2.制定风险控制流程，设置风险控制点。《指引》着重于企业税务风险管理，在一定程度上是对现有企业风险管理体系和内部控制规范的补充和发展，它没有拘泥于固有的风险要素框架，只是强调企业内部的税务机构设置和人员配置、岗位职责和授权、风险评估和重要业务流程内控、技术运用和信息沟通等与税务风险管理直接相关的内容，而其他要素则包含在《指引》各条文中，没有独立成章。企业应遵循风险管理的成本效益原则，在整体管理控制体系内，制定税务风险应对策略，合理设计税务管理的流程及控制方法。设置税务风险控制点，采取人工控制机制或自动化控制机制，建立预防性控制与发现性控制机制。针对重大税务风险所涉及的管理职责与业务流程，制定覆盖各环节的全流程控制措施；对其他风险所涉及的业务流程，合理设置关键控制环节，采取相应的控制措施；协同相关职能部门，管理日常经营活动中的税务风险。
3.重点关注企业重大事项，跟踪监控风险。企业重大事项包括企业战略规划、重大经营决策、重要经营活动等。企业战略规划包括全局性组织结构规划、产品和市场战略规划、竞争和发展战略规划等；企业重大经营决策包括重大对外投资、重大并购或重组、经营模式的改变以及重要合同或协议的签订；重要经营活动指关联交易价格的制定，跨国经营业务的策略制定和执行。企业的战略规划、重大经营决策和重要经营活动关乎企业的存亡与兴衰，具有复杂的复合风险，其中也包括税务风险。这些事项因其重要性而不允许企业存在过高的风险，因此，企业税务风险管理部门不但要在事前分析、识别、防范风险，更应着重跟踪监控税务风险。
4.规划税务风险应对策略。按照税务风险发生的可能性及其对企业造成影响的大小，可以将企业税务风险应对策略划分为避免、转移、小心管理或可接受等。对于发生几率较大且影响程度较深的税务风险，企业应当尽量避免，以免危及生存；对于影响程度较低、发生可能性较大的风险，可以采取转移的策略；对于影响程度较高、发生的可能性较小的风险应当小心管理，力求将风险控制在合理范围内；对于影响程度和发生可能性都较低的风险，可以选择承担的策略。
5.提高对税务风险管理的认识。《指引》明确要求：“董事会和管理层应将防范和控制税务风险作为企业经营的一项重要内容”。长期以来，我国企业的领导层大多不重视税务风险，甚至根本就没有税务风险意识；企业的财会人员也缺乏对税务风险的应有认识和重视，甚至可能认为企业税务风险管控“与己无关”。因此，要进行税务风险管理，首先应提高企业所有者、管理者乃至全体员工对税务风险管理的认识。
