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假设：个人所得税扣除标准为800元；所得税税率33%。
企业为职工代扣代缴个人所得税有两种情况：第一，职工自己承担个人所得税，企业只负有扣缴义务；第二，企业既承担税款，又负有扣缴义务。举例说明如下：
第一，企业作为个人所得税的扣缴义务人，应按规定扣缴该职工应缴纳的个人所得税。代扣个人所得税时，借记“应付工资”科目，贷记“应交税金——代扣代缴个人所得税”科目。
例1：企业为职工顾某发放9月份工资3600元。税款由顾某自己承担，企业负责代扣代缴。
顾某应纳税额＝（3600－800）×15％－125＝295（元）。
月末发放工资时，账务处理为：
借：应付工资 3600
贷：现金 3305
应交税金——代扣代缴个人所得税 295
缴纳税款分录略（下同）。
第二，企业为个人代负个人所得税通常有两种情况：一是按照合同或者协议规定，纳税义务人应纳的个人所得税全部或部分由企业负担。这种情况通常是企业的自愿行为。二是因企业未履行扣缴义务，个人所得税由企业赔缴。这种情况是税法对企业未履行扣缴义务的一种“处罚”。企业除了赔缴税款外，还需按规定缴纳一定数量的滞纳金和罚款。
由于个人所得税是对取得应税收入的个人征收的一种税，其税款本应由个人负担。企业代纳税人负担的税款属于与企业经营活动无关的支出，应记入“营业外支出” 科目。与之相适应，企业代负的个人所得税也不得在企业所得税前扣除，在年终申报企业所得税时，应全额调增应纳税所得额。
例2：企业为职工王某发放9月份工资3200元。按协议规定，王某个人所得税由该企业承担。按照国税发[1995]065号文件的规定，应纳税额计算如下：
应纳税所得额＝（不含税收入额－800－速算扣除数）÷（1－税率）＝（3200－800－125）÷（1－15％）＝2676.47（元）；
应扣缴个人所得税＝应纳税所得额×适用税率－速算扣除数＝2676.47×15％－125＝276.47（元）。
账务处理如下：
借：营业外支出 276.47
贷：应付工资 276.47
若该企业当年度税前利润总额为120000元，营业外支出账户中列支代负本单位职工的个人所得税税额为30000元，不考虑其他纳税调整因素。则：
全年应纳税所得额＝120000＋30000＝150000（元）；
应纳企业所得税额＝150000×33％＝49500（元）。
需要说明的是，有人认为，企业支付的工资本应是含税的，企业代负的税款和职工实际取得的收入，是企业本应支付给职工的含税工资。因此，应将为职工代负的个人所得税，记入应付工资账户贷方和相应的科目中，以体现实际发放工资总额的真实性。即借记“管理费用、生产成本”等科目，贷记“应付工资”科目，同时借记 “应付工资”科目，贷记“应交税金——代扣代缴个人所得税”科目。这种处理方法，实际上是将本应由个人负担的个人所得税名正言顺地改由企业负担。这与国家开征个人所得税的意义直接相违背，其结果必将增加企业的成本，从而减少了企业所得税。
应为：
1、月末计提员工工资
借:管理费用/营业费用/生产成本
贷:应付职工薪酬-工资
2、企业缴纳社保/住房公积金/个人所得税时
借:其他应付款-社保(汇总所有员工承担的)
其他应付款-住房公积金(汇总所有员工承担的)
应交税费-应交个人所得税(汇总所有员工承担的)
应付职工薪酬-社保(企业承担的部分)
应付职工薪酬-住房公积金(企业承担的部分)
贷:银行存款
借：管理费用
贷：应付职工薪酬-社保(企业承担的部分)
应付职工薪酬-住房公积金(企业承担的部分)
3、发放工资时
借:应付职工薪酬-工资
贷:现金
其他应付款-社保(XX员工承担的)
其他应付款-住房公积金(XX员工承担的)
应交税费-应交个人所得税(XX员工承担的)
由公司承担职工个税，则此个税不允许税前扣除，一般在“营业外支出”科目核算。其实你可以将职工工资转化为含税工资，然后代扣代缴个税，则可以多得到税前扣除。
单位或个人为纳税义务人负担税款,应将纳税义务人取得的不含税收入换算为应纳税所得额,计算个人所得税.计算公式如下：
（一）应纳税所得额=（不含税收入额-费用扣除标准-速算扣除数）÷（1-税率）；
（二）应纳税额×适用税率-速算扣除数
例如，某员工税后工资为5000元，
⑴公司承担个税，则应纳税所得额=（5000-2000-125）/（1-15%）=3382.35元，应纳个税=3382.35*15%-125=382.35元。
计提工资时，
借：管理费用—工资 5000
贷：应付职工薪酬—工资 5000
计提个税时，
借：营业外支出 382.35
贷：应交税费—应交个人所得税 382.35
此时，公司为此付出5382.35元，但能税前扣除仅5000元；
⑵公司计提5382.35元工资，由职工交纳个税。
则应纳个税=（5382.35-2000）*15%-125=382.35元，职工得到工资=5382.35-382.35=5000元，
计提工资时，
借：管理费用—工资 5382.35
贷：应付职工薪酬—工资 5382.35
计提个税时，
借：应付职工薪酬—工资 382.35
贷：应交税费—应交个人所得税 382.35
