分享

【超简明系列】医学检索入门及检索策略

 廋廋的胖胖 2015-04-28

欢迎关注“实习医学生”微信公众平台!


医学信息检索知识点梳理


目录

1.绪论

2.中文数据库检索

3.PubMed检索

4.Web of Science检索

5.NoteExpress文件管理软件

6.学位论文检索

7.电子书检索

8.google网络搜索

9.检索策略


绪论

1.检索基本思路:(例:2010年甲流发病率)

①准确了解背景知识(甲流,甲型h1n1,权威机构,权威作者)

②挖掘隐含的信息线索(卫生部,统计数据)

③切分为多个词语输入(2010 h1n1 发病率)

④选用核心词,省略不重要的词(甲型)

2.文献类型:

①图书:教科书、工具书、专著

②连续出版物:期刊、报纸

③特种文献:标准规范、会议文献、产品资料、专利文献、科技报告、学位论文

【会议文献(conference、proceeding):比期刊信息更新,但全文较难获取】

【学位论文 (dissertation ):篇幅长、论述循序渐进,实验方法表达详尽

3.不同文献类型的用途:

①概念、定义、背景知识查找:百科全书、词典、辞海、专著

②事件、数值查找:年鉴、报纸、统计资料等数值数据库

③课题研究内容:期刊、会议文献、学位论文、科技报告

④技术研发、申请专利:专利文献、成果数据库

4.文献的加工深度:

①一次文献(原始文献)

②二次文献 (目录类文献、索引)

③三次文献(教科书、参考工具书、综述)

④零次文献(私人笔记、试验记录、设计草图、口头交流的信息等)

5.违规行为:

①超过正常阅读速度,连续、系统、批量地进行下载。比如在一小时内下载超过百篇以上的全文文献、对某本期刊整本或整期下载。

②使用软件、工具批量下载电子资源,如“网络蚂蚁”或“Flashget”之类网络机器人软件。

6.查准与查全:

①了解某一理论、方法、设备、过程等具体的片断的信息,以解决研究中的具体问题,要求以“准”为主

②申请发明、申报成果奖励、鉴定科研成果以及立项查新时,往往需要全面地收集某一主题范围的文献信息,这类课题具有普查追溯的特点,应着眼于“全”

7.常用英文数据库:

①PubMed(北美期刊为主,文摘, 全)

②Web of Science 核心合集(文摘,精)

③Embase (欧洲期刊)

8.常用中文数据库:

①中国学术期刊网络出版总库(即中国知网)(全文)

②万方数据—期刊、会议、学位论文等(全文)

③中文科技期刊数据库(维普,全文)

④中国生物医学文献数据库(即CBM)(文摘)

⑤超星电子书(全文)

⑥西医图书数据库(人民卫生出版社)

9.检索途径:

检索途径

检索标识(检索词)

备注

分类检索

分类名、分类号

当“主题词”无法覆盖要查的内容(比如一个疾病还有很多细分类时),可进行“中图分类号”检索、分类检索

主题检索

关键词、自由词、规范词

某些数据库(如中国生物医学文献数据库CBM)把关键词里的词统一成主题词(肾功能不全、肾衰、肾功能衰竭),用“主题搜索”,下面有“树形结构”

中文:CBM的主题检索

英文:PubMed的MeSH词表

著者检索

著者姓名

PubMed中有著者格式转换,“姓 名首字母”

刊名检索

刊名缩写与全称

有的英文数据库对刊名的书写格式进行了规范化处理,例:N Engl J Med(PubMed)

机构检索

机构名称缩写与全称

有的英文数据库对机构的书写格式进行了规范化处理,例:Fudan Univ(Web of Science)。Web of Science Core Collection上选“地址”要有规范名称,“机构扩展”则可以搜全称

引文检索

被引用文献的检索标识

参考文献回溯的文献“越查越老”,通过引文检索,可以用老文献回查,谁引用了它。是Web of Science Core Collection发明的,并发明了SCI。中国知网也可以

推荐:分类搜索+检索词

10.逻辑算符:

