|
1281年七月，忽必烈又发动第二次侵日战争，日本史书称为“弘安之役”，由范文虎、李庭率江南军十余万人，到达次能、志贺二岛，因日军积极抵抗，且元军又遇到台风，最后再度惨败。通常认为台风（日本人称之为“神风”）与元军不擅水战是造成失败的最大原因。而后元世祖又准备第三次东征，因大臣劝阻，再加上出兵安南的缘故而罢。而后元世祖多次遣使均遭日本拒绝，通使关系一直未能建立，但是元朝与日本的经济和文化交流仍然十分繁盛，来元日本人以商人与禅僧最多。元廷令沿海官司通日本国人市舶，主要港口是庆元（今宁波）。
1283年元世祖为了讨伐日本，于高丽国设置征东行省，高丽王为行省的左丞相，内政受蒙古人控制。高丽君主从忠烈王开始娶蒙古公主为妻，高丽君主继承人按照约定，必须在元大都以蒙古人的方式长大成人后，方可回高丽。
1287年海都联军伙同镇守辽东的东道诸王乃颜与哈丹袭击和林（今蒙古国哈尔和林），元世祖亲率大军击败之，派伯颜、玉昔帖木儿与李庭平定东北乃颜，主持西北军事。1289年海都再犯和林，最后其势力被驱出阿尔泰山以西。而哈丹于辽东高丽一带游击，至1292年败亡。
1294年元世祖驾崩后，虽然太子真金早死，但是元世祖曾赐真金的三子铁穆尔“皇太子宝”并且让他镇守和林。随后铁穆尔在库里尔台大会中获得重臣伯颜与玉昔帖木儿等支持，打败真金的长子甘麻剌与次子答剌麻八剌等继位，即元成宗。元成宗主要恪守元世祖时期的成宪，任用其侄海山（答剌麻八剌之子）镇守和林以平定西北海都之乱，并且下令停止征讨日本与安南。在内政方面专力整顿国内政治，减免江南部分赋税。然而，由于元成宗过度赏赐，入不敷出，使国库资财匮乏。
元成宗即位后，任命其侄海山（后继位为元武宗）总领漠北诸军。1301年海都联军被海山和晋王甘麻剌击溃，史称铁坚古山之役。海都于战后去世，其子察八儿继位，窝阔台汗国被笃哇掌控。
1303年由于笃哇被钦察汗脱脱蒙哥击溃，就与察八儿共同派使者向元廷请和，脱脱蒙哥也向元廷请和，而伊儿汗本来就支持元廷，至此四大汗国皆承认元朝的宗主地位，双方广设驿路，解除封禁。不久之后，窝阔台汗国被察合台汗笃哇与元朝元武宗先后攻灭而亡，察八儿投降元朝。
1307年正月，元成宗驾崩，由于太子德寿早逝，左丞相阿忽台拥护皇后卜鲁罕与信奉伊斯兰教的安西王阿难答监国，并有意让阿难答称帝。海山之弟爱育黎拔力八达与右丞相哈剌哈孙发动大都政变。他们斩杀阿忽台，控制大都局势，拥护率军南下的海山称帝，即元武宗。皇后与阿难答被元武宗斩杀，其回回部下退入西域吐鲁番地区。大德十一年（1307年），罢和林宣慰司都元帅府，立和林等处行中书省。
元武宗因爱育黎拔力八达有功，册封他为皇太弟（即未来的元仁宗），相约武宗系与仁宗系交替称帝，即武仁之约。元武宗时期，加封孔子为“大成至圣文宣王”，并给予孔子的家族与弟子一些称号。为了解决元成宗时期的财政危机，元武宗设置常平仓以平抑物价，下令印制至大银钞，然而反而使银钞严重贬值。此外他将中书省宣敕与用人权划归给尚书省。1311年元武宗因沉耽淫乐、酗酒过度而逝，由皇太弟爱育黎拔力八达继位，是为元仁宗，这次是元朝首次和平继承帝位。
