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中医学中，应用五行学说，说明脏腑的生理功能，是根据五行属性的抽象概念，将人体的内脏分别归属于五行，以五行的特性来说明五脏的生理活动特点。如：木性的特点是生发，肝的生理特性是喜条达，主疏泄，故以肝配属木；火性的特点是阳热，上炎，而心阳有温煦的生理作用，所以心配属火；土性的特点是长养，变化，可以生化万物，而脾为生化之源，为后天之本，故以脾配属于土；金有清肃，收敛的特性，肺有主肃降的功能，故以肺配属金；水的特性是润下，肾能主水，藏精，所以将肾配属于水。这样配属不是牵强的配属，是按照它们的各个特性用取类比象的方法，按其性质类同的，分别归纳为五类。把人体的五脏和五行相配属，其目的是以五行生克的关系作为解释人体五脏间的生理、病理现象及其运动变化规律的说理工具。
人体脏腑组织间的内在联系，也可以用五行的生、克关系来说明。如：以相生的关系谈：木生火，是肝藏血以济心；火生土，是心之热可以温脾；土生金，是脾可以化生精微以充肺；金生水，是肺有清肃，下行的功能，可以助肾水；水生木，是肾之精可以养肝。从相克的关系言，金克木，是肺气清肃下降，可以抑制肝阳的上亢；木克土，是说肝的条达可以疏泄脾的壅郁；土克水，是脾的运化可以制止肾水的泛滥；水克火，是肾水水的滋润，可以防止心火的亢烈；火克金，是说心火的阳热可以制约肺金清肃的太过。
以上五行生克制化的关系和人体脏腑组织间生理功能的内在联系，都进一步说明人是一个有机的整体，在生理状态下只有互生、互制、维持其平衡，才能促进生化。维持人体正常的生命活动。
此外，人体与外界环境四时五气以及饮食五味等的关系，也都是用五行学说来说明的。所以，五行学说运用于生理，就在于说明人体脏腑组织之间，以及人体与外在环境之问相互联系的统一性。
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