1、starBase 一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA,miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间:2013年11月。 网址:http://starbase./ 2、miRbase 众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接(如:PicTar)。最新版本发布时间:2010年9月。 网址:http:///index.shtml3、ChIPBase 整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控,构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间:2012年11月。 网址:http://deepbase./chipbase/ 4、Tarbase 一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2009年1月。 网址:http:///tarbase/ 5、miRecords 一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间:2010年11月。 网址:http://mirecords./ 6、targetScan 基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间:2009年4月。 网址:http://www./ 7、PicTar 基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间:2007年3月。 网址:http://pictar./ 8、PITA 基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间:2008年8月。 网址:http://genie./pubs/mir07/mir07_data.html/ 9、RNA22 基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间:2007年。 网址:http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html/ 10、miRanda和microRNA.org 是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间:2010年8月。 网址:http://www./microrna/home.do/ 11、MicroCosm EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2010年8月。 网址:http://www./enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/ 12、miRTarBase 整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间:2010年10月。 网址:http://mirtarbase.mbc./index.html/ 13、miRGator v2.0 整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间:2010年11月。 网址:http://mirgator.kobic.:8080/MEXWebApp/ 14、MiRNAMap 动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间:2008年1月。 网址:http://mirnamap.mbc./ 15、miRDB 动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间:2010年8月。 网址:http:///miRDB/ 16、RNAhybrid 一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间:2011年6月。 网址:http://bibiserv.techfak./ 17、miRGen microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2007年1月。 网址:http://www.diana.pcbi./miRGen.html/ |
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