葺，教学活动绵延不绝。除李梦阳、王守仁、湛若水外，一些著名文人也相继来此瞻仰遗址、讲学会友，有的主持修葺，担任职事，有的撰写文章，有的整理规章，有的训诲生徒，有的捐金助学，也有的留下了诗篇事迹，为书院的建设做出了贡献。
嘉靖初，知府罗格、张愈严、巡抚徐岱，提学副使周广、徐一鸣等人多有修建。嘉靖四年（1525），洞生缪建和、黄美续修洞志，周广为作《续修洞志序》，序存郑廷鹊＜白鹿洞志》中。提学副使赵渊又增祀陆九渊于宗儒祠。
嘉靖十七年（153$），武进榜眼、史学家、理学家薛应旅以九江教授应提学副使徐阶之聘，兼任白鹿洞书院山长。薛应旅《观易台记》中记载：“薛子署白鹿书院，日盘桓于五老峰下，乐其奇胜……时嘉靖戊戌秋九月。”薛应旅对明代东林学派的形成有影响，东林书院的创建和发展，也吸取了白鹿洞书院的经验。
嘉靖二十年（1541），左参议王挺到白鹿洞讲学。讲义中提到：“时壬寅仲春，挺与西庐赵子游白鹿洞，读象山先生义利说及考亭先生跋语。因叹曰：‘是学之不明于天下久矣。’时南康守海石梁子、星子令阮朝随，泊诸生十余辈咸在焉，因为反复阐明二先生之意。”
嘉靖二十三年（1544），巡抚魏谦吉重建宗儒祠、斋舍、整理器用，清理洞田，选南康府、九江府生童三十余人人洞肄习，聘南丰教谕郑守道主教事。郑守道著有《重兴白鹿洞记》，碑传。
嘉靖二十七年（1548），参政张元冲置田，南昌府教授冯元提举白鹿洞书院。
嘉靖三十一年(1552)，提学副使郑廷鸽视学白鹿洞，登台讲学，著有《白鹿洞讲义四首诣诸生》。次年主洞崔伯立石洞中，这时有生徒70余人。巡按萧端蒙到白鹿洞讲学、题匾、置田。郑廷鸽为白鹿洞卓尔山、后屏山、左翼山命名，并著有《新置都昌洞田记》。后又主编《白鹿洞志》，至嘉靖三十三年完成，自为序。
嘉靖三十四年(1555)，永丰王朱厚嫉，瑞昌王朱拱摇各输田人洞，邹守益、敖铣分别为之作记。
邹守益，从王守仁学，因得罪时君而落职，闲居讲学四十一年。他是江右王门的重要代表人物，许多会讲活动的领衔人，邹守益于嘉靖三十五年（1556），曾经讲学白鹿洞，并留有《过白鹿洞次阳明独对亭望五老峰》一首。
嘉靖三十六年（1557），江西提学副使王宗沐又有增建，“引诸生讲习其中”。王宗沐在江西许多地方倡修书院，发扬王门师说，并建朋来亭于白鹿洞书院右山岗，作《朋来亭记》。后任按察使、布政使，主修《江西大志》，对江西文教建设做了不少事情。之后，巡抚何迁、胡松，提学黄国卿等人先后来白鹿洞书院讲学。
何迁，字益之，号吉阳，嘉靖二十年（1541)进士。何迁曾巡抚江西，于嘉靖三十八年（1559)建闻泉亭于白鹿洞书院。
胡松，字汝茂，嘉靖八年进士，嘉靖四十年（1561）任江西巡抚，讲学白鹿洞，有《喻白鹿洞来学诸生》讲义传世。
黄国卿，号沧滨，广东揭阳人。嘉靖二十三年进士，嘉靖四十年为江西提学副使。在白鹿洞讲学，并留有诗文《白鹿洞次阳明独对亭望五老韵示诸生》。
嘉靖四十三年（1564），分守南九道参议冯谦又重建书院，清理田赋、充实藏书。之后，知府张纯、教授李资元、主洞陈汝简等又继续进行了建设工作。他们复校和增补了郑廷鸽主编的《白鹿洞志》，重刻朱熹的《白鹿洞赋》和陆九渊的《白鹿洞书堂讲义》于石，请著名理学家王徽写（重修白鹿洞书院记》。王徽是王守仁的高足，在林下数十年，到处讲学，他曾经多次在白鹿洞留下自己的足迹。嘉靖四十四年（1565），他应张纯与洞主陈汝简的邀请，在白鹿洞书院讲学，主讲义利之辨与致知难易，有《白鹿洞书院续讲》传世。陈汝简与生徒三十余人将《续讲》立石洞中，这块石碑还保存在书院碑廊中。
