多瑙河沿巴伐利亚高原的北部边缘自西向东流,经阿尔卑斯山脉北坡和捷克高原之间的丘陵地达维也纳盆地。这是一段典型的山地河流,河谷窄而深,河床坡度大而且多浅滩和急流。上游支流很多,但干流的水文状况主要取决于来自阿尔卑斯山脉的几条较大的支流,例如累赫河、伊扎尔河、因河等,它们都以冰川融水为主要补给来源,因此高水位发生在春末和夏季。中游河谷宽广,河床坡度不大,河道弯曲,常出现河汊。有许多发源于阿尔卑斯山脉和喀尔巴阡山脉的支流在这一河段汇入多瑙河,例如,德拉瓦河、萨瓦河、蒂萨河等。与上游一样,多瑙河的基本水量仍来自右岸各支流。水文状况与这里的气候及上游水文状况有关。春季,由于积雪融化,水位达到最高,高水位一直延续到夏季;夏末秋初由于蒸发强烈,河水明显下降;秋季,由于蒸发减弱和雨水补给,水位再次上升;冬季,多瑙河也会封冻,但时间不长,而且也不是每年都封冻。铁门以下是多瑙河的下游,河谷很宽,接近河口时宽度可扩展到15至20公里,有的地方达28公里。下游河道没有中游那样弯曲,但河汊很多,在入海前形成一个长80公里,总面积达3500平方公里的三角洲。三角洲上河汊纵横,其中基利亚河、苏利纳河、格奥尔基也夫河三条汊河最为重要,其中苏利纳河可以通航。
布达佩斯是匈牙利的首都,曾经被称为“多瑙河女王”。多瑙河穿城而过,将城市分为布达和佩斯两部分。布达佩斯是中欧仅次于柏林的第二大城市。该市两部分地貌明显不同,布达在西岸台地和山坡上,佩斯在河对岸平坦的沙原上。该城的地理位置具有战略意义。佩斯的面积要比布达大得多。
贝尔格莱德是南斯拉夫首都,南斯拉夫组成部分塞尔维亚共和国首府。位于多瑙河与萨瓦河汇合处,居欧洲和巴尔干半岛之间3条有历史意义的交通要道交叉处。城市中第一座古城堡建于公元前4世纪,岛上还发现有石器时代居留地遗迹。二次世界大战后,贝尔格莱德发展成为一座工业城市。
布拉迪斯拉发是斯洛伐克的首都,为公路、铁路和港口的重要枢纽,有纺织、化学、金属和电子产品等工业。1526年至1784年曾为匈牙利首都。在这里发现了史前人类遗址。多瑙河畔100米高台地上的巨大城堡曾是奥地利王室的府邸。
加拉茨位于罗马尼亚东南部,多瑙河与锡雷特河汇合处沼泽地间的高地上,是一个内陆港口。该市是罗马尼亚主要进出口港口之一,有该国最大的造船厂和钢铁厂。