郑成功是一个雄心勃勃的人，他致力建立起一个完善的军事组织。他曾经历过弘光政权与隆武政权，并发现明帝国一直以来内部纷争不断，文臣与武将之间相互排挤倾轧，又有所谓“清流”与“阉党”之争，他曾经痛心地说过“我朝委实无人，文臣弄权，” “君实非戡乱之君，臣多庸碌之臣。”正是这种派系利益乃至个人利益之争，使得偌大一个帝国，拥有广阔的土地、人口、资源，却面对满族人的打击而溃不成军。郑成功决心将自己的军队建立成一支团结一致、绝对服从于他的强大军事力量，避免内部争斗为组织带来的灾难性后果。
从泉州撤兵，虽然是一次挫折，但他的军队并没有遭到损失，郑成功开始网罗更多的名士与武将。不久，原浙江巡抚卢若腾、进士叶翼云、举人陈鼎等人相续投奔郑成功，郑成功对这些文士十分尊重，以上宾之礼相待，在制定政策过程中，不时咨询他们。另外，郑成功也收罗一批武将，其中有甘辉、蓝登、邱缙、林壮猷、金裕。
甘辉是海澄人，身材短小，猛勇绝伦，后来成为郑成功麾下最骁勇的战将之一；蓝登是漳浦人，武艺高超。郑成功深知自己的力量还过于脆弱，他不是象黄道周那样容易意气用事的人，他首先要训练一支能征善战的军队，并且必须要有足够的物力、财力来维持这支军队的给养。
郑成功继承了父亲海上贸易事业，作为郑芝龙的长子，他生长于一个有着浓厚商业气氛的家庭里，对海上贸易的重要性有着深刻的认识。郑成功曾经向隆武帝建议“通洋裕国”，也曾向父亲郑芝龙建议“大开海道，兴贩各港，以足其饷”，不过由于此时郑成功只有没有一块稳固的基地，所以他在海上贸易上也同样存显得薄弱。
正当郑成功忙于通商与练兵之际，闽粤的抗清形势又出现乐观的局面。
在1647年七月，福建义军攻克建宁府之后，紧接着，鲁监国政权的南明军队在八月到
十月间又攻克连江、长乐、永福、闽清、罗源、宁德等地，福州周边的县城几乎都落入南明军队手中。南明军队的胜利大大激励沦陷区抗清运动的升级，在福州府的东北部的福宁州，原隆武朝廷的大学士刘中藻于福安起兵，并且克复县城，之后，福宁府各地也先后爆发义军起兵，到了次年（1648年）初，在刘中藻的主持下，义军占领福宁州。这样，福建中北部的福州府、建宁府、兴化府、福宁州基本上落入南明的控制之中。
从1644年清军入关到1647年的几年间，清军以令人不可思议的速度将占领区由北推进到南方，势如破竹。但是这种千里大跃进的作战导致了一个后果，就是清军的占领区并不牢靠，一方面是清政府野蛮的政策引起强烈的反弹，另一方面，由于收降太多的明朝将领，要给每个降将予合适的职位与权力，显然是不可能的，这无疑使得明朝降将对清廷的态度出现了转变。
金声桓是一位为清廷卖命的南明降将，他原是左良玉的部将，投降清军之后，作战很卖力，在进攻江西的战役中充当急先锋，可是最后清廷授予的官职与他的期望值相去甚远，同时他与清廷任命的江西巡抚、巡按等人矛盾甚深，在这种情况下，他决心反清归明。
1648年正月，金声桓发动兵变，杀死江西巡按、布政使等多名高官，江西巡抚被擒。金声桓的反清归明，对全国的抗清时局产生了非常积极的作用，除了江西南部地区外，其余大部都起兵响应金声桓，一时间江西成为反清的阵地，金声恒的军队继而攻占九江，长江中下游一带的沦陷区倍受鼓舞，特别是湖北、安徽等地的反清势力迅速复苏。
在金声桓反清之后的三个月，即1648年四月（此清历，明历为闰三月），两广提督李成栋也宣布反清归明。李成栋这个人，是个屠夫、刽子手，他曾是李自成的部将，后投降清廷，充当清廷打手，是“嘉定三屠”这一骇人听闻屠城事件的主要责任人，在剿杀隆武帝与绍武帝更是充当急先锋的角色。李成栋与金声桓一样，自认为为清廷立下卓著功勋，在攻占广东后，他自认为朝廷将授他两广总督之职，不想清廷却将两广总督、广东巡抚授予所信任的辽东汉人佟养甲，这令李成栋怀恨在心。李成栋之所以最终反清归明，还与他心爱的一个女人有关，这个人是他的爱妾赵氏，赵夫人到广州后，力劝李成栋反正，迎回永历帝，李成栋举棋不定，赵夫人为了让李成栋下定决心，采取极端的尸谏，她结束自己生命，临死之前，以血代墨留下一封书信，赵夫人的死，令李成栋深深被震憾了，使他原本麻木冷漠的内心涌出一股血性之气，最终毅然起兵，加入到反清的行列，这在当时，无疑是爆炸性的一个事件。
