CentOS 6.4 software installation guide

阅文书苑 2014-07-10

展开全文

1： Gromacs 的安装

(1) 下载：gromacs（gromacs-4.63.tar）安装包和cmake（cmake-2.8.11.2.tar）安装包。

(2) 安装cmake：先解压（tar），然后去解压的目录，依次执行：./configure； make；make install。

(先要安装gcc编译器：yum install gcc*）。

(3) 安装gromacs：先解压（tar），然后去安装的目录，新建一个build文件夹，进入build文件夹，依次执行：

cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON； make ； make install。

(4) 设置环境变量：在.bashrc文件中加入：export PATH=$PATH:/usr/local/gromacs/bin

备注：其在安装过程中会自动下载并安装fftw。

2：Amber12和AmberTools 13的安装

（1）下载：Amber12.tar.bz2（收费）和AmberTools13.tar.bz2（免费）。

（2）安装前，系统需要先安装flex; gcc; openmpi; flex; g++; libxt-dev; libxext-dev; gfortran; tcsh; libnetcdf-dev; patch; csh; bison; xorg-dev; libbz2-dev。用 yum 安装。

（3）串行安装：a：解压 tar -jxvf Amber12.tar.bz2 -C /home/sh/Programs/
tar -jxvf AmberTools13.tar.bz2 -C /home/sh/Programs/

b：在/home/sh/Programs/Amber12夹中，执行 ./configure -noX11 gnu

c：执行 make install

d：执行 make test

                               e：在bashrc文件中写入变量和路径：
                                     export AMBERHOME=/home/sh/Programs/Amber12
                                     export PATH=$PATH:$AMBERHOME/bin
(4) 并行安装之 openmpi的安装
                       a：下载 openmpi-1.6.5.tar.gz
                       b：解压到/home/sh/Amber/amber12/AmberTools/src
                       c：写入环境变量：
                             export MPI_HOME=/home/sh/Amber/amber12/AmberTools
                             export PATH=$PATH:$MPI_HOME/bin
                            export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MPI_HOME/lib

d：进入AmberTools/src目录，执行./configure_openmpi gnu; 在执行make install

               e：进入amber12文件夹
                       f：执行  ./configure -mpi gnu
                                      make install
                     g：并行测试 mpirun -np 4 sander.MPI

   备注：如果并行运算报错时： cannot connect to local mpd (/tmp/mpd2.console_balay);
                                     possible causes: 1. no mpd is running on this host 2. an mpd is running but was ...
                解决方法：

                                        cd $HOME
                                          touch .mpd.conf
                                        chmod 600 .mpd.conf
                                          然后运行 mpdboot 即可。

3：VMD的安装方法

(1) 下载VMD（vmd-1.9.1.bin.LINUXAMD64.opengl.tar）。

(2) 安装VMD：a：先解压vmd-1.9.1.bin.LINUXAMD64.opengl.tar，生成vmd-1.9.1。

b：进vmd-1.9.1文件夹，执行./configure LINUXAMD64

c：进入 src文件夹，执行make install命令。

d：执行命令 vmd 进行测试。

备注：一般安装完成后，如果显卡没有什么问题，vmd会正常打开。如果显卡的驱动存在问题，

vmd可能会出现闪退。请google 解决方法。(用serial >num and serial <num 显示氨基酸残基)

