一、方法专利侵权证据的收集方式
（一）专利权人自己取证
在产品的专利侵权纠纷中，专利权人通过购买正在销售中的涉嫌侵权产品，作为自己的诉讼证据，这是最常见和最实用的取证方法，能够有效证明纠纷另一方的产品是否落入专利的保护范围中。但在方法专利侵权纠纷的取证中，专利权人自行取得被告的方法落入专利保护范围的证据的可能性是微乎其微的。对于产品专利，专利权人通过购买、在行政执法部门的配合下取得等方式可以取得侵权产品的物证；但由于方法专利涉及的是一系列操作步骤，是一系列有机组合起来的动作，不是某一个或几个“物证”所能证明和重现。因此最直接的证据是在涉嫌侵权者的操作现场，记录并固定整个操作过程。但是，现实中没有任何一个生产厂家会放任其他人来观察、记录自己的生产、操作过程和知悉自己的生产细节，所以上述方式只是一种理论上的方法，没有操作的可行性。
（二）公证机关的“保全证据”公证
《中华人民共和国公证法》第十一条列举了“保全证据”这项公证机构的公证事项，因此专利权人或者利害关系人可以在起诉之前，请求公证机构进行涉嫌侵权的方法的保全证据公证。公证的证据具有较强的证明力。公证机构根据当事人及其律师的请求和保全对象的特点，可以采取购买或者索取实物、现场进行拍照录像、询问证人等方法进行保全证据公证。但是本方法同样仅适用于产品专利侵权取证，不适用于方法专利的侵权取证。“在公证保全证据活动中，虽然有公证机构介入并证明申请人的保全证据行为，这种行为在本质上仍然属于私力救济手段。”“不得未经利害关系人的许可，进入其私人空间实施保全证据的行为。”公证机关保全证据公证的实质仍然是当事人取证，只是由公证机关记录下来当事人的整个取证过程，对当事人所取得的证据的合法性、真实性予以证明。由于公证机关进行保全证据公证的性质所在，公证机关在申请人提出保全证据公证申请时，一般会要求申请人能够获得被申请保全对象的实际控制者的同意。如前所述，这种“同意”是不可能获取的，因此公证机关的保全证据公证实际上在方法专利侵权诉讼的取证中实现不了。公证保全证据的方式同样仅适用于产品专利，而不适用于方法专利的取证。
（三）人民法院的主动取证
《民事诉讼法》第六十四条第二款规定：“当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。”上述规定为法院主动取证提供了法律依据。这种取证方式存在的缺陷是：
1、破坏了人民法院在诉讼中的中立地位。由于专利侵权诉讼是民事诉讼，人民法院的工作人员来到被告人的工作现场取证，客观上形成人民法院为专利权人取证的的局面，容易使被告对法院产生误会，破坏了人民法院在民事诉讼中的中立地位。
2、法官技术方面的不足导致取得的证据往往存在缺陷。《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第五十一条第三款规定，“人民法院依照职权调查收集的证据应当在庭审时出示，听取当事人意见，并可就调查收集该证据的情况予以说明”。该款的规定贯彻了质证原则，表明了法院依照其职权调查收集到的证据与当事人自己的举证并无不同，仍然要受到证据规则的制约。不会因为是法院调查收集或保全取得的证据，其证明效力就一定高于当事人的举证，就一定要作为认定案件事实的证据。这里面的道理是：证人的陈述不会因为你是法官而绝对不出现错误，证据也不会因为你是法官就必然保持原始或者真实的状态。“法官受到自身的学识、经历、素质、素养或情绪等主观因素的影响，并不一定能必然完整地收集到相关证据，也不一定能必然地依据这些收集来的证据还原事实的真相。因此，法院应当尽量谨慎地使用自行调查收集证据或主动进行证据保全的职权，避免以法院的意志影响当事人，避免法庭成为当事人矛盾的焦点，避免法庭取得的证据仍不能保证其证明效力的尴尬局面，从而影响法院的严肃性和公正性。”方法专利侵权纠纷案件涉及到较强的专业技术问题，单纯依靠审判人员的力量往往难以达到证据保全的要求，对于方法发明专利这种具有较强专业性的证据，由于法官缺乏专业技术知识，必然会出现保全的证据不全面、不完整的情况。
（四）法院应申请人的请求所做的证据保全
《民事诉讼法》第七十四条规定：“在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，诉讼参加人可以向人民法院申请证据保全，人民法院也可以主动采取保全措施。”
由于方法专利所保护的客体是一系列动作、一系列操作法和一系列步骤，上述特点决定了其对侵权证据的获得，最佳方式是采用证据保全。证据保全“是指在证据可能灭失或以后难以取得的情况下，人民法院根据诉讼参加人的请求或依职权采取措施对证据加以固定和保护，并且采取正确的方法将证据的证明力保存下来的一种制度。”证据保全是对可能灭失或以后难以取得的证据及时加以收集、固定和保护的法律制度。证据保全的目的是确保证据材料能够完整地提交给法院，并且在法院的主持下交由各方当事人质证，以便法院查明案件事实。“证据材料的保全实际上就是要保护证据在诉讼活动中的价值。这有三层含义：第一，保护证据的特定价值，即防止证据材料遗失或被替换；第二，保护证据的证明价值，即防止证据材料变质或被损坏；第三，保护证据的法律价值，即防止证据材料因保管手续不健全而失去法律效力。”目前，法院在应申请人的请求采取证据保全措施时，一般要求申请人、被申请人同时到场。由于申请人对其申请保全的证据比较清楚，由申请人到场指认被申请保全的证据有助于法院完全针对申请人的申请进行证据保全。《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二十四条第二款规定：“人民法院进行证据保全，可以要求当事人或者诉讼代理人到场。”根据这一规定，人民法院往往根据案件的具体情况，要求各方当事人到证据保全现场，协助法院采取证据保全措施，从而避免申请人对被保全对象与申请保全对象的一致性提出异议。
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