福建、江西、广东均掀起一波反清浪潮，郑成功审时度势，准备主动出击。
郑成功的实力仍然不够强大，所以他将进攻的矛头指向安平西部的同安县，这里的清军守备力量比较弱，攻占同安也可以保证安平基地的安全。1648年四月十日，同安战役打响，郑成功率林习山（这是郑芝龙的老部将，在平海盗以及与荷兰人的料罗湾海战均有出色表现）、甘辉等将领，从水路、陆路两个方向出击，兵临同安城外。清军出城迎战，清军除了骑兵、步兵之外，还包括了人数不少的乡勇。
同安城外的战斗，表现最突出的是刚刚投奔郑成功不久的甘辉，他作战勇猛，胆气过人，在战斗中，同安守备王廷被甘辉所斩杀，清军伤亡过半，只得退入城中。由于同安城的城垣低矮，而且地形平坦，无险可守，所以清军副将廉彪、知县张效龄弃城而逃。第二天，郑成功的军队兵不血刃占领同安城。
这次战役规模不大，不过对于郑成功来说，意义不小。与前一年的泉州战役不同，这次郑成功是独立作战，这一年他也只有二十四岁，独立指挥对于磨炼他的军事才能有着重要作用，同时也使他的影响力日益扩大。一些郑芝龙的部将又陆续归集到了郑成功的麾下，其中有林察等人。
林察曾是郑芝龙的部下，海军将领，在郑芝龙降清之后，郑氏集团许多旧将都投降清军，但林察拒绝投降，他南下广东，拥立绍武帝，但不久绍武帝与永历帝两个政权兵戈相见，爆发内战，林察率海军击败了永历军队，但不仅后由于李成栋率清军入广东，绍武政权覆灭，林察四处辗转，回到福建。郑成功发动同安战役取得胜利后，林察前来投靠，并向郑成功详述永历政权的情况。
此时李成栋在反正之后，控制了广东，并将永历帝从广西迎回到广东肇庆，广东成为反清的大后方，永历帝在南明的合法政权得到承认，在这样的背景下，郑成功决定放弃使用隆武年号，改奉永历年号，并派人前往肇庆，上表称贺，表示认可永历政权的领导地位，并且率领一部分战船，抵达福建南部的铜山岛，准备等候永历帝的圣旨，以便与永历政权的其他军事力量通力合作，共图恢复大业。
此时，福建中北部的抗清运动遭到清政府的血腥弹压。
鲁监国与郑彩的军队，包括各路自发兴起的义军曾一度控制了福建的中北部地区，在形势大好的情形下，两个因素导致了收复福建军事行动的失败。
第一个因素，是南明政权中无法克服的毛病，就是内部的争斗与倾轧。来自鲁监国集团的熊汝霖与郑遵谦与郑彩之间矛盾重重，在1648年初，郑彩先后除掉熊汝霖与郑遵谦，这使得鲁监国与郑彩之间的合作出现了巨大的裂痕，同时，收复福宁州的功臣刘中藻与郑彩也是矛盾很深，这些内部的争斗破坏了抗清力量的团结，内耗使得清军得以各个击破中北部的南明力量。
第二个因素，是清军大举增兵，礼部尚书陈泰被任命为靖南将军，统兵大举进入福建，同时，浙闽总督陈锦也派兵从浙江入福建，到四月清军援军主力进入福州，之后几个月内，鲁监国政权控制下的福建中北部绝大多数县城，均落入清军之手。
七月，由于闽中、闽北等地义军多被清军击败，清军将领佟鼐、李率泰、陈锦率军南下，直扑同安。
留守同安的郑军出城与清军会战，但寡不敌众，郑军将领邱缙身中五箭，身负重伤，军队被迫撤回同安城内，但是同安城的防御工事很是脆弱。由于郑成功已率主力到铜山岛，同安城守军没有外援，只得死守，郑军的战斗非常顽强，使得清军屡屡受挫，攻城战持续了一个多月，到八月中旬，同安城终于被攻破。
郑军守将邱缙、林壮猷、金作裕均投入与清军的巷战之中，力战而死，担任同安知县叶翼云等人被俘，拒绝投降，从容赴死。
这次同安保卫战，郑军表现出极为英勇的大无畏精神，令清军伤亡极大，清军主将佟鼐恼羞成怒，下令屠城，致使同安城内屋舍一空，血满沟渠。