4：Coot 软件的安装

(1) 下载coot软件（coot-0.7.0-9.2.x86_64.rpm）。

(2) 安装：rpm安装时提示需要以下几种依赖软件，请下载安装：

a: refmac-dictionary-5.38-3.1.noarch.rpm

b: libmmdb0-1.24.2-2.1.x86_64.rpm

c: libclipper2-2.1.20121002-1.2.x86_64.rpm

d: libccp4-6.3.0.20121001-2.2.x86_64.rpm

e: gtkglext-libs-1.2.0-11.el6.x86_64.rpm

f: gsl-1.13-2.3.x86_64.rpm

g: freeglut-2.6.0-5.1.x86_64.rpm

h: coot-reference-structures-0.2008-1.2.noarch.rpm

i: fftw2-2.1.5-52.3.x86_64.rpm

备注：因相关软件具有依赖性，安装顺序不对时会报错。

5: Phenix的安装

(1) 下载phenix软件，需要教育网邮箱注册登录后下载（phenix-installer-1.7.3.tar.gz)。

(2) phenix 安装：先解压，然后进解压后目录，依次运行：./install；

(3) 设置环境变量：source /usr/local/phenix-1.8.2-1309/phenix_env.sh

6: CCP4的安装

(1) 下载ccp4软件，需要教育网邮箱注册登录后下载（ccp4-6.4.0.1-linux-x86_64.tar)。

(2) ccp4安装：先解压，然后进解压后目录，依次运行：./BINARY.set-up。

(3) 设置环境变量：在.bashrc 文件中添加：source /home/sh/Programs/ccp4-6.4.0/bin/ccp4.setup-sh

7: Grace 的安装

(1) 首先安装epel。

(2) 安装grace： yum install grace

(3) 测试：运行 xmgrace

备注：如果提示缺少 libhdf5_hl.so.6，可以执行yum install hdf5，该软件提供libhdf5.so.7和 libhdf5_hl.so.7，其位于/usr/lib64文件夹中，然后在该文件夹中生成libhdf5_hl.so.6 文件，命令为：cp libhdf5.so.7 libhdf5.so.6；
cp libhdf5_hl.so.7 libhdf5_hl.so.6 。再次运行 xmgrace即可。
8: Autodock 4.2的安装

（1）首先安装mgltools_x86_64Linux2_1.5.6
       （1）首先安装tcl 和tk：yum install tcl-devel ； yum install tk-devel。
       （2）再安装 mgltools：解压mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.tar.gz，解压后进入该目录，运行 ./install.sh ，提示
          安装成功。
       （3）设置环境变量：export PATH=/home/sh/Programs/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin:$PATH。

（2）Autodock的安装

（1）将autodocksuite-4.2.5.1-x86_64Linux2.tar 文件解压，后得到 autogrid4和autodock4文件。
（2）将autogrid4和autodock4文件拷贝到 /usr/bin/文件夹中即可。这两个文件最好放入autodock的运行

结果的文件夹中。

9: Modeller的安装

（1）先下载modeller-9.12-1.x86_64.rpm。

（2）安装 rpm -ivh modeller-9.12-1.x86_64.rpm。

（3）注册：先用教育网邮箱注册获得liscense （MODELIRANJE）。然后修改/usr/lib/modeller9.12/modlib

/modeller/config.py

（4）安装python： yum install python

（5）运行：用 python file.py 或者 mod9.12 file.py 运行脚本。脚本文件可以用vi编辑器编写。

10: Gaussian linux 版本(32bit)的安装

（1）新建一个Gaussian文件夹。

（2）解压 g09-x86.tar.bz2 文件至Gaussian中，生成一个 g09 文件夹。

（3）解压 gv-412-Linux-x86.tar.gz 文件至Gaussian中，生成一个gv文件夹。

（4）在g09文件夹中新建一个scratch 文件夹，并修改权限：chmod 777 scratch。

（5）设置环境变量：

                export g09root=/home/sh/Gaussian/g09
                  export GAUSS_EXEDIR=$g09root
                  export GAUSS_SCRDIR=$g09root/scratch
                  export GV_DIR=/home/sh/Gaussian/gv
                  export LIBPATH=/home/sh/Gaussian/gv/lib
                  export LD_LIBRARY_PATH=$g09root/
                  export PATH=$PATH:/home/sh/Gaussian/g09:/home/sh/Gaussian/gv
（6）命令行中运行gview 即可。(如需要库文件，通过yum进行安装即可。)
          备注：如果g09出错，log文件显示：
                     Entering Gaussian System, Link 0=g09
                              Input=1.com
                              Output=1.log
                      Files in the Gaussian directory are world accessible.
                     This must be fixed.
             原因是g09文件夹权限太高，如果整个改成777就有可能出这个问题。
             解决办法是除了scratch目录以外，均用755或者750(chmod +R 750 g09)等。