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计算系统生物学申请总结
看了很多申请总结，受益匪浅，但是似乎一直没有关于我这个专业的总结。感觉自己有必要写一个，但无奈抽不出时间，于是就由夫人代笔，一起生活十多年，她已经看透我了。写完我读了一遍，做了少许补充。就这么贴上来吧，希望能对后面申请的同学有所帮助。 一、基本情况 1 申请方向: 生物信息学/计算系统生物学。是生物、医学、计算、统计等相结合的交叉学科，我个人的研究经历侧重network & integrative approach for molecular/population genetics of human disease。
2 背景情况
3 选校和专业
4 申请结果：
5 经验总结 我申请的另一个关键因素是推荐人。因为我申请的是交叉学科，涉及生物，医学，计算，统计等。最后我组合的是四个老师，其实也是和我关系最紧密的四个老师，虽然都是做生物信息学研究，但背景分别侧重分子生物学，医学，模式识别和统计。我的推荐人中，可能起到最关键作用的是来自CSHL的指导老师。一方面他本人是做computational genomics的，属于同领域；另一方面他在圈内立足很早，也很活跃，人脉比较广，比如我申请的MIT，Stanford，HST的几位director都是他的朋友。并不是说申请是靠关系的，比如我还是被CSHL拒了，被HST放到waiting list；而是说熟人推荐会比较可信，而且也说明所从事的领域确实比较吻合。 我对申请结果还是比较满意的，不过一开始接连收到Harvard和Columbia的拒信，也有点恐慌。不过和夫人在一起，相互鼓励，相信总是会等到好结果的。另外我们也尽量攒RP，比如收到Stanford offer后就听取夫人的提议，以最快速度把UCSD和Duke decline了，把Yale和HST withdraw了，最后终于等到了MIT的offer~ 整个申请给了我很多收获，除了申请结果本身，申请的过程也使自己对所从事的这个领域有了新的认识。一方面选校时迫使自己对美国生物信息学和系统生物学科研单位进行了比较全面的调研和比较，而面试过程中又与其中大多数项目的负责人和老师进行了交流，既认识了不少人，又促使自己思考真正感兴趣和真正擅长的东西。所有这些对我以后的发展都是很有帮助的。
6 致谢
二、学校介绍
MIT
Stanford
CSHL
HST
Harvard
Yale
UCSD
Duke
Columbia
三、面试经验 1， 最早的面试来自Duke。唯一一个在家面试的学校。时间是1.26晚上10：30，大年初一，三位教授一起面，两男一女。之前申请的时候对CBB项目做了些了解，而家里不能上网，于是去网吧查了一下面试老师的研究方向，只有一个是我感兴趣的。自己想了几个问题，就等着晚上面试了，所以准备不是很充分。大年初一本应该出去拜年的，也没去成，幸好夫人一直陪伴我。八九点钟的时候，夫人已经困了（回家就是容易早睡早起），但是还在勉强支撑，最后实在不行了，要求睡半个小时，半小时之后一定要叫醒她。10：30电话打来，夫人睡意一下子烟消云散了，变得警醒，一直在旁边听。面试还算顺利，但是第一次毕竟有些紧张。先问为啥对Duke和CBB感兴趣，然后问我的研究兴趣，然后让我介绍一下我发的一篇文章，然后一个教授让我介绍一下我在SNP方面做的工作，大概这是她的研究领域。然后轮到他们做介绍了，再然后就问我有啥问题要问。我其实没啥好问的。先问一下啥时候出结果，然后就说看过网页上详尽的介绍了，很不错的program。为了给他们机会夸一下自己，就问相对于其它类似program，Duke CBB的优势在哪里。果然他们就开始长篇大论起来，主要是跟Yale的CBB比了一下，大意是说Duke CBB和biology与medicine联系的比较紧密。最后他们问我有没有其它学校邀请本土面试，有的话一定去Duke看看，他们可以分摊费用。末了对方老大夸我发音很好，我急忙说thank you，没想到之后他又接了句”对以一个从来没有到过美国的人来说”。我尴尬一下，夫人无语一下。面试结束，夫人就开始balabala我哪里哪里说的不好，表达不地道，或是”嗯”得太多……一堆问题，让我下次一定要改正，最后才开始表扬我说的好的地方，总而言之就是批评指正。