GBrowse安装记录 | Public Library of Bioinformatics

GBrowse安装记录

2012年08月09日 ? Bioinformatics ? 字号 小 中 大 ? 评论 1 条 ? 阅读 698 次 [点击加入在线收藏夹]

安装步骤

1. perl、mysql安装略过
2. apache安装

   1	% cd httpd-2.x.xx

   2	% ./configure --prefix=$HOME/httpd/prefork --with-mpm=prefork

   3	% make && make install

3. libgd2的安装

   1	wget http://www./releases/gd-2.0.35.tar.gz

   2	tar zxvf gd-2.0.35.tar.gz

   3	cd gd-2.0.35

   4	./configure

   5	sudo make install

4. mod_perl安装

   1	wget http://perl./dist/mod_perl-2.0-current.tar.gz

   2	tar zxvf mod_perl-2.0-current.tar.gz

   3	cd mod_perl-2.0-current

   4	perl Makefile.PL MP_AP_PREFIX="$HOME/httpd-2.2" MP_AP_CONFIGURE="--with-mpm=prefork"

   5

   make

   6

   make test

   7	make install

5. 必须的Perl libraries安装

   01	sudo perl -MCPAN -e 'install Module::Build'

   02	sudo perl -MCPAN -e'install GD'

   03	sudo perl -MCPAN -e'install JSON'

   04	sudo perl -MCPAN -e'install LWP'

   05	sudo perl -MCPAN -e'install Storable'

   06	sudo perl -MCPAN -e'install IO::String'

   07	sudo perl -MCPAN -e'install Capture::Tiny'

   08	sudo perl -MCPAN -e'install File::Temp'

   09	sudo perl -MCPAN -e'install Digest::MD5'

   10	sudo perl -MCPAN -e'install CGI::Session'

   11	sudo perl -MCPAN -e'install Statistics::Descriptive'

   12	sudo perl -MCPAN -e'install GD::SVG'

   13	sudo perl -MCPAN -e'install DBI'

   14	sudo perl -MCPAN -e'install DBD::mysql'

   15	sudo perl -MCPAN -e'install DBD::Pg'

   16	sudo perl -MCPAN -e'install DB_File::Lock'

   17	sudo perl -MCPAN -e'install File::NFSLock'

   18	sudo perl -MCPAN -e'install Template'

   19	sudo perl -MCPAN -e'install Bio::Root::Version'

   20	sudo perl -MCPAN -e'install Date::Parse'

   21	sudo perl -MCPAN -e'install Capture::Tiny'

   22	sudo perl -MCPAN -e'install Test::Most

   23	sudo perl -MCPAN -e'install Bio::ASN1::EntrezGene

   24	sudo perl -MCPAN -e'install DBD::mysql

   25	sudo perl -MCPAN -e'install Bio::Perl'

   26	sudo perl -MCPAN -e'install Bio::Graphics'

   如果安装失败，下载源代码进行安装，比如对于bioperl的安装：

   1	wget --no-check-certificate \

   2	http://github.com/bioperl/bioperl-live/tarball/master -O bioperl.tar.gz

   3	tar zxvf bioperl.tar.gz

   4	cd bioperl-bioperl*

   5	perl Build.PL

   6	sudo ./Build install

6. GBrowse的安装

   1	svn co https://gmod.svn./svnroot/gmod/Generic-Genome-Browser/trunk Generic-Genome-Browser

   2	cd Generic-Genome-Browser

   ===编译===

   1	perl Build.PL \

   2	--cgibin=$HOME/httpd/cgi-bin/gbrowse2 \

   3	--conf=$HOME/httpd/conf/gbrowse2 \

   4	--htdocs=$HOME/httpd/htdocs/gbrowse2 \

   5	--tmp=$HOME/httpd/tmp \

   6	--portdemo=8080 \

   7	--wwwuser=daemon

   8

   9	./Build test

   有些测试用例没有通过，但是并不影响对于GBrowse的使用
   ===安装配置===
   计划好安装目录，可以通过该参数进行配置，

   1	./Build config

   如果需要重新配置，需要

   1	./Build reconfig

   2	./Build demo

   3	./Build install

有关权限需要说明的

• 安装配置需要指明httpd进程的用户，这样使得指定的目录比如数据库文件目录，临时文件目录，Session文件目录具有相应的权限
• 对于配置文件的修改权限，安装时，因为需要向Perl库写入文件，所以需要使用root进行安装，许多文件都是root级别的，需要做相应的修改chown，chmode
• 对于perl模块的安装都是使用root，将其安装到用户的目录，尝试了，但是还没有完全领会
• 页面访问，发生内部错误，通过勘查error.log文件，可以找到错误的确切原因，给予解决

安装感受

• 需要的Perl模块，可以使用CPAN进行安装sudo perl -MCPAN -e shell, install **，但是如果失败的话，一定要按照该模块的说明进行手工安装，大部分原因是需要第三方库；
• perl的模块都可以在  http://search.搜索得到；
• 按部就班，将所有需要的模块进行安装，然后就是配置./Build reconfig；
• 这时候还出错的话，就是配置文件出问题了，需要修改GBrowse.conf, 最后遇到的问题就是报告错误。

来源：http://boyun./bio/?p=1783