总之，嘉靖间，对白鹿洞书院建设有所建树的人数不少。如高贲亨、刘世扬、王慎中、吴国伦、魏良器等，都先后来白鹿洞书院讲学，有的曾任白鹿洞书院的山长、主讲。而高责亨留下的、洞学十戒》，被清代陈宏谋收人《养正遗规》之中。
1、明初白鹿洞书院的典论准备
明代，白鹿洞隶属江西布政使司辖南康府。白鹿洞书院自元至正十一年烧毁后，直至明正统三年（1438)才重建，中间荒芜了87年。这种沉寂与朱明政权开初采取的政策有很大关系。朱元璋很重视官学，他通过自中央到地方的官学培养官吏，对学校的控制很严，曾颁布卧碑立于官学，这使学风较自由的书院难于发挥作用。当然，在白鹿洞书院荒芜的87年中，仍有一些著名的文人学者前往白鹿洞凭吊古迹，留下了不少诗文。如浙江义乌王伟初至南康即“欲至白鹿甚渴”，但左右为言：“荆棘塞不可往。”后“因伐大木往者众，路乃始通。”但路上尚有虎踪，“苟欲往，非多拥验从不可”，“用是，欲行辄复止”。“白会行省荐檄郡守取大木”，才与星子县令等人“领丁夫同往”。以后他写了《游白鹿洞记》。
洪武二十三年（1390），吉水解婿游庐山，临星子，说：“游庐山栖贤诸佛寺，过壮节亭，登临之下，瓦砾邱墟，棒莽弥望，而白鹿洞已无径可通往”（解绪《庐阳书屋记》）。洪熙间（1425），国子祭酒胡俨偕同诗友曾游白鹿洞遗迹，据他记述，其时“殿堂斋舍鞠为茂草，瓦砾荆棒璐于丘荒”，胡俨等只能“周览故迹有感而已”（胡俨《重建白鹿洞书院记》）。在郑廷鸽、田箱、毛德琦的白鹿洞志书中，收录了不少明初文人、学士、官吏的诗歌。如胡俨的《游白鹿洞三首》、李时勉的《游白鹿洞》、曾哲的《游白鹿洞诗》等。
正因为有这批文人骚客的感怀咏叹，结社唱和，为后来重建洞学作了舆论准备。
2、翟溥福重建白鹿洞书院
正统元年（1436)，翟溥福任南康府知府。三年（1438），翟溥福重建白鹿洞书院。他的这次重建，力图恢复宋元原貌，但所建殿宇从名称上看却有不同。如宋代朱熹兴复时曾祭祀先师、先圣，而未有祠庙。朱熹离开南康军后继任知军钱闻诗建礼圣殿以祭祀孔子。翟溥福则将礼圣殿改名大成殿，礼圣门改为大成门。朱熹在洞时曾欲建祠专祀李渤等人，但因礼圣殿未成而罢。淳熙间朱熹门人曾绘朱熹像祀于洞中，朱熹劝撤毁之。朱熹死后，开禧元年山长李中主为首诸生绘程颖、程颐、朱熹像合祀于讲堂中，便以讲堂兼祀前贤。翟溥福重建白鹿洞书院后，就另建先贤祠祀李渤、周敦颐和朱熹，并以二程、张载、陈灌、刘涣父子为配。
翟溥福重建白鹿洞书院，系地方官员捐棒为倡，率三县人士集资修建的。正统七年（1442），应江西道监察御史张谦的建议，胡俨写了《重建白鹿洞书院记》，记文说：“于是（翟溥福）率僚属捐棒人为之倡，而三邑义士……闻风而兴，或出资费，或助力役。划秽除荒、取材就工，先作礼圣殿、大成殿、大成门、贯道门，次作明伦堂、两斋、仪门、先贤祠以及燕息之所。”可见，这时的白鹿洞书院并未列人朝廷建制，山长亦非职官，实际仍为地方学校。但翟溥福的这次重建，使“白鹿洞书院之名复闻于天下”，奠定了明清以后白鹿洞书院建设的规模。正统以后，白鹿洞书院几乎代代都有或大或洲小的修复，直至清末。
3、李龄重修与胡居仁讲学白鹿洞书院
成化元年（1465），江西提学金事李龄与南康知府何浚又倡修书院建筑，增学田、祀器、书籍。成化三年（1467），李龄聘余干布衣胡居仁主持书院讲席，同时星子县选贡查抗也参与了书院的教学活动。
李龄，因他对白鹿洞建设颇有贡献，后曾列祀书院先贤祠（报功祠）中。他在重修白鹿洞书院时曾制定了《白鹿洞书院八戒》当作院规。
