11%、6%两档税率是营业税改征增值税的“新生儿”
营业税改征增值税试点政策中的一项重要内容就是在现行增值税17%和13%两档税率的基础上，增设11%、6%两档低税率。《财政部、国家税务总局关于在上海市开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2011〕111号)规定，交通运输业(陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务、管道运输服务)适用11%的税率;研发和技术服务、信息技术服务、文化创意服务、物流辅助服务、鉴证咨询服务等现代服务业适用6%的税率。
两种运输业发票计算进项抵扣方法不一样
目前上海市运输业有两种发票，一种是《公路、内河货物运输业统一发票》，主要是实行简易征收的货运试点纳税人使用，此类发票到2012年3月底结束使用，从4月1日开始，统一使用《上海市国税通用机打发票》，一般纳税人收到此类发票的，按原抵扣方法保持不变。另一种是《货物运输业增值税专用发票》，根据财税〔2011〕111号文件规定，提供交通运输业服务，运输费税率为11%。企业取得上海市一般纳税人开具的《货物运输业增值税专用发票》，按取得的增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额，准予从销项税额中抵扣。
值得纳税人注意的事项
一是货物运输抵扣凭证的变化，从2012年1月1日(含)以后，全国的增值税一般纳税从试点地区取得可抵扣的运输费用凭证，应是《货物运输业增值税专用发票》(铁路运输费用结算单据除外)，其他运输费用结算单据一律不得作为增值税扣税凭证。二是一般纳税人取得的增值税专用发票，无论是否属于可抵扣范围，都必须先认证，否则会游离于整个增值税抵扣链条之外，造成滞留发票。三是受票方要注意鉴别真假发票，《国家税务总局关于启用货物运输业增值税专用发票的公告》(国家税务总局公告2011年74号)第三项第五款明确界定了发票代码和发票号码的编制原则，依据此原则，增值税一般纳税人2012年1月1日(含)以后从试点地区取得的《货物运输业增值税专用发票》的代码是3100111730，发票号码的前两位或四位应是11或2011。