①逻辑算符(布尔算符):与(交集)、或(并集)、非

【运算次序:一般为:not →and →or】

【在一个检索式中同时出现and, or时,如果要先算or的部分,应把or的部分输在前面,或输在一个检索框内。如果在专家检索中输入检索式,应用括号括起or的部分】

②精确匹配符(短语匹配):“”

③位置算符(邻近算符):用于限定检索词之间的间隔单词数,有adj, near, N, W等

【tongue w/2 base表示两个检索词中间最多允许插2个词,词序可互换】

④字段限定符

⑤截词符与通配符:

*词尾,替代0个或任意多个字符

, $,#等用于词中、词尾,一个通配符替代一个或0个字符

11.寻找中外文核心期刊:

①科技部中国科技期刊引证报告:http://coreej./,查询中文期刊影响因子、收藏图书馆

②北大中文核心期刊要目总览:http://coreej./,查询“核心期刊”、本专业重要期刊

③外文:JCR,在“Web of Science”的左上角

中文数据库

1.检索策略:

核心概念舌根肿瘤限定篇名(以确保查准)

次要检索词治疗可限主题或文摘

例:舌根肿瘤的治疗——中国知网

“舌根肿瘤”限定在篇名,而“治疗”限定在主题、文摘

使用“模糊查询”以查全同义词

“舌根肿瘤”可同义为舌根癌、舌根瘤,“治疗”可同义为手术、切除、疗法

还有“结果中检索”

因此可先检索“舌根肿瘤”,再检索“治疗”

“分类检索”结合“主题检索”

2.中国知网搜索后:

①可分组浏览,确定核心著者群

②导出题录:选择文献,点击导出

③选中文献,点击阅读,批量预览全文

④查看检索式

⑤分析→文献互引图

3.CBM

①运算次序:NOT>AND>OR

②每个框只能输入单个检索词,不允许输入逻辑算符,多个字段组配需分步发送到检索框

③主题词表来自中国中医研究院图书情报研究所新版《中医药学主题词表》

【可通过CBM查询规范的英文主题词名,再去PubMed上面查】

④主题词检索的功能:

将非主题词引见到主题词形式

提供主题词的定义、注释

显示主题词之间的族性关系(上位词、下位词、同位词)

主题索引中提供中、英文两种形式

带*的主题词是重点论述的内容

⑤副主题词:限定规范主题词某一方面研究内容的规范词,例:

诊断:诊断,放射摄影术,放射性核素成像,超声诊断等

治疗: 治疗,药物治疗,放射治疗,外科学,膳食疗法,康复,中医治疗等

病因: 病因学, 病理学, 化学诱导,中医病机等

⑥人工标引速度慢,最新论文未标规范主题词;新词、一些很专指的概念没有对应的主题词

(如舌根癌),因此CBM查文献应同时使用自由词检索以防漏检

先用“主题检索”搜索,再用自由词检索

最后合并两次搜索结果(组合检索式:(#1 or #2))

⑦加权检索:相关性更强

扩展检索:含这个主题词的“下位词”(更细分类)。若不扩展,就排除了这个主题词的下位词里的内容,只剩归不进下位词的内容

4.维普:

每个框均可输入检索式*、+、-

5.三个中文数据库比较:


中华医学刊

生物医学期刊种数

高级检索框输入

其他特点

CNKI

2007年截止

1175

不可输入逻辑符

结果分组;相关词提示;结果中搜索

万方

最新刊全部收录

1188

可输入逻辑符

高频词;相关词

维普

2007年截止

2083

可输入*,+-

有同义词、同名作者等相关提示;

在结果中搜索、添加、去除

CBM

收录最新题录全文2007年截止

1800

选取逻辑符,分步送入检索框,智能检索

翻译中文规范词确定分类号

获取编辑部信息

选择作者机构

结果聚类

5.中文综述检索:

搜“综述”“概述”“进展”“现状”“展望”“回顾”

综述可短时间内了解研究的最新动态、研究分支、确定选题方向、提高研究起点

【英文综述直接在结果中选择Review即可】

PubMed

1.特点:提供检索词智能转换匹配,仅含期刊文献,不含学位论文

2.不同标引的含义:

