http://blog.sina.com.cn/s/blog_61f013b80100yhef.html linux系统的大型机上安装R 需要在大型机上编译安装R,大型机上操作系统是CentOS 5.4。 实际上,参考文献2已经非常详细地列出了如何在linux操作系统上安装R。之所要要写这篇博文,是因为我们现在面临这样一个问题:如果大型机不能从网络直接下载R,而且大型机上的R久久不得更新,同时大型机的管理员不愿意更新R? 安装具体步骤: 1 在CRAN上下载最新R版本的源代码,即文件以.tar.gz结尾 2 解压文件 tar -zxvf R-*(“R-*是R的具体版本文件信息”)并进入解压文件夹 3 注意查看“INSTALL”文件,这个文件简要介绍了安装步骤。之后,configure ./configure --prefix=/home/me/R --enable-R-shlib (--enable-R-shlib保证了R package的共享) 4 安装之 make, make install 5 因为安装的R不是在root下,所以需要设置自己登录用户的PATH和添加R_HOME和R_LIB路径,设置方法是修改用户路径下的.bashrc文件,"..."省略了安装文件路径 ===================================================== # add R PATH # Source global definitions if [ -f /etc/bashrc ]; then . /etc/bashrc fi export PATH=/home/.../R/bin:$PATH # R_HOME and R_LIB PATH=${R_HOME}/bin:$PATH export R_HOME=/home/.../R/bin/R export R_LIBS=/home/.../R/lib64/R/library export LD_LIBRARY_PATH=${R_HOME}/lib:${LD_LIBRARY_PATH} ====================================================== 之后,在命令行输入R,可以进入自己安装的R,会有警告“WARNING: ignoring environment value of R_HOME”,这个不影响R的正常运行。 离线安装R package 通常我们在安装R的package时候,是通过连接网络,然后直接使用函数install.packages( )。R会很聪明地将所有包的依赖关系搞定。但是,我们离线本地安装R的*.tar.gz的package呢?同样,使用install.packages( )函数,比如install.packages("mypkg.tar.gz", repos = NULL)。但是,需要自己根据“报错信息”安装依赖的包。 命令行执行R CMD 为了能够在BSUB系统上提交R作业,需要学会使用命令行运行R编写的脚本。在linux下可以使用R CMD BATCHd等一系列命令。 具体使用方法查看文档man R; man Rscript 第一种方法:R CMD BATCH [options] infile [outfile] options:默认--restore -- save --no-readline;--help 查看帮助信息;--version 查看R版本;--slave 只打印R脚本的输出,而不显示脚本具体执行情况;--no-timing 去除输出文档结束的运行时间输出。 outfile:如果没有命名,会照搬infile名字+ .Rout 其实,R CMD BATCH是 问题:knitr是一个什么角色? 第二种方法:R [options] [< infile] [> outfile] options:--version 比如编辑一个testR2.R文件如下: =================================================================== args <- commandArgs(TRUE) paste(c("I", "like", args[1], "and", args[2], "!"), collapse = " ") =================================================================== 接着运行R --slave --vanilla --args tea coffee<testR2.R >testR.Rout 查看输出结果 ======================================== $ cat testR.Rout [1] "I like tea and coffee !" ======================================== 第三种方法:Rscript [--options] [-e expr] file [args]。其中,Rscript在不同的机器上可能不一样,使用$ which Rscript查看。 options中默认--slave --no-restore;--version -e expr:可以通过expr输入R的表达式,比如 -e 'name <- "tea"; source("testR.R")' args:是需要输入脚本的参数 > file:输出文件 可以使用第三种方法,写成R脚本,之后放入系统运行。比如R脚本testR.R: =================================================== #! /usr/lib/R/bin/Rscript --vanilla args <- commandArgs(TRUE) # paste(c("I", "like", args[1], "and", args[2], "!"), collapse = " ") print(args) =================================================== 执行R脚本 > chmod +x testR.R > ./testR.R tea coffee > testR.Rout 注意: 1. 如何在Rscript中使用load()语句? 参考文献及网址: R安装 R script 3 有很多Rscript的例子http://thirteen-01.stat./snoweye/hpsc/?item=rscript |
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