对于流转税减免和返还的会计处理，财政部曾经在财会[1995]6号文件中作出过比较明确的规定，其中对于增值税的即征即退、先征后退以及先征税后返还的会计处理相对较为简单，但是，在增值税直接减免的会计处理方面，文件说明不够详细，相关教材和研究资料中对此仍然有不同的理解，本文将就此作以探讨。
一、增值税直接减免的性质
增值税是我国税收收入的主要来源，占有相当大的比例，2004年全国税收收入25718.0亿元，增值税收入就达到12588.9亿元，所占比例近50%。因此，增值税在宏观经济调控、产业结构调整等方面发挥着重要的作用。
增值税的直接减免包括法定减免和政策性临时减免，实际上是增值税优惠政策的一种表现，体现了税收政策的灵活性，以及国家对某些行业或项目的在税收政策上的扶植，成为国家进行宏观经济调控的一种手段。
二、增值税直接减免的结果
增值税属于流转税，其特点是在多环节征收并且税负转嫁，纳税人和负税人不一定相同，税法规定的纳税人不完全是真正的负税人，其税负的承担者应该是应税项目的最终承受着或消费者（应税货物或劳务停止流转）。其征管特点是实行间接抵扣价税分离的方法，企业缴纳的增值税不在企业所得税应税所得额中扣除，因此一般情况下不会影响损益。但在增值税直接减免的情况下，纳税人将不再负有纳税义务，应纳税额也将作为国家对纳税人的一项补贴而表现为一项收入，从而影响纳税人当期的损益，因此，其会计处理的正确与否直接影响纳税人当期的经营成果及核算的准确性。
三、增值税直接减免的会计处理
增值税的优惠政策包括返还和减免，返还的形式有即征即退、先征后退以及先征税后返还；增值税的减免优惠主要体现为法定减免（直接减免）和政策行临时减免，例如财税［2001］113号文件规定，农膜、农机、化肥等农业生产资料实行政策性临时免征增值税。
在财政部财会[1995]6号文件中规定：企业实际收到即征即退、先征后退、先征税后返还的增值税，借记“银行存款”科目，贷记“补贴收入”科目。对于直接减免的增值税，借记“应交税金——应交增值税(减免税款)”科目，贷记“补贴收入”科目。未设置“补贴收入”会计科目的企业，应增设“补贴收入”科目。 但是，对于直接减免增值税会计处理的规定仅见于此文件，在其他规章制度中都没有作更加详细的规定或者说明，因此，在一些相关教材和研究资料中出现了不同的理解，甚至误解，现举例作详细分析。
（一）如果纳税人销售的项目部分免征增值税
例：某增值税一般纳税人2005年4月购进聚氯乙烯一批，取得的增值税专用发票注明：价款100万元，进项税额17万元，款项已付，材料已验收入库。2005年5月加工生产为塑料餐具和农膜两种产品，并且全部对外销售，塑料餐具和农膜的不含税销售额分别为75万元，总计销售额150万元，已按要求开出专用发票及相关凭证，款项均已经收到。除此之外，假设本月无其他生产销售行为。依据题意作会计处理。
1、购进货物且进项税额符合抵扣条件，作会计分录：
借：原材料 1?000?000
应交税金—应交增值税（进项税额） 170?000
贷：银行存款 1?170?000
2、销售塑料餐具作会计分录：
借：银行存款 877?500
贷：主营业务收入 750?000
应交税金—应交增值税（销项税额） 127?500
3、按照《增值税暂行条例》规定：用于免税项目的购进货物或应税劳务，其已经抵扣的进项税额必须转出。由于农膜暂时免征增值税，其已经抵扣的进项税额就必须转出。但是，在购进项目既用于应税项目又用于免税项目的情况下，对于免税项目应计算分摊的进项税额，目前认为比较科学的方法是采用销售额比例法，即用免税项目的销售额占总销售额的比例来计算分摊应转出的进项税额。
由于塑料餐具和农膜的销售额各占50％，作会计分录：
借：主营业务成本 85?000
贷：应交税金—应交增值税（进项税额转出） 85?000
4、增值税专用发票管理规定：销售免税项目不得开具专用发票。农膜属于免税项目，因此，本例对于农膜的销售不应该开具增值税专用发票。
