土壤内源污染主要是由农民不合理耕种方式造成的。主要表现为用水方式不当、有机肥投入不足、化肥使用不平衡，造成耕地土壤退化、耕作层变浅，土壤保水保肥能力下降。这些不合理耕种方式造成的土壤污染约占土壤污染总量的90%。
自然因素造成的土壤污染，其因果关系和机理较为复杂。就中国农业用地的污染主要来自不当的农业种植方式如滥用农药、化肥等和工业污染所带来的土壤重金属含量超过国家和世界标准许可的范围。
蚯蚓被称为 “活犁耙”，能够松土，它经常在地下钻洞，使土壤疏松多孔，外界的游离气体就容易深入土中，促使微生物滋生，植物的根就很容易发育，地面上的水分或者肥料也容易深入土中，庄稼得到养料，长得就好。
蚯蚓能够改良土壤。有人试验，一条蚯蚓在一个月里能够吃掉0．61克干的有机质。如果按照一平方米的土地里平均有30条蚯蚓来计算的活，那么一个月以后，一公顷土地上，蚯蚓就可以排出一千公斤的粪便。事实上，在适宜的条件下，一平方米土地往往居住着一百多条蚯蚓，人们可以看到一团团的蚓粪，蚓粪能大大地肥沃土壤，促进了植物的生长。
蚯蚓具有惊人的消化能力。除了玻璃、塑料、金属和橡胶以外，无论是蛋壳，果皮、硬纸板、下水道污物和垃圾等，这些东西经过发酵后，蚯蚓都喜欢吃。蚯蚓吃下这些东西，拉出的粪便含有丰富的硝酸盐、磷 酸盐和钾盐等，这又是一种很好的天然肥料。
在一些国家，还用蚯蚓来处理垃圾。蚯蚓粪加工以后，运销各处园圃、温室，作为种植花木、果菜的肥土。这样既消除了垃圾，又获得了很好的肥料。
