无明显不适，仅是查体时发现盆腔有可疑内异症结节者可每3～6个月复查一次。接近绝经的患者可等待观察，绝经后疼痛症状将消失，异位病灶也会逐步萎缩甚至消失。年轻、疼痛不重、有生育要求者建议尽早怀孕，妊娠及哺乳期闭经对内异症具有抑制作用，可看作为异位症的自然疗法。
仍然是当今的主要治疗方法。主要适合于病情较重如卵巢有较大的巧克力囊肿、盆腔粘连严重、合并有子宫疾病如子宫肌瘤及子宫腺肌症者，或疼痛严重药物治疗无效者。手术方式有三种。
1. 保守性手术 只切除内膜异位病灶，保留卵巢和子宫，因而保留了生育功能。适用于年轻，想保存生育机能者。术后疼痛大多消失或明显减轻，约50-60%能怀孕。但疼痛复发率较高，需再做手术的可能性为10%左右。
2. 半根治性手术 切除异位病灶的同时切除子宫，保留部分卵巢，可根治痛经，术后较少复发。很少需要再次手术。但切除子宫即不能生育，所以适用于已生育、年龄在35岁以上、疼痛顽固或同时伴有子宫病变者。
3. 根治性手术 即切除双侧卵巢，同时常切除子宫。可根治子宫内膜异位症。适用于年龄较大而且不想再生孩子的妇女。
国内外研究表明，腹腔镜手术是治疗异位症最好的方法。近年来，国内外广泛开展腹腔镜手术治疗子宫内膜异位症。开腹手术能做的腹腔镜手术几乎都能完成。巧克力囊肿虽常有一些粘连，很适合腹腔镜手术剥离（见下方示意图）和止血。因为巧克力囊肿粘连而害怕腹腔镜手术，一般是手术医生技术尚不够熟练和经验不足的表现，在这种情况下不要贸然去试着手术，因为容易出现手术并发症比如出血、感染和损伤周围脏器等。腹腔镜手术具有创伤小、恢复快和术后盆腔粘连少等优点，术后疼痛缓解率及妊娠率可达到开腹手术的效果，深受患者好评。
当然，手术治疗也有不足之处，比如手术有风险、有并发症；手术切除的是明显的看得见的异位病灶，微小的看不到的病灶自然切不掉；手术不能防止异位症复发；手术还可能增加盆腔粘连（主要指开腹手术），影响怀孕。
