从上世纪50年代起，东邻日本的吐鲁番学有了很重要的进步。中央大学教授嵨崎昌成绩最为显著。吐鲁番出土文献，包括墓志类文字与文书，吸引了研究者对吐鲁番的广泛注意，探讨吐鲁番的历史于是成为吐鲁番学很重要的一个焦点问题。罗振玉、黄文弼、冯承钧、嵨崎昌等莫不如此。嵨崎昌先后发表多篇论著，如《唐朝征讨高昌国的原因》(1957年)、《关于高昌国的城邑》(1959年)、《关于高昌国的柳谷》(1960年)、《隋书高昌传解说》(1961年)、《麴氏高昌国官制考》(1963年)、《可汗浮图城考》(1963年)、《姑师和车师前、后王国》(1966年)、《高昌国及其周边》(1967年)等⑦。其中，他对麴氏高昌国官制的研究，明显是对黄文弼相关研究的推进，同时也构成了后来研究的重要基础。
50年代开始，随着大谷文书的公布与研究，吐鲁番学的另外一个重要特征突显出来。唐朝贞观十四年(640年)讨伐麴氏高昌胜利后，在这里设置了西州。吐鲁番出土西州时期的文书，为证明唐代前期的历史提供了十分重要的证据。唐朝前期，制度规范，执行严格，但是历史典籍记录的唐代制度，因为多是法典式记录，实施状况如何让人费解，以至于如均田制、府兵制这些对于唐代十分关键的制度，后人已经很难了解它实施的具体情况了。从二三十年代开始，就有学者提出唐代均田制是否实施的问题，而中国、日本的学者先后发表研究，未有确论。50年代，敦煌、吐鲁番文书资料的加入，更加深化了相关问题的讨论。比如周藤吉之的《吐鲁番出土佃人文书研究——唐代前期的佃人制》、西嵨定生的《从吐鲁番出土文书看实施均田制的状况》、西村元佑的《唐代吐鲁番均田制的意义——以大谷探险队带来欠田文书为中心》、大庭惰的《吐鲁番出土的北馆文书——中国驿传制度史上的一份资料》⑧、内藤乾吉的《西域发现的唐代官文书研究》、小笠原宣秀与西村元佑的《唐代役制文书考》、仁井田升的《吐鲁番出土的唐代交易法文书》等⑨，引入新的敦煌吐鲁番文献，为这些历史问题的研究注入了活力，而这些问题涉及的是唐帝国全境的统一制度，并非敦煌或吐鲁番当时的地方问题。这对于吐鲁番学而言，意义是重大的。吐鲁番提供的历史文献价值，超越了吐鲁番地方本身，所以吐鲁番学的性质也不再仅仅属于吐鲁番。
1959年到1975年，新疆考古部门在吐鲁番阿斯塔那和哈拉和卓先后进行了13次发掘，出土了大量文书和文物。1975年开始，国家文物局成立了以唐长孺为首的吐鲁番出土文书整理小组。从1981年开始，陆续出版了十册录文本《吐鲁番出土文书》。到1996年，四卷本图版录文对照本也出版完毕。与大谷文书相比，这批新出的吐鲁番文书，有系统发掘记录，符合考古学的要求，所以在释读和理解上更加便利。此外，文书数量多、内容丰富，对于相关的研究促进很大。吐鲁番学从此进入一个研究的高峰时期。
在唐长孺领导下的整理小组，一边整理，一边研究，武汉大学出版的《敦煌吐鲁番文书初探》(1983年)和《二编》(1990年)，可以看作是他们研究成果的集中体现。北京大学中国中古史研究中心编辑的《敦煌吐鲁番文献研究论集》(共5辑)，虽然不是以吐鲁番新出文书的研究为主，但是也有很多新资料的介绍和研究。1986年厦门大学出版社出版的韩国磐主编《敦煌吐鲁番出土经济文书研究》，其实也是以吐鲁番研究为主的。1983年，中国成立敦煌吐鲁番学会，下设《敦煌吐鲁番研究通讯》，在联络学者、交流信息方面发挥了重要作用。1987年夏，日本五名学者荒川正晴、片山章雄、白须浮真、関尾史郎和町田隆吉共同结成“吐鲁番出土文物研究会”，印刷《会报》，每年开会研究问题，成为l3本方面吐鲁番学研究的生力军。2000年，吐鲁番地区文物局创刊《吐鲁番学研究》，对于吐鲁番学的促进意义巨大，证明吐鲁番学在故乡的健康发展。