30分钟的面试大概说的也就是：我介绍我的几篇paper；对方介绍项目情况；对方提问题；我提问题。第一个面试，很紧张，不过还好不是dream school. 一直到两周后回学校才给对方三个教授每人发一封感谢信，强调一下很激动很紧张，解释一下没说好的地方。从后面结果来看感谢信还是有点效果的。 2， Yale的面试。面试我的是CBB的director，也是我最感兴趣的教授，Gerstein. 为了好好准备，除了从PubMed调出他所有publication的摘要，还特意到网上搜刮有关他的ppt和视频、音频，庆幸的是我找到了一个带音频的讲座和ppt，感觉他口语还不错（我听着比较满意~），就是有点不是很阳刚~。不过面试内容有点出乎预料。因为我准备的面试都是以research为中心，而他却主要是问我的家庭背景，求学经历，兴趣爱好，教育背景等等。其中说爱好的时候轮滑这个单词没记住，说成skate rolling，应该是roller skating，汗。不过他重点考察的似乎是我为啥对science感兴趣，进一步为啥对biology感兴趣，为啥对computer science感兴趣。他还问我怎么会认识Prof Deng, NIBS的director，Yale CBB的professor。于是又介绍了一下我在NIBS的实习经历。面试结束，夫人开始说这个教授咋不讨论讨论科研啊，真是的……然后又说我咋不全面准备呀，真是的……最后还是表扬我了，说是教授不对……不管如何，面试之后发信感谢，并附带更新了一下我的CV，因为Yale材料提交的很早，11月初。他还回了一下，说会好好看。 3， Stanford的面试。申请的时候，会要求自己选两个教授，我挑了一个方向很match的，professor Butte，另外一个一般match的，professor Altman，是director。两个人都是MD+PhD。事实证明这两个老师可能确实是和我方向最match的。面试前我广发套磁帖，因为大多不回复，于是接着发，发了有七八个。这也可能是后来Altman说很多老师都希望我加入BMI的原因。我主攻的是Butte。Butte最近发了一篇Genome Biology，我们这个方向很好的一个杂志，媒体报道很多，该文引用了我的第一篇文章，然后我看他们lab meeting上还讨论了，于是发信去套了套磁，说他这篇文章发现了一个重要现象和它的重要应用价值，但是没有给出可能的解释，然后我给了一个。说起来其实不是正面的解释，而是说他们的结果可能是artifact。说得较婉转，发完后才觉不妥，不过他回复的时候顺便告知我进入面试了。最后还是这两个老师面试我。先是Butte，夫人记得清楚点，是2.23早晨，另一个是Altman，一直在全世界飞来飞去，直到他们committee开会前两天(3.10)才面的我(我中途去了趟冷泉港，也耽误了一个礼拜)。与Yale的面试一样，我也先在网上搜集了两位老师的视频音频以及一些采访文章，不看不要紧，一看都被吸引了。其中Butte是一个非常令人exciting的人，按夫人的话说是精力充沛型和热情高涨型。我的推荐人之一曾多次审过他的NIH proposal，说他是一个野心勃勃的人。他致力于研究人类所有疾病(和我一样呵呵)，他的导师也就是HST BIG项目的老大曾经说过，如果有人能做这件事情的话，那就是他的学生Butte了。HST的老大对这位学生可谓推崇备至，人走之后还在自己主页上留一个连接，存着他人在实验室时的一些照片。言归正传，和Butte的聊天很惬意，用夫人的话说，就是很愉悦。他声音很大，夫人在一边都听得蛮清楚。一上来说我背景很impressive，很match，问我怎么认识我在CSHL的推荐人，然后问我现在在研究什么，我就先说了一个别人刚发表的背景文章，他说哎他刚看过，然后问我具体是怎么做的，于是又blabla。我又说我做的这个东西和他实验室正在做的正好互补，是不是可以结合，他说是啊，从来没遇到过你这么match的学生，呵呵。然后他介绍他们这个program，也问我还申了什么学校，我就说了他原来老板所在的HST，他说他在那呆过，也是很好的program，和Stanford这个有一拼，在biomedical informatics training方面，两个都是全美最好的，不过真要比起来，Stanford这个还要略胜一筹呢。