人民法院进行证据保全的优点是：
1、能够有效地保存和固定证据。由于产品专利侵权物证单一和集中，往往不属于容易灭失和出现过后难以取得的情况，而方法过程的易逝性、结果与过程之间的非一一对应性和发生过程的隐蔽性决定了如果不采用证据保全记录方法的全过程，随着时间的推移这些活动的证据必然灭失。而且证据保全中录像资料、图文资料等能够体现出时间顺序的优点在方法专利侵权证据中非常适用，能够直观、鲜明地反映被保全方法的全过程，有利于庭审过程中原、被告的辩论和法官对事实的认定。
2、能减轻法庭对证据真实性的判断工作。在法庭上，产品专利侵权判定过程中一般只要有一个物证就可以了，这个物证就是涉嫌侵犯专利权的产品。侵权判断过程中，原告把该物证与产品的专利权逐个技术特征进行比对，努力证明专利权中所记载的技术特征被该产品全部重现或等同，被告则努力证明专利权中所记载的技术特征没有被该产品全部重现或等同，合议庭的法官在双方辩论的过程中逐渐清楚了事实并最终形成了该产品是否落入专利保护范围内的心证。原告、被告和法庭这三者辩论和比对的基础就是产品物证和专利权，对一个单一物证真实性的判断比较容易。
方法专利侵权判定过程则不然，没有能够反映方法全过程的物证证据存在。由于被衡量是否落入方法专利权保护范围的是一个有时间顺序的系列动作，为了证明这一系列动作与专利方法之间是否存在重现或等同的关系，必须提供每个动作的证据，另外还要推定出上述各个动作之间的顺序关系，原告、被告、法院合议庭围绕这样一个庞大的证据群进行质证。其真实性、关联性和合法性的判断够叫人头痛，作为一个法律知识为背景的法官极难判断、甄别如此大量的证据。因此无论是原告或被告提供的证据，其真伪性的判断耗费法庭很大精力。而证据保全基本上免除了原告、被告和法官对证据真实性的鉴别工作。
3、人民法院的强制力保证了证据保全的顺利实现。如果涉嫌侵犯方法专利的被告阻挠法院进行证据保全，即构成举证妨碍。从行为上讲，“举证妨碍是指不负有证明责任的一方当事人通过作为或者不作为阻碍负有证明责任的一方当事人对其事实主张的证明。”从结果上讲，“举证妨碍是指诉讼当事人以某种原由拒绝提出或由于自己的原因不能提出证据的行为后果。”当被告出现举证妨碍行为时，法院可以判令举证责任倒置，由被控侵权人举证证明其方法，由此来保证证据保全的顺利实现，从而克服了专利权人自行取证和公证取证的困难。
从目前来看，此种方式取得的证据应该说是最贴近于客观事实了，证据的合法性、真实性、关联性都能最大程度上符合诉讼要求。也能最大程度满足专利权人的要求。因此，在方法专利侵权诉讼中，专利权人请求人民法院进行证据保全成为普遍现象。
人民法院进行证据保全的优点非常突出，但缺点依然存在，这个缺点就是容易侵犯被告的技术秘密。既然是取证阶段，被告的方法有可能侵犯了专利方法，也有可能不侵犯专利方法。另外被告的方法中极有可能存在着技术秘密。
取证得到的结果可能存在以下几种情况：a、被告的方法是已有技术，不侵犯专利权；b、被告的方法落入专利的保护范围内，侵犯了专利权；c、被告的方法既不是已有技术也没有侵犯专利权，构成被告自身的技术秘密；d、被告的方法落入了专利的保护范围内，也侵犯了专利权，但被告的方法中添加了新的技术手段和技术要素，因此就其增加的技术手段部分被告享有技术秘密的权利。也就是说上述的c和d情况下，专利权人都有侵犯被告技术秘密的嫌疑。
目前的证据保全实务操作过程中，人民法院有时候着重强调对专利权的保护，因而重视证据取得的真实性而忽视对被申请人技术秘密的保护；有时候着重考虑对被申请人技术秘密的保护，因而在保全证据过程中束手束脚。具体到某一阶段采取哪种倾向不完全确定，社会舆论导向以及具体办案人员的主观意识都可能成为决定性因素，随意性因素较大。当然，重视一方利益而忽视另一方的利益必然会带来不公平和矛盾冲突，因此如何解决证据保全中取得证据的真实性与保护技术秘密之间的矛盾冲突，是发挥人民法院进行证据保全的优点，从而妥善解决方法专利侵权诉讼中取证问题的关键。
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