胡居仁，字叔心，号敬斋，江西崇仁理学家吴与弼（康斋）的学生。胡学成归余干，绝意仕进不赴科举，建屋讲学于余干梅溪山中，先后创办南谷、礼吾、碧峰等书院，各地来求学的士子很多。成化三年与十六年，应李龄、钟成之聘，先后两次来白鹿洞书院掌教。胡居仁重建了白鹿洞书院的各种规章制度，他制定了《续白鹿洞书院学规》六条。这是继朱熹手订《白鹿洞书院揭示）以后影响最大的白鹿洞书院学规。胡居仁在白鹿洞书院讲学，第一次因丁优回籍，第二次时间也不长，“终以疾辞”。但他在白鹿洞书院留下了诗文与讲义。在《白鹿洞讲义》中最后说到：“务使今日白鹿洞，即昔日白鹿洞；今日之学，即昔日文公之学；今日之道，即文公昔日之道……”
成化七年（1471），江西提学金事徐怀又置洞田870亩。
成化十七年（1481），江西提学副使钟成与江西藩、桌会聘陈献章主持白鹿洞书院讲席，陈再三推辞没有到任。
弘治七年（1492），南康知府郭晋首刻《白鹿洞书院志》问世。这是白鹿洞书院有史以来第一部志书，原版本虽已不见，终究有它的历史意义。此书先是由金川曾铎编集，经书院山长袁端校正，张元祯为此书作序。
弘治十年（1497），江西提学金事苏葵与南康知府刘定昌，在巡抚王宗锡等人支持下又倡修书院。据毛德琦《白鹿洞书院志》记载，其“撤故院大新之”，又“特创周、朱二夫子祠”，涉李渤等另祀，改大成殿为礼圣殿。此事“始于弘治丁巳年八月”，“至明年十月七日始用少牢告于先圣先师而落成焉”（何乔新《重建白鹿洞书院记》）。同年，苏葵又请罢官闲居在家的原兵部郎中上饶娄性至讲席。娄性，弘治间知名学者，成化十七年（1481）进士。他于弘治十一年赴洞掌教，此时各地书院尚未普遍兴起，故四方闻风而至的生徒达五百余人，以至院舍容纳不了，只得借住附近乡间民房。这是白鹿洞书院历史上生徒人数的最高记录。其后苏葵与巡抚陈拴等人又增置田亩，娄性又就洞田作记。正德间，提学副使李梦阳为纪念苏葵对白鹿洞书院的办学功绩，将苏神主奉于先贤祠中，并有《苏先生人白鹿洞先贤祠告文》传世（李梦阳《空同子集》）。
弘治十四年（1501）至弘治十六年江西提学副使邵宝又建宗儒祠（杨廉为记）、独对亭（自为记）、忠节祠，置田。邵宝在洞中讲学与刻书。并有《谕习士相见礼》、《谕来学》二则讲义传世。据郑廷鹊《白鹿洞志·镂版》所载，至嘉靖末，洞中所存之“《易经》板59片，《书经》板53片，《春秋》板68片，《礼记》板铆片”，“俱邵宝刻”。
邵宝在周朱二先生祠的基础上创建的宗儒祠，除祀周朱二人外，还以朱门弟子林择之、黄翰、蔡沈、黄灏、李潘、胡泳、吕炎、吕 焘、彭方、周耜、彭蠡、张洽、冯椅、陈宓等14人从祀，所新创忠节祠，祀诸葛亮、陶潜等人。至此，弘治年间，白鹿洞书院的沉寂局面结束，正德以后，白鹿洞书院的建设发展到高潮。
（1）道光、咸丰间的白鹿滞书院
道光三年（1823），江酉巡抚程含章捐银万两修全省书院。鹿洞得银八百两。知府狄尚炯持此重修书院。程含章又奏明：“每岁盐务充公项下拨给银千两。”使白鹿洞生徒由九十名增至一百三十人，膏火由五个月增至八个月，程、狄二人分别撰记立碑于洞。以盐务充公银补助书院经费，表明白鹿洞书院向官学化的道路上又迈进了一步。但是，这只解决了暂时的膏火费用，而日常修缮之费仍然没有落实，只得转向民间。
道光十年（1830），都昌陈尚忠捐修书院。道光十八年（1838），都昌吴泰捐一万二千余络大修书院各项建筑，并与同邑陈梦悦补刊毛德琦的（白鹿洞书院志）。道光二十二年（1842），都昌进士曹履泰捐修，安义张兆奎捐修。二十三年，陈尚忠之子陈洋漠又捐修。二十七年（1847），张兆奎又捐修。所有私人捐款，均立石纪事，并得到官府的褒奖（毛德琦《白鹿洞书院志》等）。
道光十六年（1836），知府张维屏亲主洞事，并讲学。他作有《鹿洞书院讲书记》传世，立有《匡庐诗课》课士，还将私人书籍赠送鹿洞。
