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【分享】你常要用到的生物科研软件(从科研到发文章)

2014-06-18  谁能拯救...
1.文献管理与分析:
EndNote X1,文献管理软件,平时方便论文管理,写文章的时候插入文献也是相当的方便;
RefViz 2.1,文献分析软件,与EndNote结合使用,分析文献,可以省掉大把自己看自己归纳的时间;
ReferenceManager似乎很久没有更新了,Thomoson看来以后可能只管EndNote了。
2.分子生物学综合软件:
Vector NTI 10.3,分子生物学的综合软件,什么功能几乎都全了;
BioEdit 7,杂七杂八的功能凑在一起的一个分子生物学软件,有些罕见的Vector NTI所没有的功能;
DNAMAN 6,与Vector NTI类似的一个软件,但是图型化上做的很差,集成度和序列的管理功能比Vector NTI差的不是一点点,罕用,但有时候有些序列的格式非得要用它的样子排,没有办法;
3. 大分子二维/三维结构绘图软件:
PyMol 0.99,有1.0,可惜要钱了,也没有P-J。蛋白质三维结构查看软件,神奇的就在于它可以编辑小范围内的结构;
DeepViewer 3.7,PDB Viewer的换汤不换药升级版,在预测功能上有所突破,期待新版本的出现令其可与PyMol有的一拼,谁叫PyMol在Windows下开始收钱呢?为了一个PyMol装个Linux似乎还没有这样大的动力;
RNADraw 1.1,RNA和DNA二级结构的分析软件,可以分析做PCR的时候的引物的二聚体,更直观一些;
Accelery Insight II,Linux下的大型三维结构模拟软件,2.1 G!据称是非常强大。为了这个装个Linux似乎还说的过去。
4. 质粒绘图软件:
Vector NTI和DNAMAN其实也可以画,但是不如下面这几个来的专业或方便:
SimVector 4,与Primer Premier同一家公司的软件,画质粒的一个软件,效果还行,与VectorNTI画出来的风格不一样,有的杂志喜欢;
WinPlas 2.7,很老的质粒绘图软件,很久没有升级了,画出来的质量非常差,可是小,比较快;
Visual Cloning 3.2.4,一个界面豪华的质粒及克隆整个过程的画图软件,大而慢,选用。
5. 引物设计软件:
Primer premier 5,引物设计软件,大家都用,我也用;
Oligo 6.7包1,引物设计软件,大家都用,我还用,设计Fusion PCR和In-Fusion连接的引物的时候,比Primer premier直观一些;
Allele ID 6.0/Beacon Designer 7.0,RT-PCR设计软件,与Primer Premier同一家公司的软件,软件界面非常相似,到现在也没有搞清楚两个有什么区别,不知道有什么意思,具体还需要试一下;
6. 办公软件:
Microsoft WORD 2003,不说了;
Microsoft Excel 2003,不说了;
Microsoft PowerPoint 2003,不说了;
Adobe Acrobat Professional 8.1,不说了;
PDF2Office 2.0,把PDF转成WORD,中文支持大大的好,但页面格局往往破坏的一塌糊涂;
Adult PDF Password Recovery 2.3,看名字就知道干什么的了,相当强大,加密的PDF往往不能取词不能打印;
SolidPDFConverter 3.0,把PDF转成WORD,中文支持大大的不好;
7. 凝胶分析软件:
QuantityOne 4.6.2,BioRad的凝胶成像仪自带的电泳图像软件,算很好上手的了;
GelPro Analyzer 4.5,跑胶和杂交以及菌落的分析软件,已有6.0版,可惜我这里没有破解版;
PDQuest 8.0.1 Advance,BioRad的二维电泳分析软件,算好用的,功能上没用过其它的,真的不好说;
代谢网络和信号传导分析软件:
CellNetAnalyzer 6.0,以前叫FluxAnalyzer,基于MatLab的代谢网络和信号传导网络分析模块,大部分论文中的代谢网络分析都是或明或暗的用这个分析的;
PathwayStudio 5.0,蛋白质相互作用、细胞信号转导和代谢分析的软件;
8. 图片处理:
图片是用来表达思想最有力的工具了,所以在这里就多了一些。
Adobe Photoshop CS3 Extended,修改图片,可以做出以假乱真的效果,功能非常强大,但在画示意图上不是很方便,对线条和几何图形的支持尤为不便;
Adobe Streamline 4,好久没有升级的一个软件,把位图转成矢量图的一个软件,很好用;
Image-Pro Plus 6.0,对图象进行加工处理并得到数据的软件,专业,相当的专业,已有6.2版,可惜我这里没有破解版;
Adobe Fireworks CS3/Illustrator CS3,矢量图和位图工具二合一,可以画一些复杂的图,像GENE,MCB上面的很多图都可以很轻松的用Fireworks/Illustrator画出来,流程图,细胞结构,各种复杂的示意图等等都没有问题,矢量工具非常好用。Fireworks更适合入门。Illustrator是纯粹的矢量软件,新手用起来可能会有点不适应,特别是从Photoshop转过来的新手;
ChemSketch 10,画分子结构式的,几乎可以胜任所有的化学结构式的任务了;
SnagIt 8.5,抓图软件,同类软件里面最好用的一个了,连续截屏和延迟截屏是最大特色;
9. 流程图软件:
Microsoft Visio 2003,画流程图和一些复杂的示意图,与SmartDraw类似,但是在PPT里面的显示效果远胜SmartDraw,因为与PPT是一家的,兼容性更好,更方便;
SmartDraw 7.7,画流程图和一些复杂的示意图;
ConceptDraw 7.5 Professional,SmartDraw在接下来一段时间内的强有力的竞争对手,虽然SmartDraw 8 Professional进行了升级,但是却不再支持中文,相当让人失望,ConceptDraw这时候具有了天然的竞争优势了;
10. 数学统计软件:
OriginPro 8.0 SP1,画各种各样的曲线图,兼做简单的数据处理;
SigmaPlot 10.0,与Origin类似,画出来的图风格不大一样,OriginPro 8.0推出之后,SigmaPlot已经渐显颓势,期待新版本了;
SigmaStat 3.5,分析为主的一个小统计软件,在SigmaPlot中可以调用它,如果不用SigmaPlot,个人感觉其没有任何意义;
SPSS 16,大型的分析软件,几乎拥有所有的统计分析功能;
MatLab 7.1,呵呵,这样说吧,数学里面的,几乎什么都可以;
SAS JMP 7.0,SAS公司为了解决SAS难用而开发的一个软件,据一位专业级的统计分析人物推荐,觉得SPSS太不中用,还是SAS家的东西可靠些。
另外还有很多常见的分析软件如SAS 9.1,Statistica 7.0, SysStat 12.0等等,功能上都差不多,都很强大,但我们还是实验为主,能完成任务即可,实际上学精任何一个都足够用了。
其它:
UltraEdit 13.10a,取代记事本的一个强大软件,很多时候会用到,比如把CNKI的数据导到EndNote,有些软件的16进制下的P-J;
这些软件目前而言,应该可以对付从科研到发文章的所有的事情了

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