由于同安距郑成功所驻的铜山岛距离很远，加之清军的封锁，直到八月份，郑成功方才得知同安城被围攻的消息，他大惊失色，当即命令海军返援，可不巧的是，海上狂风巨浪，迫使船队整整花了五天的时间，才抵达金门岛，此时已经传来同安失守、全城遭屠的消息，郑成功在金门岛遥祭英灵，失声痛哭，全体将士，无不动容。
同安陷落后，郑成功将军队带回铜山岛，一部分驻于镇海。铜山岛位于福建的南部，离广东较近，可见此时的郑成功希望与永历政权联合作战，共同推进抗清事业。
可能在这个时间段，施郎、施天福、洪习山、黄廷等闽籍将领从广东投奔到郑成功麾下。
施郎曾追随黄道周入江西，由于他的军事建议得不到黄道周的认同，他便擅自脱队返回福建，在郑芝龙降清后，施郎也随即投降清军，并与其他郑军将领跟随李成栋入广东与南明军队作战。李成栋对这些郑军旧将怀有很深的偏见，除了施郎外，其他郑家旧将如施福、洪习山、黄廷等人，均被李成栋所打压。
在李成栋反清归明、迎回永历帝之后，大力排斥郑军旧将，上书要求将施福、施郎、林习山等福建籍将领遣返回福建。当施郎部经潮州准备返回福建时，占据潮州的李成栋部将郝尚久企图加害施郎，将这支福建军队一网打尽。
施郎得知此事后，急忙率领所部士兵逃到饶平，郝尚久率军追击，施郎且战且退，经过一个多月的艰苦突围，终于摆脱郝尚久的追击，施郎的两位从弟都在撤退途中死去，施郎率所部投奔郑成功，郑成功授予他左先锋镇的镇将军职。
李成栋、郝尚久对郑军旧将的迫害，导致了严重的后果，为日后郑成功与郝尚久兵戎相见，埋下了祸根。
施郎确实是一员非常优秀的将领，他的到来，给郑军带来了军事训练上的革新，他深谙兵法，犹其在海战上他有一套独特的阵法，后来郑军海军中的楼橹、旗帜、伍阵相离之法，多是施郎所创置。
除施郎外，施福、林习山、黄廷等人也陆续返回福建，并投奔到郑成功麾下，这不仅壮大了郑成功的军事力量，更重要的是，使郑军拥有一批富有作战经验的将领与士兵，战斗力得到大大的提升。
郑成功移师铜山岛，可能还有一个目的，这一年福建出现了严重的饥荒，郑成功不得不与郑彩联手，组织大批的船只前往广东购买粮食，同时也在铜山附近的诏安募兵征饷。
郑成功在诏安征粮饷遇到了很大的困难，诏安人林日灼等人鼓动当地人拒绝交粮饷，武装对抗，结果郑成功不得不动用军队，派甘辉率军镇压林日灼等人的骚乱。
在郑成功陷入粮荒的困境中时，全国的抗清形势再次发生大逆转。
1649年初（永历三年），南明中兴的希望，三大军事力量金声桓、何腾蛟、李成栋相续败亡，中兴的希望泡沫破灭。
江西在金声桓反清归明后，曾有一度成为全国的抗清中心，金声桓在1648年的三月对江西南部的赣州发动进攻，但是赣州战役却进展缓慢，经过两个多月的围攻，仍然未能攻克赣州。此时清廷以谭泰为征南大将军，大举增兵江西，并开始进攻南昌。金声桓被迫放弃赣州之战，退保南昌，到次年（1649年）正月，南昌终于被清军攻破，金声桓自杀身亡。
中国人都知道唇亡齿寒的道理，但在南明内部，这个浅显的道理一再被争权夺利的官僚们所忽视。在金声恒被围困南昌期间，无论是南方的李成栋还是西面的何腾胶，都没有给予有力的支援。李成栋并不急于救援南昌城，而是在九月份对江西赣州发动进攻，然而这次浩大的攻势却意外地被坚强的赣州守军所遏制，南明军队损失了一万多人，李成栋心灰意冷地返回广州。次年二月，李成栋对赣州发动第二次进攻，赣州的清军采取主动出击的策略，李成栋军大败，而他本人也在渡河过程中意外落水丧命。
几乎与金声桓、李成栋败亡的同时，永历政权下最重要的将领之一何腾蛟意外失手。
金声桓与李成栋的相续反正，给了南明的复兴一个难逢的机会，在这种情况下，南明军队乘机反扑，占领了湖南绝大部分地区，然而南明内斗的故事却一再重演，致使军队内部一片混乱，清军渔翁得利，济尔哈朗迅速进逼何腾蛟所在的湘潭，当时何腾蛟想召回逃亡的南明军队，手上根本没有军队，因此被清军所俘虏，他拒绝投降，最终被清军处死。南明复兴的事业，又从高潮跌落低谷。
西子湖边草木肃，岳王庙宇柏青青。
英魂遗像应长驻，古井精忠尚有名。
细柳军发敌阵裂，背嵬奋迅浮图惊。
金牌十二汴梁外，风过松涛犹恨声。
