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与其他生成树协议中所有生成树实例都是独立的不同，MST建立和维护如IST、CST和CIST这样既有独立性一面，又可以有相互关联的多种生成树实例。
IST（Internal Spanning Tree，内部生成树）是MST区域中的一个生成树实例。在每个MST区域内部，MST维护着多个生成树实例。实例0是一个特殊的实例（其实可以与VLAN 1类比，VLAN 1是交换机默认的管理VLAN，也是交换机默认的本地VLAN），那就是此处所说的IST。所有其他MST实例号只能在1～4094之间，也可以把IST看成是每个MST区域的外在表现。默认情况下，所有VLAN是分配到IST实例中的。
IST是仅发送和接收BPDU的生成树实例，所有其他生成树实例信息是包含在MST记录（MSTP record，又称"M记录"）中，是用MST BPDU进行封装的。因为MST BPDU携带了所有实例信息，这样在支持多个生成树实例时所需要处理的BPDU数量就会大大减少。
在同一个MST区域中的所有MST实例共享相同的协议计时器，但是每个MST实例有它们自己的拓扑结构参数，例如根网桥ID、根路径开销等。但是，一个MST实例是与所在区域相关的，例如，区域A中的MST实例1与在区域B中的MST实例1是无关的，即使区域A和区域B是互联的。
CST（Common Spanning Tree，公共生成树）是用来互联MST区域的单生成树。如果把每个MST区域看作是一个"设备"，CST就是这些"设备"通过STP协议、RSTP协议计算生成的一棵生成树。在每个MST区域中计算出的生成树都是作为包含整个交换域的CST的子树出现的。
CIST（Common and Internal Spanning Tree，公共和内部生成树）是连接一个交换网络内所有设备的单生成树，由IST和CST共同构成。
由上可知，从包含的范围来看，IST是最小的，仅属于一个MST区域内部，CST次之，则是MST区域间的互联生成树实例，而CIST则最大，包括了IST和CST。
除了IST、CST和CIST外，还有以下几个术语：
MSTI：一个MST域内可以通过MSTP算法生成多棵生成树，各棵生成树之间彼此独立。每棵生成树都称为一个MSTI（Multiple Spanning Tree Instance，多生成树实例）。
区域根网桥（Region Root Bridge）：MST域内MSTI的根桥就是域根。MST域内各棵生成树的拓扑不同，区域根也可能不同，也称之为"MST区域根"。
公共根网桥（Common Root Bridge）：是指CIST的根桥，也就是整个网络中的根网桥，也称为"CIST区域根"。
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