道光二十七年（1847），鉴于书院日常经费日益困难，知府邱建猷呈请粮道邹鸣鹤，每岁拨漕运银千两充书院开支。然而好景不长，道光三十年（1850）盐务改章，盐款停拨，经费陷人困境。咸丰三年（1853)，漕米又停运，粮款停发，鹿洞经费再度陷人绝境。后又因太平军兴起，九江成为主战场，屋宇倒坏，拆毁，窃取甚多，生徒星散，书院被迫停办。
咸丰七年（1857)，星子解元潘先珍拨星子本县团练经费修葺白鹿洞书院。潘先珍因参与镇压太平天国运动立有。“功勋”，当时，江西的一些地方绅士都曾积极参与、组织团练，其中不乏书院的山的长。如南丰进士汤云松曾任江苏按察使，督办全省团练亦归主鹿洞、旺江等书院。因此，用团练经费修建书院，是这批道学先生“维护名教”、“整顿纲常”、“镇压异端”事业的一部分。
咸丰十年（ 1860），白鹿洞书院恢复开课，因田租不敷，仅有生童四十名。第二年，知府曾省三与潘先珍将明代紫霞真人编蒲书道光以后，白鹿洞书院的建设，往往借助于一些工商业主的经济支持。如都昌吴泰以“业陶起家”，捐巨资修建书院。
咸丰以后，同治光绪年间，知府黄廷金、刘清华、盛元、曹秉俊、刘锡鸣等人陆续对白鹿洞书院有所修建。有的颁布规章，有的补刊洞志。巡抚刘坤一、潘蔚，学政陈宝深也前后来洞讲学、视察。同治九年（1870），知府盛元修复春风楼，并将存下田租发店生息。巡抚潘蔚又奏告朝廷，请求修建白鹿洞书院，并会同学政整顿各地书院，又奏准筹银一万两发店生息以为书院日常经费，但不久，此款又被挪为军用。
(2)书院改学堂
19世纪末，由于帝国主义的人侵，引起中国国内政治经济的急剧变化，教育出现了改革的热潮。原来的书院积弊已深，师生埋头时文帖括，讲求义理、经训、博习词章等，这些对培养实用性人才不利。因此，书院的改革提到日程上来。先是有的地方出现以传授西学或兼课中西学为主的书院；也有的书院开创一些新课程，更有的人则主张将书院改为学堂。
光绪二十七年（1901），清廷迫于时势，不得不下令改书院为学堂，省为大学堂，府、厅、直隶州为中学堂，州县为小学堂。这一指令在第二年逐渐推行。白鹿洞书院停办，洞田归南康府中学堂管理，田租为中学堂经费。
宣统二年（1910)，在书院旧址建江西高等林业学堂。
辛亥革命以后，书院遗址曾遭火灾，藏书大部分损失。民国七年（1918)，康有为曾题写《白鹿洞书院》横额，书院也偶有修整，但终又日益颓坏。国民党军官训练团曾一度占用书院院舍。抗战时期，又遭到日本侵略军的破坏，合抱大树毁坏甚多。抗战胜利后，蒋介石曾表示白鹿洞书院由当时设在南昌的中正大学接管，作为中正大学的永久校舍，但这个计划并未实现。
1949年以来，人民政府对白鹿洞书院的遗址颇为关注。由地方文教部门派人进行管理。20世纪50年代修建了东、西碑廊。
1959年，刘少奇曾来白鹿洞视察，并提到他曾在1927年时来过白鹿洞。20世纪80年代中期，政府又拨款重修礼圣殿、礼圣门、彝伦堂（明伦堂）、御书阁、紫阳祠（朱子祠）、先贤祠（报功祠）以及其他房屋。成立了白鹿洞文物管理所，负责书院遗址的修复，管理工作。书院周围还有近3000亩自然保护林区，与白鹿洞书院遗址构成一个整体。
目前，白鹿洞书院已列为国家级文物保护单位、国家一级自然保护区、庐山世界文化景观之一。
(1)书院的官学化
雍正以后，朝廷直接出面对书院建设采取了一系列措施加以控制，书院进一步官学化。
雍正四年（1726），江西巡抚裴律度、九江分巡道刘均等倡修书院，刘均有《重修白鹿洞书院记》叙述此事，裴摔度还奏请朝廷派遣一人担任白鹿洞书院掌教，但未获准。