【疆域最广】元世祖到元武宗期间是元朝国力鼎盛时期，军事上平定西北，但在征伐日本、东南亚诸国却屡次失利，其中在元日战争战败。元朝承袭蒙古帝国的主要领土，经过多次扩展后，于1310年元武宗时期达到最大，西到吐鲁番，西南包括西藏、云南及缅甸北部，北至都播南部与北海、鄂毕河东部，东到日本海，被誉称“东尽辽左西极流沙，北逾阴山南越海表，汉唐极盛之时不及也”。元朝且为钦察汗国、察合台汗国、窝阔台汗国与伊儿汗国等四大汗国的宗主国，其藩属国涵盖高丽与东南亚各国。
元仁宗力图改变元武宗时造成的财政枯竭、政制混乱的局面，他推行“以儒治国”政策，并且减裁冗员、加强中央集权以整顿朝政。他曾令王约将《大学衍义》译为蒙文，赐臣下说“治天下，此一书足矣。”并将《贞观政要》和《资治通鉴》等书摘译为蒙文，令蒙古人与色目人诵习。1312年元仁宗将其儒师王约特拜集贤大学士并将王约“兴科举”的建议“著为令甲”，至此恢复科举制度。本次科举以程朱理学为考试的内容，史称延祐复科，最后录取护都答儿、张起岩等56人为进士。他还倚重汉人文臣，处死蒙丞相托克托等，排除朝中异己。
财政方面，元仁宗取消元武宗的经济措施，并且于1314年在江浙、江西、河南等地查清地方田产，史称延祐经理。任用床兀儿统军，击败察合台汗王也先不花以平定西北地区。然而元仁宗未能制止太后答己干预朝政，也无力制裁备受太后重用的重臣铁木迭儿贪赃枉法。在继承问题方面，元仁宗以王约辅助皇太子硕德八剌，并且听从铁木迭儿的建议，废除武仁之约。他将元武宗长子周王和世琜外放镇守云南、次子图帖睦尔放逐海南岛。同年冬天，元武宗旧臣皆感愤怒而拥护和世琜叛变，最后败走漠北，依附察合台汗国。1320年元仁宗驾崩后，皇太子硕德八剌即位为元英宗。
元英宗继续实行元仁宗的以儒治国、加强中央集权和官僚体制的政策，并于1323年下令编成并颁布元朝正式法典——《大元通制》，共2539条，他还下令拔除权臣铁木迭儿在朝廷的势力。然而支持铁木迭儿的蒙古与色目保守派厌恶元英宗的新政，有意发动政变。1323年铁木迭儿的义子铁失趁元英宗去上都避暑之际，在上都以南15公里的南坡地刺杀元英宗及宰相拜住等人，史称南坡之变，仁宗系自此未能再夺得皇位。晋王甘麻剌的长子，镇守和林的也孙铁木儿率兵南下，杀掉行刺元英宗的叛臣并称帝，即泰定帝。
【天历之变】泰定帝召回被放逐到海南岛的武宗系图帖睦尔为怀王。泰定帝于1328年七月崩于上都，丞相倒剌沙拥立七岁的阿速吉八为帝，是为天顺帝。而镇守大都的燕帖木儿与伯颜拥立周王和世琜于漠北、怀王图帖睦尔于江陵，同年图帖睦尔先至大都继位，是为元文宗。燕帖木儿率军攻入上都，天顺帝不知所终。隔年和世琜于漠北和林称帝，即元明宗。元文宗放弃帝位，派燕帖木儿迎元明宗继位，并且被立为皇太子。然而燕帖木儿毒死元明宗，复位元文宗，改元天历，史称天历之变。
元文宗时期大兴文治，1329年设立了奎章阁学士院，掌进讲经史之书，考察历代治乱。又令所有勋贵大臣的子孙都要到奎章阁学习。于奎章阁下设艺文监，专门负责将儒家典籍译成蒙古文字，以及校勘。同年下令编纂《元经世大典》，两年后修成，为元朝一部重要的记述典章制度的巨著。然而丞相燕帖木儿自恃有功，玩弄朝廷，导致朝政更加腐败。1333年元文宗去世后，为洗刷毒死元明宗的罪行，遗诏立年仅七岁的明宗次子懿璘质班为帝，是为元宁宗。但元宁宗仅在位不到两个月即去世，不久后燕帖木儿也去世。 | 