①[PubMed-indexedfor MEDLINE]:来自MEDLINE,有MeSH字段和摘要的已标引数据

②[PubMed-OLDMEDLINEfor Pre1966]:来自MEDLINE,无MeSH字段和摘要的1949-1965年间的数据

③[PubMed-inprocess]:来自MEDLINE,尚未经MeSH字段标引的处理中数据

④[PubMed-assupplied by publisher]:非MEDLINE,无MeSH字段标引,直接由出版商提供

⑤[PubMed]:非MEDLINE,无MeSH字段标引

3.检索规则:

①每个框可输入多个检索词,运算符必须大写

②系统默认空格为AND检索,但有字段限定时不拆分

③著者检索[au]:姓全称在前,名首字母在后

④刊名检索[so]:全称或标准缩写

⑤查文章作者全名:[FAU]

⑥PubMed可智能转换匹配,具体匹配语句详见右侧下方的Search Detail

例:livercancer →'liver neoplasms'[MeSH Terms] OR ('liver'[AllFields] AND 'neoplasms'[All Fields]) OR 'liverneoplasms'[All Fields] OR ('liver'[All Fields] AND'cancer'[All Fields]) OR 'liver cancer'[All Fields]

⑦左侧可进一步在结果中筛选

Article types

文献类型

Text availability

全文、免费全文、摘要

Publication dates

出版日期

Species

研究对象人/动物

Languages

语种

Sex

性别

Subjects

各主题领域

Journal categories

各种专题子数据库

Ages

年龄

Search fields

字段

⑧凡是标题带[]的,就不是英文文献!下面会告诉语种

⑨检索历史中显示历次检索式、时间和检出篇数。可组配检索式,如:#1 OR #2,#1 AND child

4.字段含义说明

字段名称

字段标积

字段含义

Affiliation

[AD]

第一著者单位、地址

All Fields

[ALL]

所有字段

Author

[AU]

著者

Corporate Author

[CN]

团体著者

First Author Name

[1AU]

第一著者

Full Author Name

[FAU]

著者全名

Issue

[IP]

期刊期号

Journal

[TA]

期刊名称(含全称、缩写、ISSN号)

Language

[LA]

语种

Last Author

[LASTAU]

排名最后的著者

MeSH Major Topic

[MAJR]

主要MeSH主题词,用*表示

MeSH Subheadings

[SH]

MeSH副主题词

MeSH Terms

[MH]

MeSH主题词

Other Term

[OT]

款目词(非MeSH主题词)

Pagination

[PG]

文献起止页码

Personal Name as Subject

[PS]

作为文献主题的人名

Pharmacological Action

[PA]

药理作用概念

Place of Publication

[PL]

期刊出版国别

Publication Date

[DP]

出版日期

Publication Type

[PT]

文献类型

Subset

[SB]

数据子集

Text Words

[TW]

文本词,来自TI、AB、MH、SH、PT等字段

Title

[TI]

题名

Title/Abstract

[TIAB]

题名/摘要

UID

[PMID]

PubMed文献唯一识别码

Volume

[VI]

期刊卷号

5.MeSH词表查规范词

选“MeSH”数据库,而不是“PubMed”

例:在“MeSH”里查“liver cancer”,点进去,出现“上位词”“下位词”“款目词(不规范词)”

主题词检索后应补查最新一年的未整理主题词的文献,再用检索历史合并检索结果

查找杂志规范名:选“NLMcatalog”数据库,而不是“PubMed”

6.检索结果导出:

Send to→MEDLINE→txt【导出后可直接导入题录到NoteExpress】

Send to→summary→csv【导出后可用excel打开,然后复制标题到谷歌翻译,快速浏览搜索结果】

7.PMC (PubMed Central)

生命科学免费期刊资源中心

免费提供900多种期刊的10多万篇全文

其中部分文献被PubMed涵盖

8.分析PubMed结果:

德国网站GoPubMed:www.goPubMed.com

可提供时间、国家、城市、刊物分析

Web of Science

1.检索范围:期刊、技术专利、会议录、化学反应、Internet资源、文献分析工具,不含学术论文

“更多设置”:勾选第一个、第四个即可,其他的与医学无关

2.其他功能:(页面最上方)

