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干货 | 这些软件你都不知道,还配做科研汪么?

 王老轨的资料 2015-12-29


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作者:解螺旋.小米

转载请注明来源:解螺旋,医生科研助手


师弟一向不务正业,整天吊儿郎当的,见不着人,今儿个破天荒出现在实验室,腆着脸问我:“师姐,给我推荐些工具呗,我到现在作图啊、设计引物啊,啥也不会。”逮着这么好的机会,我还不好好教训教训他:“你小子,天天干什么呢?一点基础的软件都不会,你还配做科研吗你?”。说归说,愿意学,总归还是个好的开始嘛。


不过话说回来,科研狗也真不容易,不仅要英语好、数学好,还是半个平面设计师,各门各类的画图软件都得懂一点,一个字累啊,为了避免小师弟一时半会消化不了,好不容易赞起来的积极性给吓退了,还是推荐一些最为基础吧。


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引物设计软件


首先就是primer5了,主要是用来设计引物的,这个应该是分子生物学的最近本的了。另外就是Oligo,设计Fusion PCR和In-Fusion连接的引物的时候,比Primer premier直观一些。



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质粒绘图软件


SimVector ,一款制作DNA分析和质粒图的工具。它可以绘制出失量质粒图并生成适用于出版的高质量的失量图形,执行限制性的生化酶分析,设计关于通路克隆,TA克隆和限制性克隆的实验。



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凝胶分析软件


BandScan是一个很常用的凝胶图像分析软件,我们用它主要是为了分析蛋白表达量。



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数学统计软件


Origin画各种各样的曲线图,兼做简单的数据处理;
SPSS ,大型的分析软件,几乎拥有所有的统计分析功能;




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蛋白质互作网络分析软件


Cytoscape 是一款开源可视化软件,可用于整合模块化网络和生物科学联系网络图的绘制,专为生物研究设计。



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文献管理软件


文献管理一般用EndNote就够了,除了管理文献,写文章的时候插入文献也是相当的方便;还有一个文献分析软件RefViz 2.1,,与EndNote结合使用,分析文献,可以省掉大把自己看自己归纳的时间。UltraEdit ,取代记事本的一个强大软件,很多时候会用到,比如把CNKI的数据导到EndNote,有些软件的16进制下的P-J。




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图片处理及排版软件


图片处理最常用,相应的软件最多,不过有以下三个也就足够了。


第一位非PPT莫属!首先软件的普及性非常广,几乎是个电脑都会装有PPT(不用担心临时需要修改图片却找不到源文件处理时的软件)。其次,非常的简单易用(相信小伙伴们都深有体会),不得不说,PPT是一个伟大的创造!再者,修改很方便,直接点击需要修改的部件就可以进行一系列的修改了。但是它也有缺点。照片/图片插入/复制到PPT后,导出来的时候分辨率可能会有损失,要挽救分辨率,需要把PPT通过另存为PDF再转成图片(这时还可以设置分辨率)。


如果PPT 解决不了,那么就用Adobe Illustrator(AI)。AI是一款强大而且好用的图形设计、矢量图绘制软件,尽管图片编辑能力不如PS,但是在SCI图片处理中也绝对够用,而且操作要简单很多。新建页面的大小就是A4的大小,与大部分期刊发表的页面尺寸一致。整理完之后可以导出矢量图,一点都不用担心分辨率的损失。


再加一个补充的就是Photoshop,PS的强大在于对图片的编辑和修饰能力,图片排版也是编辑的一种。用PS的好处是你可以随意编辑图片,而且它支持很多种格式的图片。缺点就是,前面提到的功能太过于强大,所以比较复杂,使用起来不怎么方便。


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