雍正末至乾隆初，清廷对书院的态度有了很大的变化。雍正十一年（1733），下诏赐各省会书院格金各一千两。他说：“督抚驻扎之所，为省会之地，着该督抚商酌奉行，各赐帝金一千金，将来士子群聚读书，须预为筹划，资其膏火，以垂永久，其不足者，在存公银内支用。封疆大臣等并有化导士子之职，各宜弹心奉行，默浮崇实，以广国家普获械朴之化，则书院之设，于士习文风，有裨益而无流弊，乃联所愿望也。”
乾隆二年（1737）清高宗弘历又下令：“凡书院之师长，必选经明行修足为多士模范者，以礼聘。负岌生徒，必择乡里秀异，沉潜学问者肄业其中。其持才放诞桃达不羁之士，不得滥入。书院酌仿朱子白鹿洞规条，立之仪节，以检束其身心；仿分年读书法，予之课程，使贯通乎经史。有不率教者，则摈斥勿留。”继而又规定教师有成绩的“奖励”，“议叙”，学生“器才尤异”的，可“准予荐举”。朝廷对书院的重视，实际要加强控制，以后不仅对省会书院，而且对府县书院，都要求山长由官厅聘任，学徒由官员考察，新建书院需申报批准，并由教官担任监院。学徒课试不仅有师课，还有官课逐步使书院的组织、领导、经费等方面向官学靠拢。在此期间，白鹿洞书院还得到特别的关怀。乾隆帝曾作《白鹿洞诗》和《白鹿洞赋》各一篇，乾隆九年又赐“洙泗心传”匾额一幅，以示重视。
(2)白鹿洞书院的发展概况
雍正、乾隆、嘉庆近百年来，白鹿洞书院有了较大的发展，但由于自康熙毛德琦修志以后，白鹿洞书院志未再重修，书院档案经过咸丰与民国初年的两次火烧，损失较大，能够查找的史料也就有限了。
雍正五年（ 1727），布政使李兰聘金溪进士王鳌为山长。王整顿规制，重加修缮。第二年知府董文伟又增置田亩，并讲学于洞中。
乾隆三年（1738），知府董文伟与主洞章国禄等人立《朱子白鹿洞教条》于洞中。并附以程董二人《学则》。这时白鹿洞有生童一百余人，其中除南康、九江两府外，还有江西其他府县以及江南、湖广、福建等地人士。
乾隆五年（1740），安福举人、原白鹿洞生徒王岐瑞编《朱子白鹿洞书院讲学录》问世。该书包罗了朱熹讲学鹿洞时的各种重要文献，成为书院师生的重要参考书。
乾隆十年（1745）巡道李根云整修书院，巡抚陈宏谋视察并讲学鹿洞，留有讲义，内容为《吾与回言终日章》与《回也其庶乎章》。
乾隆十三年（1748），知府赵立身修建院宇，赴院督课，赵立身离任时，主洞熊直宋率生徒百余人立《郡伯赵公教思碑》。
乾隆十六年（1751），白鹿洞书院前山长邵良杰从祀邵康节祠。
隆三十一年（1766），知府陈子恭又修葺书院，重建文会堂，增加生徒膏火，聘苏州昭文县进士顾镇主教白鹿洞。这时生徒增至一百四十三人。陈子恭自撰（白鹿洞书院重建文会堂记》与《白鹿洞书院童生加额增膏火记》记叙其事。
乾隆四十五年（1780），江西按察使王艇渴白鹿洞书院。他于 乾隆四十五年、五十三年（1788)先后两次来白鹿洞视察。他在南昌整顿友教书院，订有规条。在第二次视察鹿洞之后，决定编写《天下书院总志》。他说：“乾隆庚子余按察江西，过庐山，谒白鹿洞书院，徽国公祠。见其废弛玩惕，教者失其所以为教，学者失其所以为学，心窃悯之。欲收拾整顿，稍复旧观，而旋以忧去。……因思鹿洞为天下书院之首，其废若此，则其余州县书院，似此更多。遂取各省志及府州县之志，所载书院，汇而录之。”
乾隆五十年（1785)，建昌进士郭柞炽主洞，并讲学洞中，从游者高达三百人之多，且有姓氏可考。郭立《体用一源，知行并进》碑于洞中。
乾隆五十二年（1787），江西提督学政翁方纲视察白鹿洞，并讲学其中，对白鹿洞相当关心。五十九年（1794），署南康知府周兆兰校补重刊毛德琦《白鹿洞书院志》，现各地藏本多是周兆兰的校补本。
嘉庆以后，白鹿洞书院日益衰败，兴修的记载也很少，山长也常见空缺。当时，学校的风气是教导学子揣摩时文，以应科举，因此，真正愿意钻研修身养性、穷理宗儒之学的很少。
