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由于海洋的隔绝，使得加拉巴哥群岛的动植物得以拥有一个安全的环境，而这里的动物并不会怕人，有些动物甚至于会主动接近游客。数量最多的动物是两栖爬虫类，包括象龟、巨鬣蜥、熔岩蜥等，此外，在加拉巴哥群岛还可观赏到海豹、海狮，以及许多种鸟类，如燕尾鸥、红鹤、鹈鹕、苍鹭、大、小达尔文雀…等。
由于加拉巴哥群岛的生态十分独特，提供生物学家一个非常理想的研究环境，为了让保护当地的生态，每年到加拉巴哥群岛的游客人数有一定的限制，同时必须要由领有执照导游带领，并且只能在指定的路线上活动、参观。此外，游客到加拉巴哥群岛旅游不可携带水果、果实、种子、花、动物…等，以免影响当地的生态。
   
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