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元朝主要信奉藏传佛教，泰州南山寺及所有寺庙记载很少。元朝末年，泰州张士诚起义，“公私房舍寺观庙宇毁为瓦砾”（道光《泰州志·城池》）,南山寺也在所难免。在张士诚毁城的十二年之后，紧接着朱元璋部再次攻打泰州城。连续两场战争后，泰州全城一片废墟。
明初的泰州，百废待举。州志记载，南山寺僧主僖重修寺庙。在其他寺庙未见有修缮的时刻，南山寺及时得到了重修，再次表明南山寺地位非同一般。寺修好后，成为祝圣道场，设立僧正司，即把当时佛教的领导机构设立在寺内。
永乐十八年（1420）南山铸铜纽铁钟，钟声洪亮，三十里外的姜堰都能听到，清代泰州康发祥《海陵竹枝祠》：“南山寺独面城墙，殿有洪钟制特良；人说钟闻卅余里，那曾送客到罗塘（姜堰曾名罗塘）。”永乐之前，南山寺理应有钟。宋王象之《舆地纪胜》曾经记载，“唐光化二年钟”在资福禅院（南山寺时称资福禅院）。光化二年（899）是在南山寺建寺23年后，铸造大钟也很自然，只是此钟自王象之以后就不见踪影。
明初洪武四年（1371）泰州建钟楼，楼上置铜钟，新中国成立后钟移至泰山公园，现在光孝寺钟楼内。钟楼上的钟是何时所铸，古人曾作过考证，有说是后唐铸，有说是南唐铸，有说是明初铸，莫衷一是。就钟的形状看，唐宋时的钟多为上下直径相近的桶状，而后期的钟下边多往外撇，明初铸的可能性不大。前人说，曾隐约看到钟上有“同光”二字，以为是后唐时造，同光是后唐庄宗的年号，泰州时属吴国，铸钟用后唐年号似无道理。值得注意的是有个“光”字，会不会不是“同光”而是“光化”。如是光化，则此钟就是王象之所记的南山寺唐代铸的那只钟。当明初建钟楼时，将南山寺古钟移到钟楼，到永乐时南山寺重新铸钟，这种推侧，也许不无道理。 | 
