巴氏杀菌法是一种非常温和的加工方法，通常指将生奶加热到72℃至85℃，在规定时间内对牛奶进行消毒处理，目的是杀死能引起人类疾病的所有微生物，经过巴氏杀菌的产品必须是完全没有致病微生物的。由于其热处理条件温和，所以产品中的营养损失最少，是一种既能达到消毒目的又不损坏食品品质的方法，由法国微生物学家巴斯德发明并由此得名。这种杀菌方式生产的牛奶，优点是对牛奶营养物质破坏少，充分保持牛奶的鲜度，缺点是不能长期保存，保存时间不足10天。
台湾乳业协会理事长施宗雄说，低温杀菌的巴氏鲜奶，含有高于常温奶1800倍的乳铁蛋白，而乳铁蛋白能够保护我们的乳黏膜，把进到肠道系统的致病阿菌和有害菌抑制掉，婴儿奶粉里特别加的几样东西，其中就有乳铁蛋白。“乳铁蛋白是上天赐给我们的保护健康、提升免疫力的非常重要的成份，我们不能为保存而把它破坏掉（指方便保存，加工成常温奶。常温奶也被称为“罐头牛奶”），那简直就是暴殄天物。
巴氏奶的消毒温度只有72℃—85℃，这种温度可以保证消灭牛奶中可能含有的致病微生物，而不破坏乳球蛋白、维生素和大部分的活性酶。但超高温杀菌法的温度高达135℃，这种温度当然可以消灭所有的致病微生物，但同时也破坏了牛奶中原有的活性酶、乳球蛋白、钙和维生素。也就是说，巴氏消毒奶里仍保留一定的活性酶，更新鲜，而常温奶消毒后什么活性物质都不存在了，所以，巴氏奶更有营养、更新鲜。
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