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1994年，伴随着增值税制度施行，增值税专用发票成为抵扣进项税额的重要依据。国家出台了增值税一般纳税人购进免税农产品可开具农产品收购发票，并按照收购发票注明的价款和规定的扣除率计算进项税额的制度，使农产品收购发票成为增值税“链条”中的一个重要环节，起到了减轻农产品经营及加工行业增值税一般纳税人的税收负担，促进我国农产品转化的作用。
2002年，财政部、国家税务总局发出《关于提高农产品进项税额抵扣率的通知》（财税〔2002〕12号），规定自 2002年1月1日起，增值税一般纳税人购进农业生产者销售的免税农业产品的进项税额扣除率由10％提高到13％。
2011年6月，国家税务总局发布《关于部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除管理办法的公告》（征求意见稿），称将在液体乳及乳制品制造和食用植物油加工行业试点实行农产品进项税额核定扣除。
2011年7月，国家税务总局发布《关于部分液体乳增值税适用税率的公告》，规定按照《食品安全国家标准—巴氏杀菌乳》（GB19645—2010）生产的巴氏杀菌乳和按照《食品安全国家标准—灭菌乳》（GB25190—2010）生产的灭菌乳，均属于初级农业产品，可依照《农业产品征收范围注释》中的鲜奶按13%的税率征收增值税；按照《食品安全国家标准—调制乳》（GB25191—2010）生产的调制乳，不属于初级农业产品，应按照17%税率征收增值税。
2012年4月，财政部、国家税务总局发出《关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》（财税〔2002〕38号），规定自2012年7月1日起，以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值税一般纳税人，纳入农产品增值税进项税额核定扣除试点范围，其购进农产品无论是否用于生产上述产品，增值税进项税额均按照《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》抵扣。农产品进项税额扣除率改为纳税人再销售时货物的适用税率。试点纳税人以购进农产品为原料生产货物的，农产品增值税进项税额可按照“投入产出法”、“成本法”和“参照法”核定扣除。
同时，对部分液体乳及乳制品实行全国统一的扣除标准。
值得注意的是，相比去年公布的征求意见稿，将于下月实行的新办法，试点行业除乳制品和食用植物油加工企业外，增加了酒及酒精生产企业。
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