黄龙玉形成的原因跟翡翠差不多。主要的原因有如下这些：
一、黄龙玉矿石成因
龙陵黄龙玉是岩浆气液充填一一交代形成的中低温热液矿床。形成温度300℃一500℃，压力小于10^7Pa，深度大多在地下几百米至地表的范围内，矿床在空间上与花岗岩体有关，黄龙玉矿藏体产于侵入体的内接触带上，由于成矿时温度高，且矿液中存在很多挥发性的物质，因而造成在矿藏的围岩和犷藏体内部产生强烈的蚀变，黄龙玉矿藏受各种大大小小的裂隙控制，由于裂隙的挫动造成的花岗岩石的破碎形成的空间，后期的热液沿裂隙以充填方式成矿，矿藏呈脉状、层状、似层状、扁豆状产出，黄龙玉结晶颗粒为微粒结构，构造为块状构造、条带状构造和环带状构造等。
二 黄龙玉矿物结构
由于气成热矿床的形成是多阶段的，这种多阶段性与地壳构造运动的多期次性有关，与构造运动产生的裂隙有关，同时黄龙玉矿体存在广泛的表生作用，矿物的结构表现为表生构造一一条带构造。龙陵小黑山矿区的开采条件很好，矿体埋藏浅，大部分可露天开采或浅部洞坑采，所以龙陵黄龙玉的成矿深度不大，估计为地下儿百米到地表的范围内，属于中一低温热液型矿床。由于小黑山黄龙玉原生矿矿体有分带构造，所以也有学者提出了矿床成因是伟晶岩型。
三 黄龙玉成色原因
黄龙玉属于他色宝石，根据产生颜色的成因机理的不同，他色宝石又可分为原生色和次生色，原生色指矿物在内生地质作用过程中形成的颜色；次生色则是指矿物在表生风化作用过程中由于不同的机械混入物的加入而呈现出不同的颜色，而黄龙玉的成色机理就是次生色。
上面提到黄龙玉矿床形成具有多阶段性，因为地壳构造运动的多期次性，所以每次的热液的成分可能有所不同，比如有的富含黄铁矿，则呈现出砖红色，有的富含铜的硫化物则呈现出橘红色。在龙陵所产出的黄龙玉的颜色形成有两种情况。
第一种是近地表黄龙玉原生矿或者说是裸露的原生矿以及在河床沉积的次生矿，在其表面的黄色、橘黄色、红色、灰色的色调的饱和度高，内部则是呈向浅色渐变，越来越浅直至变成灰白或者灰黑色。其原因就是次生色的形成过程。即先形成黄龙玉的颜色是白色，然后是不同层次、不同饱和度的黄红颜色的形成，随着长时间的累积变化，最外层的黄或红颜色最深，越往下越浅，直至灰白。在已出现的黄龙玉颜色中，红褐色、黄褐色、红色、橘色、黄色等，多为赤铁矿和褐铁矿经过漫长地质年代经由石英岩颗粒间的缝隙或裂隙侵入、浸染所致。
另一种成色则是由于铁的氧化物在重结晶和失水后形成灰色的赤铁矿而形成的。如镇安产的黄龙玉。除此之外，黄龙玉“水草花”其实质是黑色的锰质沉淀。即锰元素在成岩过程中，形成了复杂的具有花边构造的锰的沉积物
草花石的图纹，是由于矿物沿节理裂隙及毛细孔充填，在一定程度风化情况下，多种矿物元素致色，二价铁和三价铁离子致色呈褐色、褐黄色、褐棕色，个别棕红色、褐红色，四价锰离子致色呈棕黑色、黑色等，绿泥石致色呈浅绿灰色，矿物元素致色的结果，使其图纹呈现出绚丽多彩的色纹。水中及其溶蚀的矿物质，沿节理裂隙渗透，风化后矿物元素致色而形成各种不同的色纹。
黄龙玉的草花形成机理估计也差不多吧。
