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1.政策滞后
国家对农业科技园区建设缺乏统一的宏观指导，政策滞后于发展。目前，我国农业科技园区建设基本处于自由发展，多部门介入的阶段。各部门积极性虽然得到发挥，但却出现了缺乏统一的宏观管理和政策引导的现象。使得一些地方出现盲目发展，一哄而上，规划布局不合理，重复建设等问题。不仅造成建设资金的大量浪费，而且影响农业资源区域优势的发挥。
2.产业链条短
基本上是以传统农业为主，产业综合效益没有发挥出来。要想使农业产业园区发展良好，效益高，一定要形成完备的产业链。从种植到加工，再到渠道和品牌，企业必须能够实现完全的控制，这样才能保证自己产品的安全，也才能实现品牌的持续增值。与食品安全相关的现代农业企业一定要拥有自己独立的产品源头，并对源头拥有绝对的控制权，产、供、销一体化，增加抵御风险的能力。
3.缺乏特色
部分园区内建设和示范内容过多，重点不突出，没有自身特色。这样的形式导致园区间内容重复，建设内容分散，使有限的资金得不到充分发挥，园区的示范、推广等作用也没有表现出来。例如，湖北省黄冈市15个农业科技园区中，以经营大棚蔬菜为主的园区占8个，而且大棚蔬菜品种也基本趋同。现代农业产业园的发展一定要结合当地实际情况，不能盲目上马。缺乏特色、与当地经济发展水平不相适应、与区域资源不匹配的农业产业园均难以有持久的生产力。农业产业园项目的前期规划、定位、核心发展目标十分重要。
发展农业产业园，是现代农业发展的大势所趋。而要将其建设好，就要注意避免这些问题的发生。农业产业园建设好了会为农业经济的发展增加助力，没有建设好也只能是资金和资源的浪费而已。所以投资商和建设者一定要注意对农业产业园本质的把握，避免不恰当操作对自身的经济财产造成损失。
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