唐长孺主编的《吐鲁番出土文书》出版以后，对于吐鲁番学发展起到促进作用的学术事情还有以下几件。柳洪亮《新出吐鲁番文书及其研究》(新疆人民出版社，1997年)除了柳洪亮自己的研究论文以外，公布了阿斯塔那382、385、386、388、389、360、384等七个古墓出土的文书，此外还有交河故城、吐峪沟千佛洞、柏孜克里克千佛洞出土的文书等。本书也有图版，但基本上看不清楚。同时，属于吐鲁番出土、收藏在日本宁乐美术馆的文书也被整理出版，这就是陈国灿、刘永增《日本宁乐美术馆藏吐鲁番文书》(文物出版社，1997年)。这批资料由日比野丈夫首次使用⑩，对于理解战争状态的西州是十分典型的材料。
大约是因为“吐鲁番出土文书”这个名称的限制，所以《吐鲁番出土文书》不收同时出土的墓志，仅仅在解题的时候有所介绍，而墓志显然是很重要的历史文献。过去，黄文弼的《高昌砖集》，已经把自己发掘所得吐鲁番出土墓志刊布。1959年以后的13次发掘所得墓志，1975年文物出版社出版的《新疆出土文物》仅仅发布了几幅照片。侯灿先在《敦煌吐鲁番文献研究论集》第5集(1990年)上发表《解放后新出吐鲁番墓志录》，只有录文没有图版。而穆舜英、王炳华主编的《隋唐五代墓志汇编》新疆卷(天津古籍出版社，1991年)，是把黄文弼与新出的吐鲁番墓志都收在一起，只有图版没有录文，更可惜的是收集不全。直到2003年，侯灿、吴美琳《吐鲁番出土砖志集注》上下册(巴蜀书社)，才终于把所有吐鲁番出土的墓砖、墓志资料汇编到一起。这是一部图版与录文对照本，并且提供了相关的重要研究参考文献。
另外，斯坦因在新疆获得的部分汉文资料，有的本来就出自吐鲁番，有的虽不是吐鲁番出土，但是也有重要的参考价值。对此，目前有三部著作，分别是郭锋《斯坦因第三次中亚探险所获甘肃新疆出土汉文文书——未经马斯伯乐刊布的部分》(甘肃人民出版社，1989年)、陈国灿《斯坦因所获吐鲁番文书研究》(武汉大学出版社，1990年)和沙知、吴芳思编著《斯坦因第三次中亚考古所获汉文文献(非佛经部分)》(上海辞书出版社，2005年)，前两部著作没有附图版，后者属于图版录文对照本。
三、吐鲁番学的研究课题与展望
吐鲁番学的发展历程，每一次进步，都与新的资料公布有关。研究资料代表的是研究对象和基础，这种现象应该是广泛存在的。对于吐鲁番学而言，新资料对研究的推进，从时间上看，几乎每过若干年就会有新的推进。这充分显示了吐鲁番学的特点——年轻而富有前途。新出资料不仅本身满带新信息，更重要的是新资料往往能够激活旧有资料的信息。新旧资料的对比、连带等关系的存在，使得新资料从来都会再一次带动对旧有资料的研究和认识。最近一两年来，我们一直在整理近十年新出的吐鲁番文献资料，同时也参考过去发表的文书，考虑一些新的课题，我们相信新旧资料放在一起，一定也能发挥同样的作用⑾。以下就我们考虑的一些问题，结合已有的研究成果，略表浅见如下。
吐鲁番学发展至今，最重要的成绩之一就是地方历史的研究得到了长足的进步。以往了解吐鲁番的历史，只能依靠传世史籍。但是，在中原本位的史书记录系统中，西域的历史记录往往是十分贫乏的。唐朝以前的吐鲁番历史，主要写在西域传中，笔墨不多是基本特色，简单的描述仅仅给人以很粗浅的印象。但是，自从有了吐鲁番文献，吐鲁番的历史很快丰富起来。现在我们对于十六国时期的吐鲁番的了解，和过去相比有了根本的改观。
前凉占据高昌，设立高昌郡，这个问题的解决依赖罗布泊发现的李柏文书。此后，此地经过前秦、后凉、西凉和北凉的统治时期。一系列古代年号的发现，对于理解当地政权易手的情形给出了很重要的证据，虽然不是一切问题都得到了解决，但是至少比以前要明确多了。北凉后期河西走廊的战乱直接影响了吐鲁番地区，在各种势力的较量之中，吐鲁番深深卷入其中。如果没有《凉王大沮渠安周造祠碑》和河西走廊的佛教写经在吐鲁番的发现，北凉灭亡后余部转移高昌所给予高昌地方带来的巨变，我们至今也无法了解⑿。佛教一贯的从西向东的传播路径，在这个时候、这个地域忽然出现了逆转，河西走廊的佛教传人高昌。不仅如此，由于大凉移民的进入，加剧了吐鲁番盆地的两个政治中心的冲突，高昌终于兼并交河的车师王国，吐鲁番盆地第一次实现了政治统一。
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