嘉庆九年（1804），江西巡抚秦承恩，借南昌友教书院存银二千两，为白鹿洞置田，并重修书院。这时，白鹿洞书院经费已亏至七千余两，以致“院长修缮有缺，生徒膏火不给”。秦承恩便命“廉干悴员”，查田亩“按籍稽核,”“向时积欠，严限迫偿。”又“考议条规，一矫旧弊。”复借款修建，置田以图复兴。但以二千两的借款，填七千两之亏欠，终究无济于事。多年的侵蚀，败落，要靠几个人是难以振作起来的。
嘉庆十年（1805），阳湖人榜眼洪亮吉游庐山，并讲学白鹿洞书院。当时，生徒列队私语曾把他和大文豪苏东坡并论，这反映了生徒们对他的仰慕之情。但洪亮吉在书院的讲学未得山长的接待，可见白鹿洞书院衰败景象。
嘉庆十八年（1813），东乡诗人吴嵩梁主讲白鹿洞书院。同年，著名学者恽敬游庐山，也来到白鹿洞书院，但未进任何教学活动,留有（游庐山记》。
嘉庆二十一年(1816)，九江道任蔺佑重修书院，并增置田亩。
清代白鹿洞仍属江西南康府管辖。明清政权交替之际，白鹿洞书院未遭到大的破坏，也没有长期停废。关于清代白鹿洞书院最早的记载在顺治四年（1647），这年南康知府李长春升迁，临行时捐棒银交前任知府聂应井作修葺书院的费用。但因南昌金声桓反清复明起义，原白鹿洞生徒吴江等聚众响应，与清军在星子交兵而停顿下来。
顺治七年（1650 ) ，聂应井与知府徐士仪等倡捐，增款，连同原有存资修葺书院。此时李长春与建昌（治今永修县）绅士熊德扬分别作了《 重兴白鹿洞书院记》 和《 重修白鹿洞书院礼圣殿记》 。
顺治九年（1652 ) ，清世祖福临刊立《 卧碑》 于各地官学明伦堂。碑中明令：“军民一切利病，不许生员上书陈言。如有一言建白，以违制论，默革治罪。”“生员不许纠党多人，立盟结社，把持官府，武断乡曲。所正文字，不许妄行刊刻，违者听提调官治罪。”同年还下令：“不许别创书院，群聚结党，及号召地方游食之徒空谈废业。”由此可见，清初朝廷对士人的思想，对官学、书院等的控制是很严的。尽管如此，清政府对原有书院并没有取消或撤并，只是采取措施加以控制。
顺治十年（1653 ) ，江西巡抚蔡士英会同藩桌诸司陆续将铅山鹅湖、吉安白鹭洲、南昌友教、庐山白鹿洞四所名书院加以恢复、整顿、聘师、开讲。对白鹿洞书院，蔡士英与李长春等人曾清查明代旧有田亩，倡增新田，制定规章条例，招生课试。在蔡士英调任嘈运总督赴任途中，又到书院暂驻。离赣后还对书院建设多有关心。曾经聘请新建儒生杨益介主讲白鹿洞书院，只是杨益介因身体不适而推辞。接着，蔡士英又与继任江西巡抚郎廷佐、李长春以及提学道杨兆鲁等人商议聘请明代进士熊维典写明代拔贡何大良任教。熊、何俩人经再三推辞后至顺治十四年（1657 ）赴书院就职。
此外，清初仍承袭明代白鹿洞书院推官主洞制，聘知名学者为主洞，同时还让推官监督洞事。熊何俩人主洞时，仍有府推官范扔监督洞事，这种监督洞事官员的设置至清末才废除。顺治初，南康知府薛所习又修建书院屋宇，并且增补李应升原订的《 白鹿洞书院志》 。熊维典作《 少司马大中垂蔡公重兴白鹿洞书院记》 。两块石碑至今还保存在白鹿洞书院。
顺治十七年（1660），黄宗羲游庐山来到白鹿洞书院。这时的白鹿洞仍有茂密的森林，黄宗羲《匡庐游录》说：“先圣及从祀皆像设，嘉靖间易天下文庙以主，所以书院得如故。然两房模范尽已剥落僵仆，诚不如主之为愈。”这时其他建筑还有宗儒祠、文会堂、先贤祠、彝伦堂等，“规制大略从翟守也”。
顺治以后康熙统治期间，白鹿洞书院因朝廷和地方官员的关怀，屡有兴修、置田、清租、聘师、招生、讲学、购书、订规、题诗、祀祭贤圣，规定科举名额等，白鹿洞书院得到大的发展。
