深圳地铁共规划16条线路，总长585.3公里，设站357座。其中组团快线4条、干线6条、局域线6条，另规划城际线4条。
具体线路规划如下：
1号地铁线路：罗湖火车站至机场北干线，总长度44.1公里；
2号地铁线路：蛇口至东门干线，总长度31.3公里；
3号地铁线路：保税区至坪地干线，总长度49.2公里；
4号地铁线路：皇岗口岸至观澜干线，总长度27.2公里；
5号地铁线路：前海湾至大剧院干线，总长度42.4公里；西端预留远景向南延伸的条件；宝安至布吉段站距较大，基本可达到快线功能要求。
1-5号线于2011年6月22日开通！
6号地铁线路：松岗至龙华火车站快线，总长度37.2公里；7号地铁线路：罗湖太安西丽动物园局域线，总长度28.9公里；
8号地铁线路：国贸小梅沙局域线，总长度25.9公里；
9号地铁线路：罗湖火车站上沙局域线，总长度17.8公里；
10号地铁线路：海上世界松岗干线，总长度42.2公里；
11号地铁线路：福田中心区松岗快线，总长度49.7公里；
12号地铁线路：体育新城坑梓局域线，总长度36.4公里；
13号地铁线路：海上田园塘坑快线，总长度48.1公里；预留远景南延至盐田的条件
14号地铁线路：福田中心区坑梓快线，总长度50.7公里；
15号地铁线路：前海路石岩田心局域线，总长度24.7公里；预留远景西延接5号线的条件
16号地铁线路：益田村平湖大望局域线，总长度29.5公里；预留远景北延经东莞凤岗接12号线的条件；南部预留至深港边境河套地区的支线。
根据计划，地铁三期工程建设将分三阶段启动，先启动11号线，再启动7、9号线，适时启动6、8号线。其中，11、7、9号线计划60个月总工期，11号线今年12月试验段确保开工，明年7月全面动工，2016年12月建成；7、9号线明年1月试验段开工，明年8月全面动工，2017年1月建成。6、8号线将根据工作进展情况适时启动，总工期计划为54个月。
深圳地铁1-16号线总长度合计585.3公里。
穗莞深城际线福田中心区广州联系深圳核心区与前海－宝安、福永、沙井、东莞长安－虎门、莞城、广州等地；由11号线在松岗预留向西北延伸与东莞段线路衔接的条件，条件成熟时利用11号线轨道直通福田中心区。
深莞城际线龙华火车站莞城联系深圳中西部龙华、光明与东莞松山湖、莞城等地；由6号线在光明预留向北延伸与东莞市域轨道快线R1线衔接条件，条件成熟时利用6号线轨道直通龙华新客站。
深惠城际线福田中心区惠州联系深圳核心区、东部城区与惠阳、惠州等地；由14号线在坑梓预留向东延伸与惠州市轨道线路衔接的条件，条件成熟时利用14号线轨道直通福田中心区。
西部深港城际线前海湾香港联系深圳西部滨海地区与香港中心区及香港机场等地；由11号线在前海预留向南延伸至香港的条件。
深江城际线福田中心区江门联系深圳核心区、龙华、福永、中山、江门等地；由于跨江工程浩大，考虑与厦深铁路西延段合建，并利用广深港客运专线龙华以南段富余能力。
早期规划线路
近期在建地铁线路
