根据土地增值税相关税法规定，纳税人在转让销售不动产时，按照纳税人转让房地产所取得的增值额和规定的税率计算征收土地增值税。而计算增值额时，是以纳税人转让房地产所取得的收入减税法规定扣除项目金额后的余额为增值额。因此，确定扣除项目就是准确计算增值额的关键。《土地增值税暂行条例》第六条规定，计算增值额的扣除项目包括以下五项：取得土地使用权所支付的金额；开发土地的成本、费用；新建房及配套设施的成本、费用，或者旧房及建筑物的评估价格；与转让房地产有关的税金；财政部规定的其他扣除项目。分析上述五项扣除项目，前四项是纳税人实际发生并有准确数字的，但财政部规定的其他扣除项目却不是企业实际发生的项目，而是计算土地增值税中的一项特殊加计扣除项目。《土地增值税暂行条例实施细则》第七条第六款规定，该扣除项目为“根据条例第六条（五）项规定，对从事房地产开发的纳税人可按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和，加计20%的扣除”，即“取得土地使用权所支付的金额”和“开发土地的成本、费用”之和的20%。
但上述加计扣除项目，并不是所有的房地产转让销售在计算土地增值税时都可以加计扣除的，只有符合一定的条件才可以享受。一是必须是从事房地产开发的纳税人，也就是具有开发资质的企业；二是必须实际从事了房地产开发业务，对只从事房地产二手转让的企业，不得减除加计扣除项目。
根据国家税务总局《关于印发〈土地增值税宣传提纲〉的通知》（国税函发[1995]110号）规定，在具体计算增值额时，要区分以下几种情况进行处理：
第一，对取得土地或房地产使用权后，未进行开发即转让的，计算其增值额时，只允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、缴纳的有关费用，以及在转让环节缴纳的税金。这样规定的目的主要是抑制“炒”买“炒”卖地皮的行为。显然，这种情况没有规定加计扣除项目。
第二，对取得土地使用权后投入资金，将生地变为熟地转让的，计算其增值额时，允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、缴纳的有关费用、开发土地所需成本再加计开发成本的20%以及在转让环节缴纳的税金。这样规定，是鼓励投资者将更多的资金投向房地产开发。需要纳税人注意的是，这种情况虽然可以加计扣除，但在计算转让土地使用权加计扣除项目时，仅是对开发成本加计扣除，对土地成本价款不加计扣除。
第三，对取得土地使用权后进行房地产开发建造的，在计算其增值额时，允许扣除取得土地使用权时支付的地价款和有关费用、开发土地和新建房及配套设施的成本和规定的费用、转让房地产有关的税金，并允许加计20%的扣除。这可以使从事房地产开发的纳税人有一个基本的投资回报，以调动其从事正常房地产开发的积极性。需要纳税人注意的是，在计算开发建造房屋转让销售的加计扣除项目时，不仅允许对开发成本加计扣除，对土地成本价款也允许加计扣除。
第四，转让旧房及建筑物的，在计算其增值额时，允许扣除由税务机关参照评估价格确定的扣除项目金额（即房屋及建筑物的重置成本价乘以成新度折扣率后的价值），以及在转让时缴纳的有关税金。这主要考虑到如果按原成本价作为扣除项目金额，不尽合理。而采用评估的重置成本价能够相对消除通货膨胀因素的影响，比较合理。从中也可以看出，这种转让旧房的情况也不允许加计扣除。
此外，对于转让旧房及建筑物的，如果能够取得购置发票，还可以采用另外一种计算土地增值税的方法。财政部、国家税务总局《关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）第二条规定，纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《条例》第六条第（一）项、第（三）项规定的扣除项目的金额（即土地价和房屋建筑物评估价），可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除，但不作为加计5%的基数。对于转让旧房及建筑物，既没有评估价格，又不能提供购房发票的，地方税务机关可以根据《税收征管法》第三十五条的规定，实行核定征收。
