卡扎菲有过两次婚姻,共有八个孩子。他的前妻是伊德里斯国王军队中一名高级官员的女儿,名叫法蒂赫。因为岳父是高级将领,卡扎菲很快被提拔为上尉。就这样,卡扎菲迈出了他人生中重要的第一步。其实,这场婚姻夹杂着很多政治因素,所以在"九月革命"之后,卡扎菲就宣布与法蒂赫离婚。
卡扎菲提出的理由有两条:一是因为这桩婚姻办得相当草率,他与来自旧制度中产阶级家庭的小姐结合相当勉强;二是因为婚后夫妻感情不和。这段婚姻持续时间非常短暂,在法蒂赫生下儿子后,两人就离婚了。因此也有不少评论称,卡扎菲成长过程的第一阶段是靠吃“软饭”起家的。卡扎菲的现任妻子是萨菲亚·法卡什。据说,彼此的感情非常好,卡扎菲的脾气总是反复无常,但是每次只要见到自己的妻子,他的坏心情就可以立刻烟消云散。
卡扎菲的第二段婚姻,一直有一个流传甚广、极富戏剧性的故事。传说中,美国中情局曾多次组织刺杀卡扎菲,在第七次刺杀时,派出了美女杀手萨菲亚。她潜入利比亚后,带领行动小组,计划在1971年利比亚国庆庆典上刺杀卡扎菲。按原计划,到了9月1日国庆日,她将乔装打扮成急救护士,伺机接近卡扎菲,找准时机直接扣下手枪扳机结束卡扎菲的生命。
可是,当萨菲亚真的把枪对准卡扎菲脑门,看着这个她长期研究的刺杀对象时,她突然“美人难过英雄关”,缴枪投降。这个传奇的故事还有一个戏剧化的结局,后来卡扎菲亲自审问萨菲亚“为什么没有下手?”,并直视着萨菲亚的眼睛,目光如炬。萨菲亚坦言自己爱上了卡扎菲。两人就此陷入热恋,并在一周后结婚。
无论如何,他们婚后家庭生活幸福美满,共生育7个孩子,其中6个儿子。卡扎菲曾表示,希望他的6个儿子都成为医生,以便能为非洲的穷苦人民提供医疗服务。他对唯一的女儿阿伊莎特别宠爱,认为这个女儿也许有潜在的政治才能。