此时，公司为此付出5382.35元，能税前扣除5382.35元。
企业代缴的个税能否税前扣除
如今，个人所得税成了与百姓关系最密切的税种，其与企业所得税的政策衔接问题也是理论界探讨的热点。笔者在税务稽查工作中了解到，一些企业财会人员对企业代缴的个人所得税能否计列企业所得税前扣除项目存在疑问。他们反映，企业在年终自查时，发现在员工个人所得税代扣代缴计算上出现了误差，须补提和补缴。补提分录中贷记“应交税金———应交所得税”是明确的，借记“生产成本（管理费用等科目）”或资产负债表生成以后需借记“以前年度损益调整”，这笔企业负担的补缴税款可否在企业所得税前列支？
对于上述疑问，实践中存在两种截然相反的观点：一种观点认为，个人所得税是由个人负担的，应遵循“谁负担谁列支”的原则，企业代缴的个人所得税不能税前列支。另一种观点认为，内资企业所得税相关法规没有规定不可以列支，按照“法不禁止即许可”的原则，企业代缴的个人所得税可以税前列支。对此，笔者查询了个人所得税和企业所得税相关税法条款、多家税务局网站的政策咨询材料，都没有得到清晰的定论，不得不引发从另一个视角对企业为职工代扣代缴个人所得税问题的思考。
第一，从计税方式看，个人所得税具有价内税性质。企业支付给职工的工资报酬等可称为劳动力价格，个人所得税的计税依据显然是含税的，所以个人所得税可以视作劳动力价格的价内税。目前在我国税收实践中，价内税是可以税前扣除的。消费税相对于产品价格而言是价内税，可以在企业所得税前扣除。以此类推，个人所得税就是支付给个人的款项（可能分别是企业的成本、费用、股息、红利等）的价内税，该笔支付款项若可税前扣除，则其内含的个人所得税同理可扣。
第二，就企业所得税的税前扣除原理而言，代扣代缴个人所得税与生产经营相关，与取得收入配比，应当予以税前扣除。企业支付给个人的款项应代扣代缴个人所得税的情形，在《个人所得税代扣代缴暂行办法》中规定有十大类，均与生产经营息息相关。同时《个人所得税法》与《个人所得税代扣代缴暂行办法》都规定了代扣代缴人可以从主管税务机关获取2的手续费收入。《税收征管法》也规定，扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款50以上3倍以下的罚款。可见，企业对个人的代扣缴工作并非与生产经营无关，而是关乎经济责任的法定义务。根据《企业所得税暂行条例》及其实施细则、《企业所得税税前扣除办法》规定的配比性和相关性原则，应是可以在税前扣除的。在美国，税法就规定，公司为个人支付的个人所得税可以在公司所得税税前扣除。
第三，从现行会计准则和会计制度看，根据会计分录，准予扣除的个人所得税部分其实已经包含在企业税前可列支的项目限额标准内；如果可列支项目需进行超额部分的调增，则所含的个人所得税必然同比例调增，而不必另行规定。举例分析，一私营企业某年12月开业，12月支付给全部100名工人的月平均工资每人750元（该地区适用计税工资800元/人/月），唯一需要缴纳个人所得税的一名经理的工资为2000元（税前扣除费用为1600元），应扣缴税款20元。则计提工资时，
借：生产成本75000
管理费用2000
贷：应付工资77000。
发放工资时，
借：应付工资77000
贷：现金76980
应交税金——应交所得税20。
因为企业的101名员工本月（全年度）的工资未超过计税工资限额，可据实扣除，即不需调增应纳税所得额。而20元个人所得税就已经包含在2000元管理费用中，怎么不算是“在所得税前扣除”呢？
第四，从例外的情况反观之，股息红利性质的税后支付款项因为是企业所得税后发生的，所以扣缴义务人不会将所付金额计入成本费用，相应代扣缴的个人所得税包含在所付股息红利之中（因为是价内税），当然也不能进行税前列支。所以，这部分的个人所得税真正可以称作“由纳税人个人负担的”。
综上所述，笔者认为企业代扣代缴的个人所得税应否在企业所得税前扣除，片面地回答能或不能都有失偏颇，应以“分步法”思路判断：
步骤一，检验个人所得税的缴纳时机。个人所得税的缴纳，如果是由税务机关稽查查补以前年度的，则不允许在企业所得税前扣除；如果是由企业自查补缴的，应判断其所属时间；如果是在已经汇算清缴的以前年度发生，则不可扣除，如果是在当年度或者是未汇算清缴的上一年度发生，则转到下一步。
步骤二，区别个人所得税的计税依据，即这一笔支付给个人的款项本身是否属于可以扣除的成本、费用，它的发生是在企业所得税前还是税后。如果是企业所得税后的支付款项，如股息红利，其个税不可以扣除；如果是企业所得税前的，则转到下一步。
步骤三，将代扣代款的个人所得税与被支付个人的净所得加总，看是否超过了该项目在《企业所得税税前扣除办法》中规定的限额标准。超标部分就是会计与税法的永久性差异，必须在企业所得税申报表的应纳税所得额中予以调增；未超过扣除标准的部分，应当允许在企业所得税前扣除。
在两税合并的历史进程中，计税工资限额标准的取消将是大势所趋，笔者建议借鉴国际惯例，进一步完善企业所得税和个人所得税制度，允许企业对为职工负担的个人所得税进行企业所得税税前扣除，同时把企业为职工负担的个人所得税税款算入职工个人的收入。
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