政府部门一般也不愿意作为社会组织的业务主管部门，一是无利可图，二是可能带来风险，影响到自身。出于多一事不如少一事的考虑，他们往往将上门申请的社会组织拒之门外。大批民间背景的社会组织想取得正式资质困难重重。
大部分无法通过民政局注册的民间组织为了继续生存，他们或在工商部门登记为企业，按章纳税，从事公益服务，却还要缴税，对于募款本来就很不容易又没有利润来源的NGO来说负担不小；更多的则是不注册法人，成为黑户。为孤独症儿童服务的北京星星雨教育研究所，从创办以来一直以工商注册的企业名义运作，“(我们)一直在努力，申请的主管单位也从来没说不行，但就是一直有各种原因让我们不停地修改材料，所以，到现在还是企业身份。”“星星雨”主任孙忠凯表示。
破局
地方政府对双重管理的试水改革
面对公益事业和社会组织的蓬勃发展，个别地方政府率先试水改变一刀切的双重管理体制。
深圳自2008年起已经率先对社会组织管理进行探索，对工商经济类、社会福利类、公益慈善类三类社会组织实行“无主管登记”。
2010年2月，北京首次明确社会组织“直接登记”试点，中关村园区的社会组织设立可以直接向民政局登记，不再需要挂靠。
2010年6月，成都开展社会组织登记制度改革，工商经济类和社会福利类社会组织登记时，申请人可直接在登记管理机关办理登记手续。
