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1、培肥地力，活化土壤
施用EM菌生物有机肥后，直接增加了土壤的有机质和氮、磷、钾等养分。酵素菌肥含有大量有益微生物，能分解土壤中各种动、植物残体及矿物质，形成土壤腐殖质，改善土壤结构和理化性状。这些有益微生物还能溶解土壤中被固化的营养成分，将植物不能利用的养分转化为有效养分，供作物吸收利用，解磷、释钾、固氮，提高肥料转化率和利用率，达到化肥减量增效目的。
2、促进生长，增产增收
EM菌肥施入土壤后，有益微生物在土中迅速繁殖，会产生多种对作物有益的代谢产物，如生长素、赤霉素、吲哚乙酸及多种维生素。这些代谢产物可刺激或调控作物生长，使作物健壮，达到增产目的。
3、抑制病害，增强抗性
EM菌肥施入土壤后，有益菌先入为主，在植物根系周围形成优势菌群，排挤和抑制土壤中的有害菌；放线菌还能释放抗生素类物质，有利于消灭或抑制病原微生物，使病原微生物难以繁殖。还有，EM菌可诱导植物的过氧化物酶、多酚氧化酶、葡聚糖酶等，使其参与对植物有害微生物的防御反应，增强作物抗病能力，促进作物健康生长。
4、提高品质，改善口感
施用EM菌肥改善了作物的营养供应，特别是增加了有机质、腐殖酸、氨基酸等有机营养，有利于作物糖分的积累，从而提高农产品的含糖量，解决了偏施化肥所造成的“菜不香、果不甜”的难题。实验证明，施用EM菌可降低农产品中的硝酸盐含量（致癌物质），增加还原糖和维生素C的含量。
5、降低污染，保护环境
长期大量施用化肥、农药，使土壤受到不同程度的污染，产生一定的毒性。生长在受污染土壤的作物，除了造成生长障碍外，还会导致农产品污染，对人体带来危害。消除土壤污染对农业产地环境治理非常重要。EM菌被称为“土壤清道夫”，具有降解和转化土壤中有毒物质的能力。这种生物修复是土壤修复的各种措施中最经济有效的措施。 
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