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在我的手中，有两份判决书：一是依据《合同法》 第五十二条第（二）项“恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益”，判决股份转让协议无效；一是依据《合同法》 第五十四条第（一）项“因重大误解订立的”， 判决撤销股份转让协议。
这两份判决书，给了我极大的烦扰，不仅是一方当事人，甚至于法院的执行庭，也三番五次地跑来，要求我依据其判决书撤销原变更登记。经过慎重考虑，我答复：股权转让协议被判撤销或无效的，公司应当申请办理相关的工商登记，而非登记机关可以直接予以撤销原变更登记；股权转让协议被判撤销或无效的，公司应当申请办理变更登记而非申请撤销变更登记。
关于股权转让协议被判撤销或无效的，登记机关不可以直接予以撤销原变更登记的理由，其实很简单，就是一句话：没有法律依据。因为，依据《行政许可法》或《公司法》的规定，登记机关可直接撤销登记的，就两类：一是登记机关违法作出的行政许可（注册登记），二是申请人违法取得的行政许可（注册登记），即“以欺骗、贿赂等不正当手段取得行政许可的”，或者根据《公司法》的表述，是“办理公司登记时虚报注册资本、提交虚假证明文件或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得公司登记……情节严重的，撤销公司登记。”除些之外，再无其他可直接撤销的情形。
有位律师很敬业，他通过长期、艰苦地努力学习后告诉我，股份转让协议是股权变更登记的基础，当协议被撤销了，股权变更登记的基础丧失，应当是《行政许可法》第六十九条第一款第（五）项所指的“依法可以撤销行政许可的其他情形”，工商可以直接撤销。我的答复是：请注意，有“依法”两字，你将“法”给我，我给你办撤销。股权转让协议被判撤销或无效的，应当由公司申请，且办理的是变更登记而非申请撤销变更登记。
其一，当登记机关不能依职权直接作出撤销登记时，一切登记行为必须是依申请办理，这应当没有问题。
其二，股权转让协议被判撤销或无效，不符合《行政许可法》第六十九条登记机关主动撤销条件，也不符合《公司法》 第二十二条第四款“公司根据股东会或者股东大会、董事会决议已办理变更登记的，人民法院宣告该决议无效或者撤销该决议后，公司应当向公司登记机关申请撤销变更登记”之规定：是决议无效或者撤销可申请撤销变更登记，而非协议无效或者撤销。
其三，虽然，《合同法》第五十六条规定“无效的合同或者被撤销的合同自始没有法律约束力。”但那必须是法院判决股权转让协议被撤销或无效，且判决书生效后才能明确的。登记机关收到登记申请后，只对申请材料是否齐全、是否符合法定形式进行审查。被判撤销或无效的股权转让协议，在登记时，并不是虚假的，不可能影响到当时的工商登记。
其四，当院判决股权转让协议被撤销或无效、且判决书生效后，依据《合同法》第五十八条“合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还”之规定，我们工商只能理解为股份再次发生了转让。那么，登记机关的处置就可以很轻松了，是依据《公司登记管理条例》第三十五条办理就行，即由公司申请办理股权变更登记。
两份判决书，法院来了两份协助执行通知书。我是这样处置的：一是发出书面通知给公司，要求公司在接到通知30日内到窗口办理股权变更登记；二是在警示系统中做了一个提示，根据法院协助执行通知的要求，暂停公司除股权变更外的的其他登记业务的办理，同时明确在未办理股权变更前，因其登记事项发生变化而未办理变更的，不予通过年检――通常，法院的协助执行通知书只限于开业（对外投资）、变更与注销登记，不影响企业工商年检，这是我对法院要求的底线。
不予通过工商企业年检，对正常经营的公司影响力很大，因为无法通过银行系统的年检，帐户将会被停用。所以，其中被判撤销股权转让协议的公司，经申请在我的主持下，新老股东签订了和解协议，新股东（受让方）再次补偿老股东80万元RMB后，视同判决书执行完毕。我也依据《合同法》第五十六条中“不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿”之规定，解除了警示，不再要求其办理股权变更登记。至于其中被判股权转让协议无效的公司，说咱不经营了，年检按规定申报，过不过由工商决定；假如工商要罚款，多少都给，就是不能便宜了想占便宜的人。
如此，我认为股权转让协议被判撤销或无效后的工商登记处置，也已经到位了。（SMZ20120405） | 