①JournalCitation Reports(JCR)(期刊引用报告数据库):与科学计量学工具结合,有分析功能

②EssentialScience Indicators(基本科学指标数据库):提供了对科学家、机构、国家/地区和期刊进行排序的数据;依据期刊文章出版数量和引文数据,探索科学绩效统计和科学趋向数据;确定特定研究领域的研究成果和影响;评估潜在的雇员、合作者、评审人和同行

③InCites(基于引文的综合性科研评估工具):评估数据来源于高质量的Web of Science引文数据库各学科领域30年的数据;从宏观的国家、机构、领域分析到微观的每篇论文、每个科研人员的绩效评估

3.检索方式:-

4.检索规则:

①在检索框中输入检索词(关键词、著者姓名、刊名等)。词组检索可使用双引号

②支持AND、OR、NOT的逻辑组配,同时使用时遵循NOT>AND>OR的运算顺序

③提供NEAR/X位置算符,表示由该运算符连接的检索词之间相隔指定数量的单词 (X为最大单词数);提供SAME位置算符,表示检索词出现在同一个地址中

④著者检索输入格式为:SmithJP

⑤通配符:可用于词前、词中或词尾,* 替代多个字符; ?替代1个字符;$替代0个或1个字符

⑥检索后再左侧“精炼检索结果”,可继续选择(类似PubMed左边,但可选性更高

⑦获取全文:“出版商处的全文”、“S-F-X”(校园网可获得的)

⑧左下角“分析检索结果”

⑨CitedReferences越查越旧,Times Cited越查越新,RelatedRecords越查越深

5.检索字段选择:

①主题——包括标题、摘要、关键词字段TS=Topic

②标题TI=Title

③作者——作者、书籍作者、书籍团体作者、团体作者AU=Author

④团体作者——机构作者、书籍团体作者GP=Group Author

⑤出版物名称——期刊标题、书籍标题、丛书标题等SO=Source

⑥出版年PY

⑦著者所在机构地址(缩写)AD=Address;SA=Street Address;CI=City;PS=Province/State;CU=Country

⑧原文语种

⑨文献类型

⑩会议——会议标题、会议地点、会议日期、会议发起人

例:TI=(constipation) AND TS=(microflora ORmicrobiota OR microbiome) AND PY=(2013-2013)

6.检索结果导出:

①把搜索结果“保存至Endnote”,会保存为一个ciw格式的文件

②NoteExpress导入题录,当前过滤器选“Web of Science”,文件格式不支持?选“任意文件”。这样就可以导入了

7.影响因子:

影响因子=该刊前两年发表论文在当年被引用的总次数÷某刊前两年发表的论文总数

NoteExpress

1.文献管理软件:

①NoteExpress:快速收集、有序存储、建立可检索的个人文献库;题录关联全文,随读随记;多角度归类、分析、筛选文献;随写随引,自动调整格式顺序

②EndNote:只有网络版,全文不能附在题录后,无法进行笔记管理,不能添加标签

③医学文献王

2.下载地址:

http://www.library.fudan.edu.cn→常用数据库→

http://www.library.fudan.edu.cn/main/info/3242.htm(选教育网镜像比较快)

3.使用方法:

①文件→新建数据库→“题录”右键→添加文件夹

·题录:文献的篇名、作者、关键词等简要信息

·笔记:用户对每篇文献所作的摘记,感想等

·检索:用户所有的检索指令

·组织:文献按作者、机构、关键词等建立索引

题录的导入

·批量导入题录:先在数据库中检索(如中国知网/PubMed)→(把所有的文章全选/一个一个选)→导出/Send to→以NoteExpress/Medline的格式保存

·在浏览器中检索:包括CNKI,维普,ProQuest,PubMed,SciDirect(Elsevier),springer等数据库→点击Ne标签来添加到题录【缺点:浏览器中没有Ne标签的文章不能导入】

·在线检索:先显示50条,逐渐再扩展,适合单篇文献查找,不适合大批量

·手工录入:新建题录的关键词、作者等如果不止一个,用回车键分隔


题录保存格式

过滤器

CNKI,万方,维普

NoteExpress

NoteExpress

CBM

文摘或详细格式

CBM

PubMed

Medline格式

PubMed

Web of Science

其他参考文献格式

Web of Science CCC(RIS)