两人大笑。然后他介绍他实验室，直接说钱很多，项目很多，数据很多，就是缺能分析的人，最近做了几个很大很大的项目，thousands of patient samples, 有几个已经投了文章，有几个还在做云云。最后说欢迎我去。面完后我和夫人大喜过望，我一挂电话夫人就跳起来kiss我：）与第二位教授的面试则有点柳暗花明的意思。协商面试具体时间就往来了有五六次的样子，有一次他在爱尔兰开会还临时打算偷空面试我，不过没成。最后面试的时候，一开始也是很例行公事的问我的背景和研究。我见势不妙，就开始套近乎，说我在CSHL的推荐人大力推荐我来这里，其实他们两个非常熟，这时他开始有点兴趣了。然后我又提到Butte，说我们互相都很满意，然后说这个program是全美最好的，他就乐了。面试快要结束的时候，他问我有没有什么问题要问。这时我就问了一个我针对他的研究方向精心准备的问题，其实是一个非常简略的proposal，idea应该不错，不过我没觉得现在是可行的。没想到他听完后非常激动，说this is exactly what we are doing。原来他们刚有一个类似的工作被一个很好的杂志接收了。他说一挂电话就把还没发表的稿子给我。并且说，他和butte一直想找个学生一起培养，言下之意大概就是我了。高兴和激动之余，他说我的申请结果已经是predictable。就这样结束了面试。我和夫人再次大喜过望，再次拥抱。一分钟之后，收到了他的说的稿子。我仔细阅读发现了更多的联系，他们的方法的基本框架正是我第一篇文章试图改进的。此外我也把我的proposal改进了一些，然后放在一起写了封回信。大约是第二天他们就开会讨论，结果出来马上告诉我，一点意外都没有。总之，stanford的面试是最成功的，夫人也是极其喜欢这个学校和这些老师的。 4， HST的面试。是由项目老大和老二面试的。同样我也找到了老大的一些视频和录音，适应了一下他的语音语调，可惜老二的没有找到。老大来自Harvard medical school, 不过同时也是麻省儿童医院的教授，就是前面提到的Butte曾经的老板。我和他谈的还很开心，一方面他也是我CSHL推荐人的朋友，另一方面我也大赞了一下他的得意门生Butte，并表示我也想做类似的事情。对方很开心，说一定给我一个很积极的review。第二天早上也就是3月10号第二个面试，是这个program的co-director，来自MIT。他的背景是统计物理，做biological network。和我的研究方向还有点match，不过我们的面试只能说一般般吧，没啥亮点，只是例行公事的一个面试的感觉。有一个没回答好的问题是，他问我觉得自己过去后最需要提高的是什么，我说是医学和生物学的知识。后来想了想，应该把统计也加上的，这大概是他的本意。在3.19居然收到了waiting list的通知，当时比较失望吧只能说，虽然知道HST面试后淘汰率高达2/3，而且招国际学生的概率更小，但是还是有点小难受，毕竟每个面试都是自己精心准备过的，花了一番心思，所有这个结果对我们来说比较是不如意。恩，不过夫人还是很高兴的说，拿到关键的offer就好了，我也就释怀了。 5， MIT的面试。面试时间一拖再拖，对方好像不着急，后来才知道也是分批次的。我们这一批是3月16号。人应该不多。每个学生安排有3个老师，每人半小时，外加负责招生的老大Chris Burge要讲一个小时的Program Overview。只有我一个是远程面试，其余都是本土，但同时进行。所以Chris讲Overview的时候特意为我安排了Skype，通过Skype的screen sharing和视频进行。另外三个面试则是电面。最初的时候小米让我提供三四个感兴趣的老师的名单，结果后来安排的面试名单里面一个都没出现，安排的三个都是方向和我不相关的老师。还好每人也配了一个student host，就是高年级的学生负责答疑。我的student host是清华CS07年去的一个师姐，从她那里我了解到不少信息，包括三个面试老师的一些情况。据她讲竞争很激烈，很多来自Stanford/Berkeley和MIT本校的学生，最后大概也就录取7-8个人，而第一批本土面试的已经发了6个offer，我说这还有啥希望。。。