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国家重点实验室作为国家科技创新体系的重要组成部分，是国家组织高水平基础研究和应用基础研究、聚集和培养优秀科学家、开展高层次学术交流的重要基地。
实验室的宏观管理部门是科技部，国家重点实验室评估工作由科技部委托国家自然科学基金委员会负责组织与实施。从1989年起，每五年进行一轮定期评估，依次为化学化工领域、数理科学和地球科学领域、生命科学领域、信息科学领域、工程与材料科学领域。该评估参与的实验室主要有国家重点实验室和部分部门重点实验室。
评估结果分为优秀、良好、较差（不予资助类），按照实验室评估规则，较差的部门开放实验室将不能参加下一轮的实验室评估工作，连续两次被评为“不予资助类”的国家重点实验室将取消“国家重点实验室”资格。
科技部在2002年对1999年到2001年评估较差的实验室进行了一次集中评估，并从2002年的实验室评估中开始强化了淘汰机制，对较差实验室实行了一次评估淘汰制。
2003年，科技部颁布了新的《国家重点实验室评估规则》，国家重点实验室每5年评估一次。2004年将开始新一轮实验室评估，各学科评估时间为：化学领域为2004年，数理和地球科学领域为2005年，生命科学领域为2006年，信息科学领域为2007年，材料科学和工程科学领域为2008年。
国家重点实验室评估不予资助类
·1999年
南开大学 吸附分离功能高分子材料国家重点实验室
大连理工大学 染料及表面活性剂精细加工合成国家重点实验室
山东大学 胶体与界面化学开放实验室
北京大学 生物有机分子工程开放实验室
天津大学、清华大学 一碳化工国家重点实验室
·2000年
北京大学 湍流研究国家重点实验室
北京大学 暴雨监测与预测国家重点实验室
四川大学 辐射物理及技术开放实验室
中山大学 超快速激光光谱学国家重点实验室
北京林业大学 水土保持开放实验室
中国科学院兰州地质研究所 气体地球化学国家重点实验室
·2001年
中山大学 生物防治国家重点实验室
兰州大学 干旱农业生态国家重点实验室
中国农业大学 农业生物技术国家重点实验室
中国医学科学院 内分泌开放实验室
上海计划生育研究所 计划生育药具国家重点实验室
江苏省原子医学研究所 核医学国家重点实验室
中国科学院植物生理生态研究所 植物分子遗传国家重点实验室
上海儿童医院上海医学遗传研究所 胚胎分子生物学开放实验室
·2002年
电子科技大学 宽带光纤传输与通信系统技术国家重点实验室
北京大学 文字信息处理国家重点实验室
华中科技大学 图象信息处理与智能控制教育部重点实验室
中国科学院计算技术研究所 智能信息处理中科院重点实验室
·2003年
清华大学 | 