OVID: EBM, Medline

.txt 格式

Medline OVID

③题录与全文或其他文件关联:

·待关联题录右键→添加附件

·导入全文→待关联题录右键→在线更新→自动更新→选择在线数据库→查找更新→应用更新

·导入全文之后,软件会自动抽取标题(文件名乱七八糟都无所谓),但非pdf的文件(如中国知网的caj)需要手动把文件名改成文章标题

④下载全文:待下载题录右键→下载全文→选择全文数据库

⑤题录可标注“优先级”、设置标签、移动复制到其他文件夹(自动关联,统一修改)、查重(检索→查找重复题录)、多角度归类(左边“组织”里查找)、统计分析(文件夹右键→文件夹信息统计)

⑥表头的修改:鼠标至表头处右键→自定义,可调整表头内容、顺序

⑦笔记:可关联多个题录,一个题录可有多个笔记

⑧插入网页信息:在IE浏览器里面,右键→add URL to NoteExpress(先安装IE插件)

4.随写随引:

安装word插件:在NE中点“工具”→选项→扩展

①Word自动集成进去,点击“插入笔记”把笔记内容插入(不如复制再粘贴方便)

②点击“插入引文”或“检索”的方式生成引文

③“格式化”变成想要的格式,如GBT_7714-2005,也可以按杂志社的要求自定义样式(工具→样式→样式管理器→双击“编辑选中的样式”→左边“题录-模板”可修改字体斜体等)

④插入脚注:样式编辑器中点击左边“注释”→右边“生成注释列表”

⑤文章或题录改动后,点“同步”来更新

⑥“去除格式化”要点“清除域代码”,这样可以去除参考文献与引文的关联,但不能再同步

学位论文检索

1.ProQuestDissertations & Theses(PQDT)

①美国ProQuest公司出版的欧美博硕士学位论文库,收录欧美1000余所大学的160多万篇学位论文,是目前广泛使用的学位论文数据库

②收录年代长,从1861年开始;更新快,每周更新;

③1997年以来的部分论文不但能看到文摘索引信息,还可以看到前24页的论文原文

④国内三个镜像站有全文(北大、交大、中信所)

⑤http://search./dissertations/index?accountid=10025

2.检索规则:

①逻辑算符:and (与)、or (或)、 not(非)

②截词符:? 替代一个字符,* 替代任意个字符

③词组短语:“”精确匹配

④字段限定的格式:字段代码(检索词)例: ti(nanocarrier)

AB(文摘) ADV(导师) AU(作者)

DG(授予学位) LA(语种) TI(标题)

SCH(学校) SU(主题) YR(年份)

3.检索结果导出:

导出为RIS格式,保存,在NoteExpress中导入题录时,选择RefMan(RIS)过滤器

4.中国大学学术论文:可通过万方或中国知网查找

电子书检索

1.常用数据库:

①读秀知识库

②超星数字图书馆

③CALIS中国高校教学参考书全文数据库

④方正阿帕比电子图书

⑤方正阿帕比工具书库

⑥MyiLibrary 电子书

⑦EBSCOe-book 电子书

⑧Springerlink电子书

⑨OVID电子书

2.可检索内容:

①寻找课题专业相关的图书:图书搜索(主题词,书名,分类浏览)

②寻找某本特定的图书:图书搜索(书名,作者)

③寻找原理、技术细节、方法等知识:图书搜索:目次(章节名)、全部字段搜索

④寻找概念定义、具体事件等知识点:知识搜索(全文)

Google搜索

1.检索规则:

①必须检索:无需and,两词间空格默认and匹配

②或者检索:OR必须大写

③排除检索:用-表示,但减号前必须留一空格

④短语检索:“”精确匹配

⑤对大小写不敏感

⑥检索位置限定:

·标题:allintitle

·网址:allinurl

·内文:allintext

·链接:allinanchor

例1:allinurl:nih搜索网址内含单词nih的网页

例2:查找2010年我国卫生部发布有关甲流的发病数,仅在moh.gov.cn(中华人民共和国卫生部网站)中搜索)