康熙元年（1662），江西总督张朝麟带领府县官员重建明伦堂、宗儒祠，并由府教授杨日升掌教，推官朱雅醇督理洞事。杨日升曾捐棒修葺白鹿洞书院，他崇拜朱熹，每日抄录《朱子语类》一篇，说：“当道延掌洞课，与诸生讲心性之学，所甄拔皆知名士。”
康熙六年（1667-1668），南康府推官巫之峦、汪士珍相继兼督洞事，并与其他地方官一齐修葺书院。提学道吴炜为此作《重修白鹿洞书院记》。
康熙九年（1670），廖文英为南康知府。他亲自兼掌书院事务，修建院舍，增置院田，清理田租，组织开垦荒田、荒地、荒塘，装修圣贤像设，并重修书院志。廖文英还先后聘请星子吴一圣与宜春张自烈主讲，开展会文讲学活动。这时，星子举人钱振正也曾设帐于此。康熙十二年张自烈去世后，“遗命愿从白鹿游，固葬芭山于鹿洞之侧”。廖文英曾作挽诗说：“先生生不藕，八十老全人。对古枯心血，逃名扫客尘。英容知道大，守正缓天真。留骨匡庐麓，陶潜前后身”（见《芭山文集》）。张自烈有白鹿洞诗文讲说流传。
康熙十六年（1677)以后的几年中，南康知府伦品卓在布政使姚启盛、提学道邵吴远的倡捐支持下，对书院院舍大加整修。他翻新彝伦堂、文会堂、先贤祠、三先生祠，添堂、亭、号舍74间；重新修整计65间；共139间。“瓦砾茂草一时仑英。”这是清初第一次大规模的整修。志书上称：“兵炙之后大加经营。”伦品卓自己撰写了《重修白鹿洞书院碑记》。
康熙二十二年（1683），江西巡抚安世鼎，提学道高瑛，巡道查培继等人委托南康知府周灿重修书院。二十四年又礼聘南丰汤来贺主洞务，并由府学教授任副讲，典管诸多事务。汤来贺受聘主白鹿洞书院时已近80岁。著有《鹿洞迩言》、《内省斋集》，并在白鹿洞留有学规。汤又立堂长、学长多人，学者云集，当时湖北潜江进士莫大岸远道慕名前来，就学洞中。汤来贺订《白鹿洞书院学规》。
高璜，康熙二十一年（1682)为江西提学道。他来白鹿洞书院后，制定了《白鹿洞书院经久规模议》，议中包括洞规、禁约、职事、洞中日用事宜、议注、合用器具，祭器、书籍、每年支给常例，经费、洞租征收等十余项。议中肯定了朱熹、胡居仁、章演的《揭示》、《续规》、《为学次第》以及李龄、高责亨戒条。明确规定了主洞应“聘海内崇正学，黝异端，道高德厚，明体达用者，”“无则不妨暂缺。”副讲应聘“通《五经》，笃行谊者为之”。除此之外，由主洞、副讲择生徒任为堂长、正副管干、典渴、经长、学长、引赞等执事。经长负责经义斋事，学长负责治事斋事。凡生徒有疑义，“先求开示于经、学长；不能决，再叩堂长；不能决，再叩副讲；不能决，再叩主洞；不许蹭等。”此外还有伙夫、樵采、门斗等服务人员。主洞除供膳外，每年束情银六十两，副讲除供膳外每年束情银三十六两。堂长、管干等职事生，每年亦发给数量不等津贴。每月给银二两四钱，作为洞生月课赏格。
二十四年，安世鼎等人又上疏请求赐额与颁发国子监（十三经》、《二十一史》，并议定增建御书阁于明伦堂前，准备收藏御书。周灿等人又先将私人藏书捐赠书院。
康熙二十六年（1687)，清圣祖爱新觉罗玄烨亲书匾额“学达性天”赐予白鹿洞书院，遣官送抵书院悬挂，同时颁送了经、史诸书。据《康熙二十五年十一月份起居注册》记载：“‘学达性天’匾额共八面，同时赐予周敦颐、张载、程预、程颐、邵雍、朱熹祠堂及白鹿洞书院、岳麓书院。”所颁《十三经注疏》与《二十一史》，白鹿洞书院于二～十六年四月“奉到”。以后玄烨又陆续颁赐《古文渊鉴》、《朱子大兰全》、《周易折中》，均藏于御书阁中。安世鼎为此作《白鹿洞书院御匕书阁记》叙述此事。
康熙二十八年（1689），提学道邵延龄聘星子进士钱振正主持溯事。钱又校订增补了廖文英的《白鹿洞书院志》。