她说很多人会拒掉。回来说我的面试吧。总的感觉是有点混乱，虽然老大Burge显得很尽心。最初安排的三个老师中的最后一个时间还待定。最后过了两天小米才想起来这事。原定第一个面试的老师在开始前几分钟发信来说，他们那电话系统出问题了，说面不了了，后来也一直没联系。小米后来就换了一个，不过还好换成了跟我方向很match的一个老师；原定第二个老师不知何故也被小米换掉了，换成一个与我方向不相关的老师，不过面试效果挺好；原定第三个老师一开始时间未定，后来也大概一直忘了这事，几天后小米才发现不对头，临时让第三个老师给我打电话，那时我正睡觉，之后才又定了个时间面试。总之感觉是比较混乱。有点失望的说。关于面试的内容，没有特别想说的。Burge的Program Overview准备的一般吧，主要是Skype音质也不佳。三个电话面试中，唯独一个做structure的女教授和我聊的很好，她的个性很开朗，夫人对她的发音赞不绝口，因为她听得特别舒服，然后基调是她想招一个做计算的人去她实验室，因为现在的那个学生马上就要走了。从她这里还了解了一些HST的事情。其他两个老师都比较严肃，然后也找不出特别的关联出来，没出彩的地方。尤其是最后这个老师，本身是做微电子相关的计算问题，我怎么都想不出来和这个program有啥关系，和我更是没关系。他自己也说他和这个program大多数老师的方向都不一样。不知为啥，他总强调如果我想做Bioinformatics，就不要去了，他们这里是systems biology，是要回答mechanism的，是注重biophysical和biochemical level的，吓得我赶紧强调我就是想做systems biology的。面完后也赶紧写了封邮件，说我如何在biology上下了功夫，我的研究成果发表在molecular systems biology上，一个很好的做systems biology的杂志，注重molecular mechanism，总之是为了表明我不是他说的那个反面。这个老师回信说会把我的意见转达给committee。我想这个邮件可能是起了一点作用的。另外，第二个面试是我感兴趣的一个老师，不过这个老师的个性不是那么开朗，聊的有点闷。之前的准备过程中发现这个老师最近发表了一篇很大的文章，我就仔细研究了一下，面试时夸了一下，说我想做的就是这样的研究。不过貌似效果不是很明显。面试完后我赶紧重新仔仔细细地看了一下他们这篇以及相关的文章，提出来一个进一步研究的proposal，给他发了过去。这个老师回信说蛮好的，我提了一个很重要的问题，和他们的研究很相关，希望将来有机会进一步面对面讨论。于是希望又变大了一些。后来听师姐说这个program招生基本上是Burge说了算，而我又没安排与Burge的面试，所以我也把我和这个老师的讨论转给了Burge。另外我也尽量和Burge多联系，争取多留下些好的印象。比如面试过程中我有一篇很好的二作文章(IF~9)被接收，就赶紧给他转了。面试完后我又有一个顶级会议(ISMB)的highlight presentation被接收，也赶紧给他转了。他都回了信，说是值得骄傲的成就。现在想起来面试后的不断陶瓷可能起了关键作用。就算不能证明你真的很强很强，也能说明你很在意这个program，如果发offer给你你去的可能性很大，这个信息对他们也是有用的。 6， CSHL。冷泉港是唯一一个本土面试。按照他们的传统就是必须去那里面试才可能收到offer，而面试后淘汰的概率也很高（大约5/6被淘汰）。签证异常顺利，对于这样一个敏感专业，我应该是我们实验室唯一一个没有被check的人，算是RP爆发。2.25夫人送我去机场。还从来没有坐过飞机，没有出过国，夫人担心得不行，眼睛都哭肿了。晚上7：20的飞机，在韩国仁川机场转机，穿北极到纽约肯尼迪机场。晚上12点左右到的仁川，而下一班飞机是在第二天中午11点。这时发现CSHL没有订旅馆，于是就在机场座椅上睡了，也是这期间感受到了韩国人民的友好，帮了不少忙，感谢。到了26号上午11点，才登上去纽约的飞机。下飞机的时候找到了一位同去面试的韩国学生，机场有CSHL的接送人员，不到一个小时就到了位于长岛的CSHL。