纵观诺贝尔奖112年并不算十分漫长的历史，其一直充满争议，这些争议或许撕破了我们所期望的那种完美无缺。但是，也正是这些争议为其增添了别样的色彩，让其从神坛走下，生机盎然地走入历史长河。
当美国著名物理学家、1965年诺贝尔物理学奖得主理查德·费曼被问到他最想同哪位已故人士交谈时，他说：“我的父亲，我会告诉他我赢得了诺贝尔奖。”诺贝尔奖受人尊重，这一点毫无疑问，费曼的回答也是一个佐证。但是，诺贝尔奖也有如一株大树，有地上光鲜的一面，也有地下不为人知的并不那么“高贵”的另一面。
正所谓“人红是非多”，诺贝尔奖也一直饱受争论。例如，2008年，日本科学家小林诚、利川敏英和美国科学家南部阳一郎因为“发现对称性破缺的来源，并预测了至少三大类夸克在自然界中的存在”获得诺贝尔物理学奖。但随后，这一消息却在意大利物理学界引起轩然大波。
据媒体报道，意大利物理学会对小林诚、益川敏英两人提出了质疑，他们称“诺贝尔奖被日本偷走了”，他们为这两人的研究奠定理论基础的罗马大学教授尼古拉·卡比博没有获此殊荣深感不平。另外，建造“大型强子对撞机（LHC）”的欧洲粒子物理实验室（CERN）的研究人员也表示了同样的质疑。
小林诚和益川敏英在1973年提出了“小林-益川理论”，认为构成基本粒子的夸克至少有6种，且可以相互转化。而卡比博早在1963年就提出了作为该理论基础的设想。
之所以会出现这样的纠纷，是因为诺贝尔奖有个不成文的规定，每个奖项的获奖人数不能超过3个。
诺贝尔委员会曾经做过很多奇怪的决定，其最令人震惊的决定之一是把英国著名天文科学家、脉冲星的发现者乔林斯·贝尔·伯内尔排除在受奖人之外（大概是因为她做这项发现时“不过”是一位学生吧，其实，1973年诺贝尔物理学奖获得者、英国物理学家布赖恩·约瑟夫森设计出使其得以获奖的约瑟夫森结时也是一名博士生）。因此，有人将诺贝尔奖称为“非贝尔（No-Bell）”奖。
有人认为，贝尔之所以没有获奖是因为诺贝尔奖歧视女性，不过，诺贝尔奖评选委员会并不如此认为。
其实，这样的例子也不胜枚举。杨振宁有次接受采访时回忆称，1956年他与李政道发现的宇称不守恒定律，在美籍华人著名物理学家、哥伦比亚大学的研究员吴健雄1957年的实验中得到证实，引起科学界的震荡，同年杨振宁、李政道成为首获诺贝尔奖的华人科学家，而吴健雄却被诺贝尔奖排除在外。
诺贝尔奖这样著名的奖项，当然也具有很多传奇。流传最广的一个例子可以解释诺贝尔奖为何没有数学奖的原因，目前有两种说法。有国外学者认为，这件事可能与诺贝尔的爱情受挫有关，诺贝尔有一个比他小13岁的女友，后来诺贝尔发现她和一位数学家私下交往甚密。对于他的女友和那位数学家私奔一事诺贝尔一直耿耿于怀，直到生命的尽头诺贝尔还是个单身汉。也可能正是这件事让诺贝尔把数学排除在外。但真实情况并非如此。
史学家们现在越来越多地相信这样一种事实，即诺贝尔忽视数学是受他所处的时代和他的科学观的影响。他的发明似乎更多地来自于其敏锐的直觉和非凡的创造力，而不需要借助任何高等数学的知识。而且，诺贝尔本人根本无法预见或想像数学在推动科学发展上所起到的巨大作用，因此忽视了设立诺贝尔数学奖也不难理解。
