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用MS进行石墨烯建模导入VASP07

 day_day__UP 2015-01-29

用materialstudio构建石墨烯模型;弄了好久,终于会构建石墨烯模型了,看了好多帖子,;1、打开materialstudio,新建一个工;2、build->makep1(目的是消除;3、删除一层原子(选中原子->delete;;5、构建supercell(方便掺杂,也为了好看;6、cleavesurface(为了能够添加真空;7、添加20

用material studio构建石墨烯模型

弄了好久,终于会构建石墨烯模型了,看了好多帖子,觉得都写的不是很详细,对于新手来说,有些困难,所以特发此贴。越简单的问题越容易被人忽略~

1、打开material studio,新建一个工程,导入石墨graphite.msi(也可以自己build,然后添加原子)。

2、build->make p1(目的是消除对称性,这样才能够删除一层原子)。

3、删除一层原子(选中原子->delete)。

。。。4、修改晶格参数:build->crystal->rebuild crystal,设置方位角α=90,β=90,γ=60

5、构建supercell(方便掺杂,也为了好看):build->symetry->supercell,构建一个5x5x1的超原胞。

6、cleave surface(为了能够添加真空层):build->surface->cleave surface,(h,k,l)改为(0,0,-1)

7、添加20埃真空层(添加真空层是为了减小层与层之间的影响,至少20埃,大点没关系,最多是计算时时间长一点):build->srystal->build vacuum。

构建好后,模型如下:

接下来,在export导出*.p的文件,就可以用于vasp计算了。

最近为了在VASP中弛豫石墨烯,要在在MS中建立石墨烯模型,总结了一下步骤,仅供参考:

1、打开material studio,新建一个工程,import石墨graphite.msi,在structure/ceramic中

2、build->make p1(目的是消除对称性,这样才能够删除一层原子)。

3、删除一层原子(选中原子->delete),并移动剩下的原子到中间。

4、构建supercell(方便掺杂,也为了好看):build->symetry->supercell,构建一个6*6*1的超原胞,这样建立的超胞模型是扶手型。

要建立锯齿状的,在建立supercell之前,build>symmetry>find symmetry,然后impose symmetry,此时只显示两个原子,然后建立supercell,6*6*1

(如果需要supercell是斜六面体,这样就可以了,如果需要矩形,继续下一步)

5、修改晶格参数:build->crystal->rebuild crystal,设置方位角和length。由斜六面体改为矩形首先改方位角,如果只改方位角,会发现周期性边界变化,

所以还要修改length,修改以后变成矩形。我的是6*6*1,a:12.78,b:12.2999

6、下面就是需要导出到VASP中

点击castep计算energy,保存file,到相应文件夹下找到graphite (66-cub).cell文件,此文件为隐含文件,打开,把相应的lattice parameter和坐标拷到POSCAR,就搞定了。

一、

1 先导入石墨(陶瓷文件里有),然后build---surface cleave,此时注意hkl的选取以及uv的方向的选取;然后点击确定即可。

2加真空层的厚度,在BUILD--CRYSTAL 有vacumm选项,注意厚度的选择,一般大于15, 3然后做超胞即可,superwell选项

二、

导入graphite (in the file of structure-ceramics ),

然后build -Symmetry-make P1.

然后切掉中间一层。然后切掉其中一层,将剩下的一层移到c轴中间附近。

bulid-Symmetry-find symmetry-impose symmetry。 这样就得到了 honeycomb lattice primitive cell。

如果需要大片结构,可以用bulid - symmetry - Surpercell 来构建。。。得到菱形格子。 如果需要正交格子,将primitive cell 通过supercell 2*2 然后,然后留下立方格子的4个原子,其他切掉。重新构建晶格,build-rebuild 晶格参数,a=4.26, b=2.46 ,c=15。(通过几何换算得出,或者又构型量出) 角度全为90度。如果需要更大体系,同菱形,用supercell创建

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用material studio构建石墨烯模型

弄了好久,终于会构建石墨烯模型了,看了好多帖子,觉得都写的不是很详细,对于新手来说,有些困难,所以特发此贴。越简单的问题越容易被人忽略~

1、打开material studio,新建一个工程,导入石墨graphite.msi(也可以自己build,然后添加原子)。

2、build->make p1(目的是消除对称性,这样才能够删除一层原子)。

3、删除一层原子(选中原子->delete)。

。。。4、修改晶格参数:build->crystal->rebuild crystal,设置方位角α=90,β=90,γ=60

5、构建supercell(方便掺杂,也为了好看):build->symetry->supercell,构建一个5x5x1的超原胞。

6、cleave surface(为了能够添加真空层):build->surface->cleave surface,(h,k,l)改为(0,0,-1)

7、添加20埃真空层(添加真空层是为了减小层与层之间的影响,至少20埃,大点没关系,最多是计算时时间长一点):build->srystal->build vacuum。

构建好后,模型如下:

接下来,在export导出*.p的文件,就可以用于vasp计算了。

最近为了在VASP中弛豫石墨烯,要在在MS中建立石墨烯模型,总结了一下步骤,仅供参考:

1、打开material studio,新建一个工程,import石墨graphite.msi,在structure/ceramic中

2、build->make p1(目的是消除对称性,这样才能够删除一层原子)。

3、删除一层原子(选中原子->delete),并移动剩下的原子到中间。

4、构建supercell(方便掺杂,也为了好看):build->symetry->supercell,构建一个6*6*1的超原胞,这样建立的超胞模型是扶手型。

要建立锯齿状的,在建立supercell之前,build>symmetry>find symmetry,然后impose symmetry,此时只显示两个原子,然后建立supercell,6*6*1

(如果需要supercell是斜六面体,这样就可以了,如果需要矩形,继续下一步)

5、修改晶格参数:build->crystal->rebuild crystal,设置方位角和length。由斜六面体改为矩形首先改方位角,如果只改方位角,会发现周期性边界变化,

所以还要修改length,修改以后变成矩形。我的是6*6*1,a:12.78,b:12.2999

6、下面就是需要导出到VASP中

点击castep计算energy,保存file,到相应文件夹下找到graphite (66-cub).cell文件,此文件为隐含文件,打开,把相应的lattice parameter和坐标拷到POSCAR,就搞定了。

一、

1 先导入石墨(陶瓷文件里有),然后build---surface cleave,此时注意hkl的选取以及uv的方向的选取;然后点击确定即可。

2加真空层的厚度,在BUILD--CRYSTAL 有vacumm选项,注意厚度的选择,一般大于15, 3然后做超胞即可,superwell选项

二、

导入graphite (in the file of structure-ceramics ),

然后build -Symmetry-make P1.

然后切掉中间一层。然后切掉其中一层,将剩下的一层移到c轴中间附近。

bulid-Symmetry-find symmetry-impose symmetry。 这样就得到了 honeycomb lattice primitive cell。

如果需要大片结构,可以用bulid - symmetry - Surpercell 来构建。。。得到菱形格子。 如果需要正交格子,将primitive cell 通过supercell 2*2 然后,然后留下立方格子的4个原子,其他切掉。重新构建晶格,build-rebuild 晶格参数,a=4.26, b=2.46 ,c=15。(通过几何换算得出,或者又构型量出) 角度全为90度。如果需要更大体系,同菱形,用supercell创建

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