每人给了很多资料，很多零食，然后下午3点就开始面试了，第一天3个教授，第二天从早上9点半到下午5点半，另外11个教授，都是每人半小时，拿着地图找他们的实验室。冷泉港的main campus不大，散布着大大小小的房子，通常一两个实验室在一栋房子里。我在国内的时候把每个教授都了解了一下，基本就是看他们的研究介绍，发表的文章，然后设计几个问题。后来给安排的十四个教授基本上没有包括我感兴趣的教授，当然除了我的推荐人。其中还有很多是做神经和植物的，对于这些教授，我基本上就没什么可以准备的学术问题了。后来面试的时候，大部分时间是讨论我做过的研究。感觉面对面交谈比电话面试舒服多了，语言也更加流利，很奇怪。这里的教授每一个给我的感觉都不错，很干脆，很敏锐。其实我做的东西和他们中大部分都没关系，他们听我讲完都能提出一些关键的问题。其中属Greg Hannon最突出了。他是冷泉港这里的一个标志性人物。每一个高年级的学生都会问你有没有面过Greg，有啥特殊感觉没有。做microRNA的应该都知道Greg，大牛，有人说他该得诺奖。他也是招生的总负责人。第一天下午我就和他谈，他很认真地看了我的材料，最后非常直接地指出我们这一类工作的局限性。面试的老师里面除了我的推荐人，还有两个华人老师，我们相谈甚欢，虽然是用英文。其中一个做植物，一个做神经。限于篇幅，就不一一介绍每一个面试了。下面说一下在那边面试之外的安排吧，很丰富的，以后来面试的同学可能很关心:)。每个面试的学生都配有一个高年级的watson school的学生做student host，第一天晚上opening完后分组由这些学生带我们出去吃晚饭。面对菜谱我一点概念都没有，旁边的学长越解释我越不明白，最后看见有个带duck，apple的菜就点了。勉强能吃吧。最后居然是一个人捡的账，花了500多刀。然后回去参观一年级学生的房子。一年级学生基本住在一个房子里面，非常漂亮的一栋小白楼，位于主校区对面，隔着小港湾。如果是couple，就另外有地方住。参观完后接着带我们去campus里的一个小酒吧，大家要了点喝的然后随便聊天，说实话我不习惯。负责我的高年级学生来自波兰，他很积极地帮我联系在CSHL里面做计算的老师和学生。这天晚上我们去Greg实验室找了一个学生，他和另外几个人基本上就是做纯的机器学习了。第二天上午一部分学生还有面试，我没有。我们实验室有一个师兄在那边工作，他们这天上午正好开车去买菜，很热心地顺便带我去附近的商场买小礼物，给夫人和实验室。中午吃的pizza，然后高年级学生带着参观校园，讲历史，主要是CSHL在cancer研究方面的历史贡献，以及Watson对CSHL的贡献。下午CSHL安排的是和Watson的座谈。我们每人收到一本他签名的《double helix》，据说这个签名比最流行的明星签名还要珍贵，呵呵。我最近一次见他大概也是一年多前了，感觉状况已大不如前。他还是很健谈，一如既往的自负，唠唠叨叨一个多小时，好几个人进来催了才停住。一开始大家做自我介绍，这时我才知道有这一批来面试的16个人中，只有6个国际学生，一个来自加拿大，3来自中国 (两个北大，RY老师推荐的)。另外两个国际学生记不太清楚了。在场有一个Berkeley的学生，结果Watson直接说他不喜欢Berkeley，搞得那个学生很郁闷。聊完后我们一一和watson握手道别，由高年级学生送到火车站，去纽约吃晚饭，然后看Broadway show In The Heights。第一次看，感觉还不错的说，不过我实在太困了，也许时差没倒过来，差点睡着了。这天晚上回去在一年级学生住处有一个party，欢送我们这批，一直到凌晨6点。次日早上回国。我们是第三批，也是最后一批，一共邀请了约50个学生参加面试，最后录取8个。在那里呆了几天，感觉这里虽然很适合做研究，但是有点太冷清，担心夫人不习惯，二是附近没什么中意的学校，去个纽约也有段路，我和夫人又不能分开（夫人对我有点情感小依赖，我对夫人的厨艺以及生活起居的照顾是绝对的大依赖）。回来和夫人详细汇报了，夫人赞同我的看法。后来收到拒信，也不是特别难过的，一方面是预料中，另一方面如果有幸收到offer，将无比纠结。 |
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