但对于销售额的确定以及减免税款的会计处理有不同的意见。
有人认为，应按免税主营业务收入和适用税率13％计算销项税额，先作会计分录如下：
借：银行存款 750?000
贷：主营业务收入 750?000
750?000÷（1＋13％）×13％＝86?283.2（元）
借：主营业务收入 86?283.2
贷：应交税金—应交增值税（销项税额） 86?283.2
然后将其销项税额与进项税额的差额作为销售农膜应免征的税额进行结转，作会计分录如下：
借：应交税金—应交增值税（减免税款）1?283.2
贷：补贴收入 1?283.2
这样做的前提实际上是将农膜的销售额75万元作为含税销售额处理，然后再将销项税额从销售额中分解出来，但是，这样处理的结果与第3步的会计处理互相矛盾并且与题意不符。再分析“应交税金—应交增值税”账户的余额：
应交税金—应交增值税
进项税额 减免税款 销项税额 进项税额转出
170?000 1?283.2 127?500
86?283.2 85?000
余额：127?500
贷方余额127?500元，表示该纳税人当期应缴未缴的增值税127?500元，这样的会计处理很明显出现了错误的结果。根据题意分析，该纳税人当期应缴的增值税应该是销售塑料餐具而承担的增值税额即42?500元（127?500－85?000），因为销售农膜免征增值税，而现在会计处理的结果是本期应缴增值税127?500元，与实际情况不符。同时，生产农膜所消耗的原材料聚氯乙烯应分摊的进项税额85?000元已经通过“进项税额转出”计入了“主营业务成本”，而将销售农膜的销项税额与进项税额之差额1?283.2元计入“补贴收入”，最终纳税人因为此项业务产生的损益是－83?716.8元（1?283.2－85?000），这显然与增值税优惠的初衷背道而驰。
从计税原理上说，增值税是对商品生产和流通、应税劳务中各个环节的新增价值征收的一种流转税。税法规定的免税项目在流转过程中仍然会有新增价值，即仍然负有纳税义务，而免税则是国家出于特定目的将其本该征缴的税额不予征缴，转作国家对纳税人的一种“补贴”。但是，增值税实行税负转嫁，纳税人和负税人可能不是同一主体，因此，这里的免税只能是针对纳税人而言，而负税人则不一定享有这种优惠，即纳税人销售免税项目，尽管不能开具增值税专用发票而只能开具普通发票，但是，其开具给购买方的普通发票金额应该是销售额和销项税额的合计数，并且按照合计数收取款项，如果不向购买方收取销项税额，纳税人的“补贴收入”又从何而来呢？
因此，例题第4步正确的做法应该如下：
借：银行存款 847?500
贷：主营业务收入 750?000
应交税金—应交增值税（销项税额） 97?500
借：应交税金—应交增值税（减免税款） 97?500
贷：补贴收入 97?500
再分析“应交税金—应交增值税”账户的余额：
应交税金—应交增值税
进项税额 减免税款 销项税额 进项税额转出
170?000 97?500 127?500
97?500 85?000
余额：42?500
贷方余额42?500元，表示该纳税人当期应缴未缴增值税42?500元，即销售塑料餐具应承担的增值税额。免税项目农膜应分摊的进项税额85?000元转入“主营业务成本”，减免的增值税97?500元转入“补贴收入”，最后损益＋12?500元，正好是销售农膜应承担的增值税额。
（二）如果纳税人销售的项目全部免征增值税
如果纳税人销售的项目全部属于增值税的免税项目，还需要从两方面进行分析：
1、如果纳税人开始购进货物或者劳务时不准备或者不明确要用于免税项目，而在生产过程中其用途发生了改变，最终全部用于了免税项目，即纳税人对外销售的全部是增值税免税项目，其会计处理类同于第（一）种情况，可比照进行。
2、如果纳税人开始购进货物或者劳务时就已经明确要用于免税项目的生产或者销售，其购进项目的进项税额应计入采购成本，因而也不存在进项税转额转出以及减免税款等问题，或者说已经超出了增值税的征税范围
