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西瓜嫁接栽培所使用的砧木主要有三大类，即葫芦、白籽南瓜和野生西瓜，而使用较普遍的是葫芦和白籽南瓜两种。根据栽培季节不同、嫁接方式不同、选用的西瓜品种不同，对砧木的要求也不同，所选砧木的种类也不同。
一、根据栽培季节选择砧木：北京地区西瓜嫁接栽培以春季为主，春季育苗期间外界环境温度低，南瓜比葫芦苗出得齐、长得快，这是不少瓜农春季嫁接栽培选择白籽南瓜的主要原因。它的缺点是坐瓜前如果水肥管理不当，特别容易跑秧，而且对西瓜的果实品质影响较大。葫芦砧春季使用虽在苗期生长较慢，但不容易跑秧，易坐瓜，嫁接后对西瓜果实品质影响较小。因此两种砧木均可在春季栽培上选用。
二、根据不同嫁接方式选择砧木：西瓜嫁接栽培常用的嫁接方式有顶插接、贴接、劈接和靠接，如选用前三种嫁接方式，两种类型的砧木均可选用。如选用靠接方式，则不宜选用白籽南瓜砧木，原因有两点，一是南瓜砧木下胚轴较短，嫁接时与接穗的两个舌形接点不容易镶嵌，二是南瓜砧下胚轴容易空心，影响嫁接苗成苗率，因此靠接应选用葫芦砧木。
三、根据不同种类的西瓜选择砧木：如果选用新秀一代、早春红玉等小型西瓜做接穗，则不宜选生长势强的南瓜砧木，因为瓜农反映上述小型瓜采用南瓜砧木嫁接后，瓜秧长得旺，雌花瘦小，坐瓜不齐且较晚，用葫芦嫁接瓜秧不旺，雌花发育较好，坐瓜较齐，因此选择葫芦砧较适宜。
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