⑦文件类型限定:filetype:文件名后缀

支持13种非HTML文件的搜索:pdf,doc,rtf,ppt,xls,swf,ps等

例:'nanocircuits' evaluation filetype:pdf

⑧禁用词:最常用的字符以及数字和单个字母等高频词,在检索时系统自动忽略不作检索。如果必须检索禁用词时可用“”,包括:of,is,by,i,的,为,http,.com,3等

例:“worldwari”

⑨高级检索:搜索框旁边的▽

优点:网页全文搜索,对于细小、专指度高的,文献较少的知识点查找较有效(指标、参数、表格等)

2.网站与网页:

①网页:浏览器显示的一个页面

②网站:一个机构/个人在网上提供浏览或服务的站点,一个网站包括多个页面/网页

搜索某一网站的内容:site:……

例:2010 甲型h1n1流感 发病数 site:moh.gov.cn

3.查找本专业网站:

①查找类似网站(Google)

例:查找与美国国立卫生研究院类似的网站,输入related:www.nih.gov

②查找链接网站(Google)

例:查找含美国国立卫生研究院链接的网站,输入link:www.nih.gov

③查找相关网站(ODP目录查询):www.dmoz.com

4.搜索引擎与目录网站的比较:

①搜索引擎:目标明确、主题较狭窄、知识点、事实数据、文献、新闻等网页查找

②分类目录检索:目标模糊、主题较宽泛、查某专业重要网站

5.免费电子期刊查询:

①Free Medical Journals http://www.

②Directory of Open Access Journals http://www.

③HighWire Press http://www.

④学术机构网站

例:美国微生物协会(ASM http://www.),提供12种协会免费电子期刊浏览

检索策略

1.查准与查全:

①查准适用范围:了解某一理论、方法、设备、过程等具体的片断信息,以解决研究中的具体问题

②查准率:检出相关文献数量÷检出文献总数,可计算

③查全适用范围:立项查新、撰写综述、申请发明、申报成果以及鉴定科研成果时,需要全面地收集某主题范围的文献以鉴定其新颖性,具有普查追溯的特点

④查全率:检出相关文献数量÷数据库中全部相关文献数,检索者难以计算


2.提高查准率的方法:

①仅在数据库的某个或某几个子集中检索

②将检索词限定到标题、关键词字段

③变and为邻近算符:near, adj…,或副主题词

例:asthma and therapy 改为asthmaadj9 therapy (OVID)、asthma/therapy (PubMed)

④使用精确运算符' ',精确匹配

⑤限定主要主题词:加权(CBM)/restrictto major subject headings(PubMed)


3.提高查全率的方法:

①通过涵盖词形变化:

·查全单词的不同拼写方式,例:fibre OR fiber

·查全缩写与全称,例:MRI OR Magnetic Resonance Imaging

·使用截词符,例:transplant*

·查全错别字,例:肾综合征出血热 OR 肾综合症出血热

·查全所有格形式,例:tongue adj2 base(OVID)、tongue near/2 base (Web of Science)

②通过查全子概念:

·用OR连接子概念,例:pulmonaryblastoma OR pleuropulmonary blastoma

·变词组检索为邻近检索,例:acute pancreatitis改为acute NEAR/2 pancreatitis

·变邻近检索为AND检索

③通过改用上位概念检索词:

例:干扰素α-1b 改用 干扰素α

④通过调整检索字段:

相关度:篇名>关键词>主题词>摘要>全文

⑤通过查全数据库:多库、跨库、跨类


4.如何平衡查准率和查全率

①使用MeSH词表选词检索(若没有对应MeSH词的概念,使用上级概念对应的MeSH词),再结合自由词

②核心概念、前提概念限定篇名、关键词;次要概念、集合概念限定主题、文摘

例:篇名=脓毒症 AND 主题=治疗

欢迎关注“实习医学生”微信公众平台!

    本站是提供个人知识管理的网络存储空间,所有内容均由用户发布,不代表本站观点。请注意甄别内容中的联系方式、诱导购买等信息,谨防诈骗。如发现有害或侵权内容,请点击一键举报。
    转藏 分享 献花(0

    0条评论

    发表

    请遵守用户 评论公约

    类似文章 更多