根据2013年3月10日披露的国务院机构改革和职能转变方案，组建国家食品药品监督管理总局。保留国务院食品安全委员会，具体工作由国家食品药品监督管理总局承担;不再保留国家食品药品监督管理局和单设的国务院食品安全委员会办公室。
之前的食品安全监管体系，由国务院食品安全委员会下设的办公室进行综合协调，多部门分段监管(见下图)，虽然在一段时间里适合我国国情和行政体制，但是存在多头管理和分段监管的现象，导致监管部门责任落实不到位、监管链条“分段脱节”、行政配合效率低等问题。此次国家食品药品监督管理总局建立的目的就是对生产、流通、消费环节的食品和药品的安全性、有效性实施统一监督管理，有望理清各环节的分工及责任，避免监管衔接空档。
改革前食品安全监管体系
据悉，此前食品安全监管体系“九龙治水”的现象造成很多部门在能力建设方面严重重复，国家食品药品监督管理总局的成立，或将并入除农业部以外的其他各部委与食品相关的司局体系，这些司局已经提出的食品安全能力建设体系均可能因为“重复建设”问题而受到影响。
此次改革或将致多部委已确定或正制订中的能力建设体系审批(资金划拨)流程中止，已确定项目的持续(年度)报批资金投入亦将发生中止情况。
经济发展欠发达地区，能力建设主要依靠国家投入，预计此次国务院机构改革对其已确定或未确定的能力建设项目将产生较大影响。对于经济发达地区，地方出资建设能力较强，影响相对较小。
相对应的，已完成建设的部分能力体系，或将面临“竞争”局面，由市场考验其生存能力。
