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首先是 FAT
FAT即文件分配表，也即人们常说的FAT16。它是自DOS、Windows 3.x以来广泛使用的硬盘分区格式，是传统的16位文件系统。它有极好的兼容性，DOS、Windows 、Windows NT的各种版本，以及其他各类操作系统都支持FAT16。它相对速度快， CPU资源耗用少，所以至今仍是各类机器硬盘常用的分区格式。但是传统FAT16的不支持长文件名，受到8＋3，即8个字符的文件名加3个字符扩展名的限制。单个分区的最大尺寸为2GB，单个硬盘的最大容量一般不能超过8GB，所以如果硬盘容量超过8GB，8GB以上空间则因无法利用而浪费。当分区尺寸为2GB时，单“簇”（磁盘容量最小单位）尺寸为16KB，当文件数量巨大时会白白遗留许多无法利用的空间。 但FAT有一个严重的缺点：当文件被删除并且在同一位置被写入新数据，他们的片段通常是分散的，减慢了读写速度。磁盘碎片重整是一种解决方法，但必须经常重组来保持FAT文件系统的效率。FAT的缺点还有以下几点：1.太浪费磁盘空间 2.磁盘利用效率低 3.文件存储受限制 4.不支持长文件名，只能支持8个字符。5.安全性较差
其次是FAT32
FAT32是Windows 95 OSR2版开始推出兼容16位的32位文件系统。最大特点为使用较小的簇（每簇仅为4KB）分配文件单元，大大提高硬盘空间利用率，减少了浪费。单个硬盘的最大容量达到2TB（1TB=1024GB），为海量硬盘的使用者提供了方便。它支持长文件名，能很好运行 DOS、Windows 95－2000的各种版本，但系统开销要大于FAT16。这种文件系统的安全性仍然较差；FAT32可以兼容FAT16，但无法访问NTFS分区。对于像Word一类的编辑软件产生的文本文件而言，在FAT32的机器上建立的文件只有以“纯文本”格式存盘，才能在FAT16的电脑中打开，在Windows 95 OSR2、Windows 98中提供了FAT16向FAT32之间的单向转换功能。 windows 2000和windows XP能够读写任何大小的FAT32文件系统，但是这些平台上的格式化程序只能创建最大32GB的FAT32文件系统。在dos系统下可直接访问fat32分区，而ntfs分区则不能在dos下直接访问。 但FAT有一个严重的缺点：当文件删除后写入新资料，FAT不会将档案整理成完整片段再写入，长期使用后会使档案资料变得逐渐分散，而减慢了读写速度。硬盘碎片整理是一种解决方法，但必须经常整理来保持文件系统的效率。
最后是 NTFS
NTFS即是Windows NT的文件系统，它的最大优点是安全性和稳定性好， 通过可恢复能力(事件跟踪)和热定位的容错特征实现 。全32位内核的NTFS为磁盘目录与文件提供安全设置，指定访问权限，难以受到病毒侵袭。NTFS自动记录与文件的变动操作，具有文件修复能力，不需要运行磁盘碎片整理等磁盘工具。系统不易崩溃，出现错误能迅速修复。每簇仅为512个字节，硬盘利用率最高。它主要缺点正由于其高筑壁垒，闭关自守，从而导致兼容性差。Windows NT的NTFS可以访问FAT文件系统，在Windows NT 4.0中提供了FAT向NTFS的单向转换功能；在最新的，具有NT内核的Windows 2000中，提供了FAT转换为NTFS或FAFAT32的功能。 Win 2000采用了更新版本的NTFS文件系统NTFS 5.0，它的推出使得用户不但可以像Win 9X那样方便快捷地操作和管理pc，同时也可享受到NTFS所带来的系统安全性。 NTFS 允许文件名的长度可达 256 个字符。虽然 DOS 用户不能访问 NTFS 分区，但是 NTFS 文件可以拷贝到 DOS 分区。每个 NTFS 文件包含一个可被 DOS 文件名格式认可的 DOS 可读文件名。这个文件名是 NTFS 从长文件名的开始字符中产生的。
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