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昨天我们分享了序列分析、实验设计阶段使用的软件，今天主要介绍资料整理、实验操作阶段使用的软件。 在这一阶段，需要查找某个专题的文章,并写出对该专题的综述，以便对自己所要做的课题的现状有一个基本的了解。 推荐软件：Reference Manager 9.0 优点：可以在线通过查找关键词搜索PubMed 和 609 个 Z39.50 数据库中的专业资料，保存查找的资料为本地文件。资料内容和记录分上下两个屏幕，如有全文或想连接网络时点击一个键就可以到相应的全文文章和摘要。可以直接在 WORD 中查找资料，插入引用，并在文章中对引用格式化。 参考资料格式有很强的用户自定义功能，可以符合各种杂志对引用格式的要求，资料内容和记录分上下两个屏幕（不用在引用时多窗口切换）。 缺点：没有非常明显的缺点。 同类参考软件：Endnote 3.1.2 本阶段由于各实验室的设备和方法的不同差异太大，如如若用到软件，请参考机器配备之软件。但也有一些共同的要求和使用的软件? 1. 电泳条带定量分析 推荐软件：无 实在没有什么通用的电泳胶条带定量分析软件符合我们的要求。我们希望软件能自动手/手动找到条带、进行定量分析。甚至在手动指定条带的情况下，可以自动读出测序胶的序列。很遗憾，即使是比较大型的读胶系统也不能完成满意的定量分析? 参考软件：band leader 3.0 2. 数据统计分析作图 可能在某些情况下需要用到这类软件。由于专业的统计软件也很多，比较出色。我们只推荐一个比较适合生物的软件 GraphPad Prism 3.0 。 本阶段主要是对所获得的结果整理，并发表在合适的地方。 1. 文献引用 推荐软件：Reference Manager 9.0 优点：可以自动将文章中的各种文献引用按不同期刊的要求排列，在期刊间转换只需几秒钟。写文章时会在 word 中将查找到相应的文献列出，方便写作。 参考软件：EndNote 3.1.2 2. 生成出版质量的图片 发表时，对用到的分子结构的图片质量要求较高，直接从 RaMol 等软件中截取的图片质量不够精美。 推荐软件：Pov-Ray for Windows 3.1 优点：软件相当于一种语言，修改 pov 格式文件，可以定义光源、摄像机、材质、阴影响因素，把生物分子的表面用材质填充，根据光源、摄像机得到分子三维图的一个角度的图。最大可达 1280 x 1024。图象质量相当精美。 缺点：难以使用。而且用的是自己的格式。好在有一个叫 povchem 的辅助软件可以将常见的 pdb 格式文件转为 pov 格式。 很显然，对于各个不同的人，安装使用全部软件是不太现实的。 1. 对于普通实验人员，建议的软件组合是：Refenence Manager 9.0 + Omiga 2.0 。这已经是最低要求了。如果以前使用过 EndNote 和 DNASIS，已经顺手不想改变的话，当然也可以用他们来代替相应的软件。 2. 如果你的实验分析和设计需要上述各种专项功能的话，再加上相应功能的推荐软件。 3. 作者建议一般人员安装的软件除Reference Manager 9.0 和 Omiga 2.0 外，最好也装下列软件：Gene Construction Kit 2.0、 RasMol 2.7.1、 Primer Premier 4.1、 DNAssist 1.0 。这些软件能够基本满足对 DNA 进行操作的实验人员的需求 。 既然连软件的名称都知道了，还不知道如何从网络获得？当然用搜索引擎去查找，然后从各软件的网站获得最新版本的软件。而且每个网站有自己软件的详细介绍。 要是该软件提供售后服务的话，当然找软件出品公司。 没有公司的售后服务也不要紧，自己单位不是有高手和 BBS 吗？ 要是再不行，就加入邮件讨论列表，或是写信问可能可以回答的人。 文章作者：丁香园论坛铁杆战友@hhq_1978 图片来源：丁香园论坛 点击阅读原文查看最新活动，分享论文即获 10 个丁当。 |
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