# 做一个logistic回归,生成概率预测值
model1 <- glm(y~., data=newdata, family='binomial')
pre <- predict(model1,type='response')
# 将预测概率prob和实际结果y放在一个数据框中
data <- data.frame(prob=pre,obs=newdata$y)
# 按预测概率从低到高排序
data <- data[order(data$prob),]
n <- nrow(data)
tpr <- fpr <- rep(0,n)
# 根据不同的临界值threshold来计算TPR和FPR,之后绘制成图
for (i in 1:n) {
threshold <- data$prob[i]
tp <- sum(data$prob > threshold & data$obs == 1)
fp <- sum(data$prob > threshold & data$obs == 0)
tn <- sum(data$prob < threshold & data$obs == 0)
fn <- sum(data$prob < threshold & data$obs == 1)
tpr[i] <- tp/(tp+fn) # 真正率
fpr[i] <- fp/(tn+fp) # 假正率
}
plot(fpr,tpr,type='l')
abline(a=0,b=1)
R中也有专门用来绘制ROC曲线的包,例如常见的ROCR包,它不仅可以用来画图,还能计算ROC曲线下面积AUC,以评价分类器的综合性能,该数值取0-1之间,越大越好。
library(ROCR)
pred <- prediction(pre,newdata$y)
performance(pred,'auc')@y.values #AUC值
perf <- performance(pred,'tpr','fpr')
plot(perf)
ROCR包画图函数功能比较单一,笔者比较偏好使用功能更强大的pROC包。它可以方便比较两个分类器,还能自动标注出最优的临界点,图看起来也比较漂亮。
library(pROC)
modelroc <- roc(newdata$y,pre)
plot(modelroc, print.auc=TRUE, auc.polygon=TRUE, grid=c(0.1, 0.2),
grid.col=c("green", "red"), max.auc.polygon=TRUE,
auc.polygon.col="skyblue", print.thres=TRUE)