虽然这两个机关都是从事特务和情报机关，但是还是有区别的：
中统全称“国民党中央执行委员会调查统计局”其主要的工作范围集中在党内进行防共和监视其内部人员，属中央组织部掌控；其主要工作比较倾向于收集情报。
军统全称“国民政府军事委员会调查统计局”其工作主要面对党外的各个领域，军队编制，主要从事专门以监视、绑架、逮捕和暗杀等手段。
军统是"国民政府军事委员会调查统计局"的简称，国民党统治集团为维护其统治而设立的特务组织。1938年8月成立。 军统前身是"军事委员会密查组"(1927年)、复兴社特务处(1932年4月)、军事委员会调查统计局第二处(1937年)。主要负责人为戴笠。 军统局内勤组织共有八处、六室、一所;外勤组织在各在城市设"区"，在各省设"站"，在一些重要城市"特别班"。其基本组织为"组"及直属情报人员。 1946年戴笠乘坐飞机失事死后，军统局进行改组，其公开特务武装部分与军委会军令部二厅合并为国防部第二厅，由郑介民任厅长;秘密核心部分组成国防部保密局，毛人凤为局长。1949年，军统主要机构撤至台湾。 中统是国民党CC系陈果夫、陈立夫控制的全国性特务组织。即中国国民中央执行委员会调查统计局的简称，它正式成立于1938年8月，其前身是1928年国民党中央组织部调查科。
军统：戴笠、毛人凤
中统：陈果夫、陈立夫
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