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随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了其活动，黑暗组织决定报复。 黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工藤新一独自前往营救的暗示。在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到解药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团…… 柯南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡梦中突发灵感而揭开谜题。在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云。内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的含义。 Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德假扮的。 大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪Cris（女教师）道出柯南是新一的秘密，交给柯南一份血书，要求其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。柯南解开血书之谜，原来是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当场…… 兰赶到现场，正碰到Gin要柯南留遗言。柯南对兰道出真相并表白后Gin开枪，兰替柯南挡下子。哀震惊不已…… 柯南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同从楼上跌下。对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀柯南。而对coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打 出手，十分英勇。在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女政治家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变回小孩。黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。 兰仍昏迷不醒，大夫说若长期昏迷可能变植物人。服部建议柯南变回新一来唤醒兰，柯南只好如此。而柯南变身时被布美看到。深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守新一的秘密。兰终于在新一的悉心照料下康复。由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道科南是新一而故意不说破的真相。夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自己和柯南的照片垂泪…… |
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