康熙三十一年（1692），巡抚宋荤赴洞整顿规制，增田，讲学，复班吟安义举人徐京阶任教书院。这年，著名诗人查慎行游庐山白鹿洞，作有《庐山记游》。查慎行来白鹿洞后，先渴“礼圣殿”，这时殿冲悬挂着玄烨御书“学达性天”及“万世师表”二匾，“中设至圣师刊象，旁列配十哲，两序七十二贤及配享诸儒皆像设”。此时主要的键筑物尚有“御书阁”、“彝伦堂”、“宗儒祠”、“三先生祠”、“诸葛武团喉祠”、“邵康节祠”，伦品卓，安世鼎等人的讲堂祠庙。以后，查慎绮了多次来白鹿洞，他的弟弟查嗣傈亦曾来白鹿洞，并留有诗作。
康熙三十二年（1693)，江西巡抚马如龙赴白鹿洞书院课士、评卷。马如龙曾引《苏湖教法》于鹿洞，“训迪生徒”。并聘熊飞渭主讲，熊又聘生徒万艇、蔡篙生为堂长。
康熙三十四年（1695），提学道王综定“戒”、“勉”各八条。其八三戒为“戒游惰、戒戏押、戒欺诈、戒矜傲、戒苟安、戒驰鹜、戒忌嫉、戒二纤刻”；八勉为“立志、敦本、主敬、致诚、明经、学古、专课、持重”。
康熙三十六年（1697）熊飞渭卒于白鹿洞，马如龙又聘都昌解元邵良杰主洞事，徐京介仍在洞中任教，时生徒仅二十余人。邵良杰任教白鹿洞时已五十多，他“每语生徒以朱子学规乃积德之基，人道之门”。他先后两次掌教白鹿洞共十余年，“一切规条、讲义大都原本紫阳、益以己说”。
康熙四十八年（1709）南康府学教授、兼主白鹿洞书院教事熊士伯请求建专祠祭祀朱熹，此事得到江西巡抚郎廷极和藩桌诸司的支持。祠建成后定名“紫阳祠”。将朱熹门徒林用中、蔡沈、黄榦、吕炎、吕焘、胡泳、李燔、黄灏、彭方、周耜、彭蠡、冯椅、张洽、陈宓及陈潞等十五人由宗儒祠随迁此从祠。这是白鹿洞书院为朱熹及门徒设专祠的开始。南康知府张象文写《文公朱子专祠碑记》，此文于康熙四十九年刻石，石碑现存于书院。
康熙五十一年（1712)，署知府蒋国祥呈请仿白鹭洲书院例另棚考试白鹿洞书院童生。省批定为每逢岁、科考定取四名，永为定例。巡抚郎廷极、布政使傅泽渊聘原敬主白鹿洞书院讲席。原敬在白鹿洞订有《白鹿洞续规》。
原敬还将私人所藏书籍捐赠书院，郎廷极有《送原先生赴鹿洞讲席诗》碑，现存书院。
康熙五十二年（1713），知府叶谦派星子、建昌、都昌、安义四县教官按季轮流至白鹿洞督课。次年又聘邵良杰主讲书院。
康熙五十四年（1715），星子知县毛德琦奉委协理书院事务。毛德琦来白鹿洞书院后，课士评文，修葺房舍，清理田亩，整复规制，重修书院志。康熙五十八年（1719），《白鹿书院志》修成，巡抚白演、学政王思训等作序，志分形胜、兴复、沿革、先献、主洞、学规（包括讲义）、书籍、艺文（包括记、书、诗等）、祀典、田赋十部分，共19卷。
总之，康熙朝的六十一年间，是清代白鹿洞书院建设的高潮。在这六十一年中，有赐书、赐额、科举之设，还有两次修志，有大批督抚、学政以及司道大员对书院的关怀等等。这些官方的努力都与清圣祖玄烨本人对理学的推祟、对朱熹的崇敬有十分密切的联系。但是就在兴盛之中，也可见其逐渐走向衰败的种种迹象。查慎行的《匡庐游记》说：“时读书洞中者仅二十余人”，“每日给钱三文，谷二升。”“按康熙十三年清理洞田总额共三千八百五十余亩，岁收洞租银九百三十余两，”这时“惟正讲、副讲二人岁支学傣共百金，余尽归郡、县官吏中饱。”“书院中碑刻虽多，而宋元碑无一存者。”而许多人来到白鹿洞书院，往往只是凭吊古迹，游览风景，并非读书讲学。随着手工业、商业经济的发展，中心城市的作用愈加明显，此时大师讲学，士子求学，趋于通都大邑。“依山林，即闲旷”而建的古代书院，逐渐失去学术中心"的地位。白鹿洞书院的影响日益缩小，逐渐出现衰败现象。
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