“天人合一”是《黄帝内经》整体思维的根本特点。所谓整体思维，就是以普遍联系、相互制约的观点看待世界及一切事物的思维方式。这种思维方式不仅把整个世界视为一个大的有机整体，世界的一切事物都是连续的、不可割裂的，事物和事物之间具有相互联系、相互制约的关系，而且把每一个事物的各部分又各自视为一个小的有机整体，部分作为整体的构成要素，其本身也是一个连续、不可割裂的整体，部分与部分呈现出多种因素、多种部件的普遍联系。认为天与人之间、事物与事物之间同源、同构、同序、同律。中国传统哲学，不论儒家还是道家，都强调整体思维。在长期的医学实践中，《内经》又将传统哲学的整体性思维具体化、科学化。
在整体思维指导下，《内经》建构了一个三才合一的整体医学模式，如《素问·阴阳应象大论》说：“其在天为玄，在人为道，在地为化。化生五味，道生智，玄生神。”并以三才为经、五行为纬，论述天、地、人诸事物的类属及其相互关系。整体思维体现在《内经》藏象学说、病机学说、诊法学说、治疗学说、养生学说等各方面。归纳起来，主要有以下两点。
1.人体本身是一个有机联系的整体
《内经》将人体本身看成一个有机联系的整体，人体内部部分与部分之间既是连续的、不可割裂的，又是互相制约、互为作用的。《内经》将人体生命活动整体系统各部分、各要素（子系统）的有机联系归结为阴阳对立统一、五行生克制化、气机升降出入三种模式。用阴阳模式说明人体生命活动由相互联系、相互对立、相互制约、相互转化的两大类生理机能结构组成；用五行模式说明人体五脏功能活动是多级多路反馈联系的有机系统；用气机升降出入模式说明人不但与自然界交换物质、能量、信息，而且人体内部物质、能量与信息也是运动转化的。
《内经》认为在人生命活动中，人的生理、心理、躯体三者是有机联系的，即生命能力与躯体形骸之间、精神心理与躯体生理之间有着密切关系，提出了“形神一体”和“心身一体”的观念。在形态结构上，中医学认为人以五脏为中心，通过经络系统把六腑、五体、五官、九窍、四肢百骸等全身组织器官组合成一有机的整体，并通过精、气、血、津液的作用，完成机体统一的机能活动。在生理功能上，中医学认为人体的各个脏腑器官都是互相协调活动的，任何一个脏腑、器官、组织的活动都是整体机能活动不可分割的一部分，每个器官、组织在这个整体中既分工不同，又密切配合。在人体这个系统中，脏腑经络、形体官窍、精气神等要素之间具有相互作用的整体调控规律，在每一脏腑经络、形体官窍的子系统中又有更小的子系统，又各有阴阳、气血。在病理变化上，中医着眼于分析局部病变所反映的整体病理状态，局部病变对其他部分、对整体的影响，注重对人天系统、人体内五脏经络系统、五脏经络内各子系统等各级系统进行调控，以抑制其病理变化。在疾病诊断上，通过观察分析五官、形体、色脉等的外在病理表现，分析、揣测内在脏腑的病变情况，从而对患者作出正确的判断，并进行治疗。《内经》中有关脉诊、目诊、面诊等全息诊法记载，正是整体思维的反映。在疾病治疗上，既注意脏、腑、形、窍之间的联系，也注意五脏系统之间的联系。在养生保健上，也体现整体观念，如在养生动静关系上强调要动中寓静、动静结合、动而中节。
2.人与外界环境构成一个有机的整体
《内经》不仅认为人体本身是一个有机整体，而且认为人与天也是一个有机整体。《内经》有“生气通天”的论断,认为“人与天地相参也，与日月相应也”（《灵枢·岁露》），强调人与外界环境的密切联系，从人与自然环境、社会环境的整体联系中考察人体生理、心理、病理过程，研究人体开放系统与周围环境交换物质、信息、能量以及随宇宙节律进行新陈代谢活动的规律，并提出相应的治疗养生方法。
人生活于自然环境之中，当自然环境发生变化时，人体也会发生与之相应的变化。《内经》根据五行学说，把一年分为五季，认为春温、夏热、长夏湿、秋燥、冬寒就是一年四时中气候变化的一般规律。在四时气候的规律性变化影响下，人也表现出春生、夏长、长夏化、秋收、冬藏等相应的生理变化过程。一日昼夜昏晨自然界阴阳的消长也对人产生一定的作用。《灵枢·顺气一日分为四时》说：“以一日分为四时，朝则为春，日中为夏，日入为秋，夜半为冬。”人体的机能活动产生与昼夜节律变化相似的变化以适应环境的改变。如《素问·生气通天论》说：“故阳气者，一日而主外，平旦人气生，日中而阳气隆，日西而阳气已虚，气门乃闭。”地理区域是自然环境中的一个重要因素。在不同地区，由于气候、土质和水质不同，也可在一定程度上影响人们的生理机能和心理活动。如江南地区地势低平，多湿热，故人体的腠理多疏松，体格多瘦削；西北地区地势高而多山，多燥寒，故人体的腠理多致密，体格偏壮实。生活在已经习惯的环境中，一旦易地而居，许多人初期都感到不太适应，但经过一定的时间，大多数人是能够逐渐适应的。
人是社会的人，社会环境同样会影响人的机能活动，关乎人体的健康与疾病。《内经》指出：“故贵脱势，虽不中邪，精神内伤，身必败亡。始富后贫，虽不伤邪，皮焦筋屈，痿为挛。”（《素问·疏五过论》）说明社会环境的剧烈变动对人的心身机能的巨大影响。《内经》强调人因社会经济、政治地位不同，在体质方面存在一定的差异，因此在疾病治疗时要因人而异。
总之，《内经》整体思维是一种有机论思维，它与西方的整体思维有所不同。《内经》强调人体的功能，把现实事物看成是一个自组织的有机系统，整体不可以还原为部分。西方的整体观是机械决定论的，它注重实体和元素，把现实事物看做是无数的细小部分组成的复合体，整体可以还原为部分。《内经》有机整体性思维具有西方精密的还原分析思维所不可及的视野，能够发现用分解方法所不能及的客体的一些属性和特点。但是，我们应当清醒地看到，中医学的整体思维虽然强调对人体、人与自然社会的整体性、统一性的认识，却缺乏对这一整体各个局部的细致、精确的认识，因而对整体性和统一性的认识也是不完备的。这种思维虽然缺少片面性，但它的不片面是建立在模糊直观的基础之上，中医理论整体观带有原始的、朴素的、直觉的、想象的成分。这是我们在把握中医学整体思维时应当注意的。《内经》整体思维与现代系统思维有相同之处但不能等同。《内经》整体思维是系统思维的原始形态，具备了系统思维的基本特征，在一定意义上两者是一脉相承的。但我们应该看到两者之间存在较大的不同之处。现代系统论作为严格意义上的科学方法论是二十世纪以来人类科学研究的成果，是在科学技术高度发展的基础上产生的。《内经》整体论与现代系统论并不在同一层次上，因此应积极吸取现代系统论的新思路、新方法，使中医学整体论跃上新的层次。
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