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历史上，苏州曾先后建有53所书院，正谊书院虽没有紫阳书院那样的规模，但以倡导西学、注重革新而成为有较大影响的学府。
正谊书院由两江总督铁保、江苏巡抚汪志伊在清嘉庆十年（1805年）主持创办的，位于苏州府学东面沧浪亭后的可园内。取名“正谊”，意在“培养士气，端正人心”。可园现在还存有冯桂芬所撰写的《改建正谊书院记》一文，文字漫灭仍依稀可辨。
冯桂芬是正谊书院第十四任讲席，是“中体西学”思想的首倡者。冯桂芬自幼博览群书，通经史，精历算、勾股之学，以才学闻名乡里。道光八年他进入正谊书院读书，曾受到林则徐的赏识。道光十二年八月，冯桂芬中榜眼，拜林则徐为师，官至詹事府右春坊右中允。冯桂芬主张“采西学”，“制洋器”，率先提出了消解现代化过程中的中西、古今矛盾的方法，即“惟善是从”。他提出了“自强攘夷”的主张，其理论对洋务派有很大影响，也被资产阶级改良派奉为先导。
同治三年冯桂芬返回苏州，应李鸿章之聘出任重建后的正谊书院山长。掌院3年期间，他倡导西学，注重革新，论学不为门户之争，培养了众多人才，较为著名的有吴大徵、叶昌炽、陆润庠、王颂蔚、管礼耕、柳商贤、潘锡爵、袁宝璜等苏州才子。对近代吴地书院的学风产生了重要影响。他晚年移居木渎，在家开修志局，纂修成《苏州府志》153卷，木渎现在的“榜眼府第”就是冯桂芬的故居。
光绪二十七年，清政府下诏将各省城书院改为大学堂，各府书院改为中学堂，各州县书院改为小学堂。1902年，江苏巡抚聂缉规将正谊书院正式改为苏州府中学堂。到1912年，江苏省都督府下令撤销苏州府中学堂，并入苏州公立第一中学堂改名的吴县县立第一中学，史称草桥中学。
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