当前农村集体土地确权登记发证工作，应从实体和程序两个方面保障确权登记发证的实际效果。
首先，权利主体要依法确定。这次农村集体土地确权登记发证的关键和难点是所有权的确定，要依法维护村民小组土地所有权主体的地位。
当前保障村民小组的土地所有权主体地位，面临一定难题。一是村委会作为农村基层自治组织，在农村经济社会管理中占据主要地位，而村民小组的作用和组织方式却不断弱化。在这种情况下，村民小组的土地所有权容易被村委会等强势组织侵占。
二是确权登记发证到村民小组，其工作量将是登记到村的一倍甚至几倍。此次农村集体土地确权登记发证又有一定的时限要求。应严防各地为了赶工作进度、图省事等因素，将原本属于村民小组的土地所有权登记发证给村。
维护村民小组集体土地所有权的主体地位，是尊重历史、维护农民土地权益的体现，是依法开展农村集体土地确权登记发证的必然要求。
其次，确权登记程序要依法进行。农村集体土地确权登记发证利益重大，涉及面广，必须维护其权威性和严肃性，严格依照法定程序进行，用程序的公正性来保障确权登记发证结果的公正性。
一是权属争议调处要依照法律程序。农村集体土地确权登记发证工作中肯定会面临众多的权属争议的调处。农村土地权属纠纷很大的特点就是持续时间长、权属证明文件缺失，要保证调处结果的质量和效果，必须做到争议调处工作遵循法定的程序。
二是登记发证要依照登记程序进行。土地登记发证应坚决按照《土地登记办法》规定的程序进行。这次集中进行的农村集体土地确权登记发证带有一定总登记的性质，在登记发证过程中要特别注重程序公开，对一定范围的农村集体土地登记发证前，必须由国土资源行政主管部门进行公告，进一步听取相关权利人和当地群众的意见。
