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1994年分税制改革后，引入了税收返还和转移支付制度。
（1）税收返还。现行中央对地方税收返还包括增值税、消费税返还、所得税基数返还以及成品油价格和税费改革税收返还。从2009年起，为简化中央对地方税收返还和转移支付结构，将出口退税超基数地方负担部分专项上解等地方上解收入也纳入税收返还（冲抵返还额）。
增值税、消费税返还。1994年分税制改革，实行按税种划分收入的办法后，原属地方支柱财源的“两税”收入（增值税的75%和消费税的100%）上划为中央收入，由中央给予税收返还，返还额以各地上划中央“两税”收入增长率为基础逐年递增。
所得税基数返还。以2001年为基期，为保证地方既得利益，对按改革方案确定的分享范围和比例计算出的地方分享的所得税收入，小于地方实际所得税收入的差额部分，由中央作为基数返还地方。
成品油价格和税费改革税收返还。实施成品油价格和税费改革后，中央按地方原有的公路养路费等“六费”收入基数给予的返还。具体额度以2007年的“六费”收入为基础，考虑地方实际情况按一定的增长率确定。
（2）转移支付制度。2009年起，进一步规范财政转移支付制度。将中央对地方的转移支付，简化为一般性转移支付、专项转移支付两类。其中，一般性转移支付包括原财力性转移支付，主要是将补助数额相对稳定、原列入专项转移支付的教育、社会保障和就业、公共安全、一般公共服务等支出，改为一般性转移支付；原一般性转移支付改为均衡性转移支付。
一般性转移支付是指为弥补财政实力薄弱地区的财力缺口，均衡地区间财力差距，实现地区间基本公共服务能力的均等化，中央财政安排给地方财政的补助支出，由地方统筹安排。目前一般性转移支付包括均衡性转移支付、民族地区转移支付等。
专项转移支付是指中央财政为实现特定的宏观政策及事业发展战略目标，以及对委托地方政府代理的一些事务或中央地方共同承担事务进行补偿而设立的补助资金，需按规定用途使用。专项转移支付重点用于教育、医疗卫生、社会保障、支农等公共服务领域。
一般性转移支付与专项转移支付具有不同的特点：一般性转移支付能够发挥地方政府了解居民公共服务实际需求的优势，有利于地方因地制宜统筹安排财政支出和落实管理责任；专项转移支付则能够更好地体现中央政府的意图，促进相关政策的落实，且便于监督检查。关键是要科学设置、保持合理的转移支付结构，发挥各自的作用。
近年来，转移支付制度进一步规范。一是调整和完善财政转移支付结构。加大一般性转移支付力度，清理整合专项转移支付项目，将需要较长时期安排补助经费，且数额相对固定的项目，划转列入一般性转移支付，提高一般性转移支付的规模和比例。二是加快财政转移支付法制建设。针对我国目前政府间转移支付制度的法制建设滞后，转移支付补助资金的使用及管理尚缺乏有效约束和效益评估的现状，要通过立法规范和完善财政转移支付资金和项目资金安排，促进财政转移支付资金和项目资金分配更加公平、合理、规范、高效。目前，财政部按国务院立法计划已经启动《财政转移支付管理暂行条例》的起草工作。
2009年，中央对地方税收返还和转移支付28563.79亿元，增加6519.4亿元，增长29.6%（见表5.3）。包括：税收返还4886.7亿元；一般性转移支付11317.2亿元，占转移支付的47.8%；专项转移支付12359.89亿元，占转移支付的52.2%。专项转移支付相对较多，主要是实施积极的财政政策，中央政府增加公共投资和拉动消费的支出，通过专项转移支付补助给地方。
表5.3 2009年中央对地方税收返还和转移支付支出情况
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单位：亿元 |
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项 目 |
预算数 |
决算数 |
决算数为预算数的% |
决算数为上年决算数的% |
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一、中央对地方转移支付 |
23954.81 |
23677.09 |
98.8 |
126.6 |
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（一）一般性转移支付 |
11374.93 |
11317.20 |
99.5 |
111.0 |
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1.均衡性转移支付 |
3918.00 |
3918.00 |
100.0 |
111.6 |
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2.民族地区转移支付 |
280.00 |
275.88 |
98.5 |
100.0 |
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3.县级基本财力保障机制奖补资金 |
550.00 |
547.79 |
99.6 |
125.0 |
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4.调整工资转移支付 |
2365.63 |
2357.60 |
99.7 |
96.2 |
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5.农村税费改革转移支付 |
770.22 |
769.47 |
99.9 |
100.9 |
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6.资源枯竭城市财力性转移支付 |
50.00 |
50.00 |
100.0 |
200.0 |
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7.定额补助（原体制补助） |
138.14 |
138.14 |
100.0 |
101.5 |
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8.企事业单位划转补助 |
348.00 |
347.87 |
100.0 |
104.9 |
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9.结算财力补助 |
344.51 |
369.22 |
107.2 |
105.8 |
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10.工商部门停征两费转移支付 |
80.00 |
80.00 |
100.0 |
170.2 |
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11.村级公益事业一事一议奖励资金 |
10.00 |
10.00 |
100.0 |
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12.一般公共服务转移支付 |
45.00 |
23.93 |
53.2 |
102.1 |
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13.公共安全转移支付 |
332.90 |
329.84 |
99.1 |
349.4 |
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14.教育转移支付 |
908.49 |
893.56 |
98.4 |
120.6 |
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15.社会保障和就业转移支付 |
1234.04 |
1201.83 |
97.4 |
118.6 |
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16.医疗卫生转移支付 |
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4.07 |
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（二）专项转移支付 |
12579.88 |
12359.89 |
98.3 |
145.2 |
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其中：教育 |
448.86 |
520.21 |
115.9 |
140.1 |
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科学技术 |
32.79 |
78.17 |
238.4 |
91.0 |
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社会保障和就业 |
1816.17 |
1640.47 |
90.3 |
105.1 |
|
医疗卫生 |
1124.28 |
1205.64 |
107.2 |
150.6 |
|
环境保护 |
1199.27 |
1113.90 |
92.9 |
114.4 |
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农林水事务 |
3143.19 |
3182.54 |
101.3 |
133.3 |
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二、中央对地方税收返还 |
4934.19 |
4886.70 |
99.0 |
146.5 |
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增值税和消费税返还 |
3476.00 |
3422.63 |
98.5 |
101.5 |
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所得税基数返还 |
910.19 |
910.19 |
100.0 |
100.0 |
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成品油税费改革税收返还 |
1530.00 |
1531.10 |
100.1 |
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地方上解 |
-982.00 |
-977.22 |
99.5 |
103.3 |
|
中央对地方税收返还和转移支付 |
28889.00 |
28563.79 |
98.9 |
129.6 | | 
